（一）前期准备阶段
房地产开发企业签订土地使用权合同后，开工建设前，需要向有关部门申请建筑用地规划许可证、建设工程规划许可证和不动产权证书等。
准备阶段与土地增值税的关系非常密切，具体表现如下：
1.土地使用权的取得方式决定取得土地使用权所支付的金额。房地产开发企业取得土地使用权的方式主要有三种，分别为出让、划拨、二级市场购买。采用出让方式取得土地的，房地产开发企业需要支付土地出让金；采用划拨方式取得土地使用权的，不用支付土地出让金，但可能有土地征用及拆迁补偿费用支出；从二级市场购买的需要支付对价。房地产开发企业需要将取得土地使用权所支付的金额在不同开发项目甚至是不同类型的房地产之间进行成本分摊，不同的成本分摊方法，会产生不同的增值率，从而影响房地产开发企业的土地增值税。
2.有关审批部门决定土地增值税清算单位。对于土地增值税的清算单位如何确定，相关法规没有明确规定，导致全国各地的执行口径不一样，有的税务机关从建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、建筑施工许可证、商品房预售许可证中选择一个作为划分清算单位的依据，有的税务机关综合几个证决定清算单位。
3.在房地产未开发之前，房地产开发企业需要到税务机关备案。虽然各地对备案所需材料的要求有细微区别，但这些备案材料都是将来土地增值税清算的重要依据。
（二）建筑施工阶段
建筑施工阶段是房地产开发成本的产生阶段，产生的开发成本包括土地的征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用等。这个阶段容易引发房地产开发企业虚增成本等违法行为。
1.虚增拆迁补偿费
对于支付给个人的拆迁补偿费的扣除，房地产开发企业只需要提供拆迁（回迁）合同、签收花名册或签收凭证等。〔〕因无需提供发票，给房地产开发企业造假提供了一定的空间。造假方式有虚增拆迁户数、虚增补偿金额等。税务稽查人员可以通过抽取部分拆迁户，审查比对补偿形式、补偿金额、支付方式、有无资金回流款、安置用房面积、安置地点等信息，了解房地产开发企业是否存在逃税行为。
2.通过关联公司虚增成本
房地产开发公司从关联公司购进建筑材料、建筑施工服务、绿化苗木，以虚增建安成本。对于这种行为，部分地区的税务机关采取限定建安成本的方式，要求每平方米建安成本不能超过税务机关确定的价格。这个方法虽然可以打击虚增成本行为，但过于简单粗暴，容易引发争议。因此，可以通过掌握关联企业的信息、审查建筑工程的真实性及合理性、进行工程质量和工程造价评估的方式，分辨房地产开发企业的建安成本是否真实。
（三）销售阶段
为了应对国家的房价调控政策，且为了少缴纳土地增值税，房地产开发企业在销售房屋的过程中，主要有以下行为：
1.拆解销售收入。房地产开发企业转让房地产的收入才需要缴纳土地增值税，其他收入不需要缴纳土地增值税。因此，房地产开发企业想办法将销售房地产收入分解成其他收入，比如，以诚意金、意向金、订金、认筹金、排号费等名义收取，以达到不缴或少缴土地增值税的目的。
2.将房屋低价销售给员工，或用房屋抵员工工资。房地产开发企业通过低价转让房屋给员工，再以员工名义高价卖出的方式，以及以房屋抵员工工资的方式，希望达到少缴土地增值税、企业所得税、增值税等目的。
（四）土地增值税清算阶段
房地产企业自行进行土地增值税清算时，应提供清算资料，各地对清算资料的要求不一样。房地产开发企业在土地增值税清算阶段，往往会采取以下方法应对巨额土地增值税。
1.虚开增值税发票。对于由房地产开发企业购买建筑材料的甲供材工程，要求建筑施工企业开具包含建筑材料的发票。甚至从第三方购买虚开的增值税专用发票。
2.将开发费用列入房地产开发成本中扣除。有的房地产企业未将利息从开发成本剔除，同时在财务费用中计算扣除利息，导致利息支出被重复扣除。有的房地产开发企业将管理费用列入间接开发费用扣除等等。
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