顺治皇帝的第一个皇后是科尔沁蒙古卓礼克图亲王的女儿博尔济吉特氏。顺治皇帝和清朝别的皇帝有些不同。他不是把婚姻看成政治上的需要，而是有些爱情至上。正因为如此，他和博尔济吉特氏没有爱情的婚姻，才不能长久，并且最终导致了废弃。
顺治八年（1651）八月十三日，吴克善女博尔济吉特氏被册立为皇后。当天官中举行了隆重的婚礼。可是不久，皇帝和皇后之间就发生了矛盾。据顺治皇帝自己说：博尔济吉特氏皇后容貌出众，人也很聪明，就是心地不善良，不能容人。对长得比她漂亮的人，就是嫉妒恨，凡是长得不如她美丽的人不但看不上，而且，她常常表现出很厌恶的样子，并且极力把人置之于死地。对顺治皇帝的一举一动，皇后也非常不放心，总是流露出猜疑的神色，致使顺治皇帝都不知如何是好。
此外，据顺治皇帝透露，皇后和他的性格爱好也很不相同。顺治皇帝平时喜欢比较简朴的生活，而皇后则特别奢侈，处处讲究，使用的器具，如果有一样不是金的，她就非常不高兴。就这样，顺治皇帝和皇后婚后不久，他们就分居了。顺治皇帝住到了别的地方，还声称再也不和皇后见面。不过，虽然他们分居了，但顺治皇帝那种郁闷的心情却无法排除，他精神萎靡，面容憔悴，痛苦地度过了两年时间。
顺治十年（1653）八月二十四日，顺治皇帝谕示礼部大臣，察前代废后事例。这一消息传出后，大学士冯铨等人异常惊恐。他们立即上疏，指出皇后“母仪天下，关系甚重”。汉光武、宋仁宗，明宣宗等都是贤主，只因发生了废后事情，他们的盛德才受到影响。冯铨等大臣希望顺治皇帝要深思熟虑，谨慎行事。不料，顺治皇帝对这一奏折极为不满，他认为冯铨等人是沽名钓誉；身居高位，却说废话。
八月二十六日，顺治皇帝又谕示礼部，指出现在的皇后是他幼小时，由睿亲王多尔衮指定的。从皇后册立之日起，他们之间的关系就很不协调。现在的皇后不能仰承祖宗重托，不能作为后宫表率，已经在八月二十五日奏闻皇太后，降为静妃，改居侧宫。这道谕旨下达后（八月二十七日），礼部尚书胡世安等大臣表示不理解。
他们在奏折中指出皇帝正确处理和皇后的关系，是对全国百姓实行教化的根本。自古以来帝王对此都持谨慎态度。皇帝在口谕中没有提到和朝中诸大臣讨论，也没有提到敬告天地宗庙。而礼部大臣是掌管朝廷典礼事宜的，如果不把皇上的口谕宣传出去，国内外的人就无法知道这件事，如果遵旨宣传出去，又恐怕引起国内外人们的猜疑，认为朝廷必定发生了什么事情。所以，胡世安等大臣希望皇上再次考虑，慎重处理。
顺治皇帝对这一切都听不进去，他便又以“废无能之人”作为废弃皇后的口实。礼部仪制司员外郎孔允樾抑制不住自己不平的心情，又给顺治皇帝上了一道奏折。他为皇后辩护说：“我皇后正位三年，从未听说有失德之事，现在却以'无能’二字定废嫡之案，这怎么能服皇后的心，又怎么能服天下后世的心？历史上汉朝的马后，唐朝的长孙后，敦厚朴实，都能使国家享受和平。至于吕后、武后，她们并不是不聪明，却给国家带来了很大的危害。今天皇后不显露自己的才能，恰是天资笃厚的表现，这对国家有什么危害！而非要废弃皇后不可呢？退一步说，如果皇后真的不能使皇上高兴，那可以仿照前代的制度，设立东西二官，立两个皇后，共同治理内廷。”
孔允樾甚至还说：“皇帝是天下百姓的父亲，皇后是天下百姓的母亲，父亲想把母亲赶出去，作为孩子，即使心里知道母亲有过错，仍不勉伤心掉泪加以劝解，何况不知道母亲有什么过错，又怎么能闭口不说话呢？”与此同时，御使宗敦一等也上疏，希望顺治皇帝收回已发布的谕旨，保留皇后名号。
但是，顺治皇帝最终也没有接受大臣们的意见，他还是把皇后废弃了。
这就是他自己所说的：皇后是睿亲王多尔衮指定的。原来，顺治皇帝年幼时，多尔衮掌握军政大权，从清朝和科尔沁蒙古的关系考虑，为顺治皇帝定下了这门亲事。多尔衮居功自傲，骄横无比，致使当时人们只知道有多尔衮，不知道有顺治皇帝。顺治皇帝年幼时，不懂这些，后来长大了，就无法承受这种情况继续存在。此外，孝庄虽然下嫁了多尔衮，但多尔衮对孝庄皇太后并没有始终如一。他曾背着孝庄皇太后以出外打猎为名，秘密迎娶过一个朝鲜公主。多尔衮还以很不正当的手段，谋害了自己的弟弟豪格，霸占了豪格漂亮的妻子。
对这一切，顺治皇帝都非常不满，在多尔衮活着的时候，由于他大权在握，顺治皇帝压抑了自己不满的情绪。多尔衮死后，顺治皇帝的顾忌不存在了，他的不满情绪便充分地表现出来。他下诏削去了多尔衮的封号，还把他的罪行公布中外。此后，便把由多尔衮定下的皇后废弃了。
由上述情况看来，对多尔衮的不满，是顺治皇帝废弃皇后的主要原因。博尔济吉特氏便成了这一政治原因的牺牲品。
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