在三千多年前的旧石器向新石器时期过渡阶段，珲春河流域和珲春境内的图们江沿岸就有人类生息繁衍。人们以部落为单位过着渔猎采集的生活。
唐虞三代，中国东北的东半部为肃慎族区。珲春地方位于肃慎区南部。肃慎,为东北地区最古老、最先见于史载的民族。“珲春人”是肃慎族的一部分。肃慎族是今日满族的远祖先人。
周秦时期，珲春地方仍属南部肃慎区。
两汉至北魏时期，肃慎改称挹娄。珲春地方属北部沃沮区（沃沮，系勿吉之音转）。先归汉朝设之玄菟郡管辖，后又归汉设之乐浪郡东部都尉管辖。
两晋十六国西晋时，挹娄区南伸至长白山，与高句丽接壤。珲春属南挹娄地。
南北朝时期，挹娄改称勿吉。珲春为勿吉白山部，附于高句丽。在珲春设置栅城府（今八连城古城址）。
隋唐时期，勿吉改称靺鞨。珲春属靺鞨白山部，先附于高句丽，后改属唐朝设置的河北道渤海都尉府。
渤海时期，唐武则天圣历元年（698）渤海郡国设五京十五府六十二州，其中东京龙源府设置于珲春城西八连城古城。
唐贞元元年（785），渤海第三代王文王大钦茂大兴四十八年，渤海国都由上京龙泉府迁来东京龙源府，历时十年又还都上京龙泉府。
辽代，后唐明宗天成元年（926）珲春属辽设之东丹国。辽太宗太平兴国七年（982），辽废东丹国，珲春属辽国东京道率宾府管辖。
金代，珲春属金国曷懒路辖境，辽末金初，为女真人乌古伦部地，有五大部落，在今珲春河左岸有乌古伦部城，今古城村有裴优城，今杨木林子村南山有留可部城，今春化镇城墙砬子有迷里迷石罕城，今密江村西岗子有乌塔部城。
东夏国时期，南宋嘉定十年（1217），金宣宗贞祐五年。佣兵自立为东夏国王的金国大将蒲鲜万奴，移都南京（今珲春三家子古城）。珲春属东夏国南京路辖境，历时十六年。
元代，珲春属元朝辽阳行省合兰府水达达路管辖。在今古城村裴优城设奚关总管府衙署。
明代，珲春属明设之奴儿干都司管辖。先后在本区设置了九卫三站。洪武二十年（1387），在珲春河畔女真人斡朵里部设置三万卫，后移至绥芬河中游开元城。永乐三年（1405）在今凉水镇一带设置毛怜卫，后数次迁移。永乐五年在珲春城东南今苏占之摩阔崴一带设置喜乐温河卫；在今敬信乡黑顶子一带设置乌尔珲山卫；在今凉水镇东甸村附近（旧称漠河甸子）设置穆霞河卫。永乐六年，至今珲春与东宁二县交界处设通肯山卫。永乐九年，在今密江村西岗子设置密札卫；在珲春东沟阿布达里河畔设置阿布达里卫；在今板石乡长岭子南珠伦河畔设置珠伦卫；在今古城村裴优城设置奚关站；在今英安村英莪城设置弗出站；在今凉水镇境内设置毛怜站。
明万历三十五年（1607），珲春库雅喇女真人各部先后归附于后金—大清。
清康熙五十三年（1714）设珲春协领，属宁古塔副都统。
同治九年（1870）珲春协领升加副都统衔，隶属吉林将军。
光绪七年（1881）设镇守珲春地方副都统，首任副都统依克唐阿。
光绪十年，珲春副都统加吉林边务帮办衔（权衔高于宁古塔、三姓副都统）。
宣统元年（1909）九月，撤销珲春副都统，设吉林东南路分巡兵备道。宣统二年（1910），道署由珲春城迁至延吉。十二月设珲春厅抚民同知，属东南路分巡兵备道，首任同知周维祯。1912年，中华民国成立之后延用清之珲春厅抚民同知。1913年，改厅为县，设珲春县公署，属延吉道，首任知事彭树棠。1929年，县知事改称县长，首任县长崔龙藩，隶属延吉交涉署。同年9月隶属延吉市政筹备处。
1931年东北沦陷后，珲春先后隶属吉林省公署特派驻延行政专员临时办事处、间岛省公署。
1945年8月11日，苏联红军进驻珲春县城。8月中旬，珲春县城的旧政权残余分子与市内绅商等人，成立“珲春县治安维持会”，会长是商人王新达（德昌号经理）。不久，“维持会”改为“珲春县临时政府”，县长王德明（伪珲春街长）。
1945年11月15日，“珲春县临时政府”废止，成立中国共产党领导的珲春县政府，首任县长韩石涛。
1949年5月3日，珲春县政府改称珲春县人民政府。
1988年5月25日，珲春撤县设市，珲春县人民政府改称珲春市人民政府。
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