公元前60年，西汉设立西域都护府，统治范围东至玉门关，西至中亚费纳尔干纳盆地，北抵巴尔喀什湖，南至葱岭山区。西域都护府的设立，标志着西域正式纳入汉朝的版图。
时光到了近代1840年，第一次鸦片战争爆发，虎门销烟的林则徐被道光帝发配到了新疆伊利地区戌边。林则徐到达新疆后，经过实地考察后，敏锐地认识到，沙俄对我国西北边疆的威胁与侵略。
虽然林则徐在1845年正月被朝廷调回中原，但是，这位近代中华民族杰出的爱国主义者始终没有忘记新疆的安危，他不愧为坚定的“抗战派”，拥有远见卓识的军事见解，直到他去世前，还在大声疾呼：“终为中国患者，其俄罗斯乎！”
沙皇俄国原本是一欧洲国家，并不与我国接壤，但是为了实现其向东扩张的野心，从16世纪开始就采取步步为营的堡垒推进政策，逐步的向东蚕食。
鸦片战争前，沙俄已经侵入我巴尔喀什湖以东以南地区，其在我新疆先是采取“迅速地、悄悄地和连续不断地”（恩格斯语）推举方针。到鸦片战争后，更是发展到了肆无忌惮的地步。不断地建立军事堡垒，修筑公路，实行武装移民。
而此时的清政府由于要支付列强大量的赔款，竟不顾边疆的安危，采取缩减新疆军费并裁撤伊犁镇总兵军事机构。
太平天国起义爆发后，清政府更是无暇西顾，沙俄进一步蚕食我西域地区。同时，新疆一些封建地主和宗教头目也纷纷割据自立为王，尤其是阿古柏，其在沙俄以及大英帝国的幕后支持下，于1865年至1877年成立哲德沙尔汗国，祸乱新疆，造成西域地区生灵涂炭，史称“阿古柏之乱”。
鉴于新疆大乱，清政府已经失去对新疆的掌控，于是，是否收复新疆也被提上了清政府的议事日程。
1872年，65岁的左宗棠上奏朝廷，表达了收复新疆的思想。次年春，他又详细地分析了敌我双方的形势，并明确提出了收复新疆的具体方案。他指出：要抵御沙俄，必先稳定新疆，欲收复伊犁，必先攻克乌鲁木齐。乌鲁木齐形势稳固后，就可明示俄国，伊犁乃我疆域，寸土不可相让。
1874年，日本入侵了我台湾地区，由此，在清政府的决策层发生了一场关于海防还是塞防的大辩论。
以直隶总督李鸿章为代表的一派公然主张放弃新疆，他强调“海防”，主张放弃“塞防”，说什么新疆不复，于肢体之元气无伤。海疆不防，则腹心之大患。认为即使勉强收复了新疆，将来也断不能久守，而且以目前朝廷之力，实在不能专顾西域。
当时官居文华殿大学士兼直隶总督的李鸿章权高势大，年龄也比左宗棠小，正是年富力强之时，自然有相当一部分朝臣和地方督抚是按照他的门调随声附和。在李大人的鼓噪下，当时有“边疆无用论”、“得不偿失论”、“出兵必败论”等诸多负面言论。
值此关键时刻，左宗棠力排众议，据理力争，他上奏朝廷，针对李鸿章只有牺牲塞防，才能加强海防的奇怪逻辑，明确指出：“东则海防，西则塞防，二者并重。”所谓“并重”，不等于是平均使用力量，而是有个急缓之分。
左宗棠继续分析，当时日本入侵台湾后，中日之间签订《北京条约》，事情已有了断。从历史上看，乾隆年间平定西域之乱，当时满朝文武也是对大举兴师有所疑虑，但乾隆帝不为所动，立军威，平定西域后，使得前代的九边皆成腹地，所以京师之地百年多没有烽火之灾。我们今天受惠于前人的伟大举措，所以我们也要站的高些，为后代子孙想的远一些。
左宗棠与李鸿章这两位朝中重臣意见完全相左，一时相持不下。此时的光绪帝刚刚登基，年幼无知，朝中大事全由慈禧太后把持，她对军国大政也没什么主见。
这时，在朝中威信颇高的大学士、军机大臣文祥站在了左宗棠一边，他说，如果西域之乱数年不平，养成大患，万一破关而入，陕甘内陆危急，蒙古诸部也将随同作乱。到那时要是海防进一步危急，陆海两面受敌，如何抵御？
因此，文祥主张，火速派大军出关，先解西域燃眉之急，待塞防基本稳定后，再来认真从事海防建设。文祥还认为，目前左宗棠手下的部队，都是百战之师（刚刚镇压完太平天国和捻军起义），如果乘锐出关，攻未经大敌之寇，不难平乱。
最终，文祥的明确表态，使得左宗棠的意见在朝廷中占了上风，慈禧乃下决心出兵收复新疆。1875年5月，清政府任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务，授予他筹兵筹饷、指挥军队的全权。而这，正应了25年前林则徐对左宗棠的预言：“东南洋夷，能御之者或有人；西定新疆，舍君莫属。”
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