输尿管结石的外科治疗选择包括ESWL、输尿管镜、经皮肾镜碎石(PＣNL)，少数情况下可能需要开放或腹腔镜手术。美国泌尿外科协会(AUA )输尿管结石临床指南专家小组收集了自1966-1996年的30年中的所有文章并进行荟萃分析对原位近段结石ESWL、返回肾盂结石ESWL、留置支架后ESWL, PCNL,输尿管镜及切开取石术进行分析：结石≤lcm时，ESWL及输尿管镜无结石率分别为84%及56%，结石>1cm时分别为72%和40％。ESWL及输尿管镜的并发症发生率分别为4%及11%。尽管切开取石术的结石清除率为97%，但伴随住院时间的明显延长和术后并发症的增加，因此并不推荐为一线治疗。由于ESWL具有更好的疗效和更低的并发症发生率，无论为原位结石或退回至肾盂结石，ESWL应该作为小于1 cm近端输尿管结石的首选治疗。如结果直径大于lcm,ESWL, PＣNL及输尿管镜均为可接受的选择。梗阻状态的孤立肾留置输尿管支架管是必要的。
输尿管结石治疗的最佳疗效来自近段输尿管结石的钬激光碎石术。半硬性及软性输尿管镜可达到80%~100%的输尿管结石清除率。目前输尿管软镜的放置技术明显改进，甚至无需扩张输尿管开口即可将软输尿管镜置人输尿管结石附近，加之钬激光在临床逐步得到普及，极大促进了任何大小、成分及部位的输尿管结石输尿管镜治疗的疗效。一些学者已显示远近段输尿管结石输尿管镜治疗的疗效。平均结石清除率为95%，并发症小于1%，并发症多为输尿管狭窄或穿孔。Park及其同事分析了或ESWL或输尿管镜碎石治疗远近段输尿管结石的疗效，结果显示结石直径>lcm时ESWL的疗效明显下降(分别为83%和42.I%)，而输尿管镜碎石的结石清石率与结石大小无关(分别为88.9%和86.6%)。
输尿管镜是嵌顿性结石的理想选择，阻塞性结石是指导丝或输尿管导管不能通过的输尿管结石，或指结石在同一部位停留超过2个月以上。阻塞性结石常难以被ESWL粉碎，可能的原因是结石表面缺乏水介质而减低了产生碎石作用的空化效应。Mugiya及其同事报道了一组104例嵌顿性输尿管结石，其中83例位于近段输尿管;100例(96.2% )患者经单次输尿管镜治疗结石完全粉碎，随访一个月，结石清除率为100%，并且无明显的手术并发症。软输尿管镜可能是ESWL治疗失败或胱氨酸尿症、肥胖、出血倾向等患者的选择。如ESWL时需要留置输尿管支架管，将结石推回至肾盂可能更有利于结石的完全粉碎。经皮肾镜碎石对某些输尿管近段结石是合理的选择。近段输尿管扩张有助于较粗直径的肾镜进人输尿管近段粉碎和取出结石，曾有报道结石清除率为86%。尽管经皮肾镜能快速清除结石，但该术式需要全麻且并发症较高。因此，经皮肾镜通常适用于复杂及近段的输尿管结石，尤其适合的患者包括嵌顿性结石其他治疗失败者、近段输尿管肾盂扩张者、较大的结石和远段输尿管狭窄者。
远段输尿管结石取石的理想治疗仍有争议，ESWL及输尿管镜均为有效和安全的治疗方法。AUA关于输尿管结石临床指南小组专家在1997年进行了一项相关的荟萃分析研究显示对远段输尿管结石，无论ESWL及输尿管镜均为理想的治疗选择。这项推荐意见基于结石清除率、并发症、及各自的再次治疗率等。然而这项研究所利用的资料来自于采用老式的碎石技术和输尿管镜技术。作为推荐治疗选择的ESWL及输尿管镜有其各自的优缺点。输尿管结石治疗的首要目标是结石清除状态，而AUA指南的Meta分析显示9422例ESWL患者中结石完全清除者为85%，而3978例输尿管镜治疗的患者中则为89%。指南资料中有两项随机前瞻性研究比较了输尿管镜治疗和ESWL对远段输尿管结石治疗的疗效。Pearl及其同事对64例输尿管结石患者进行了随机研究，结果显示无论ESWL或输尿管镜治疗，术后X线检查显示结石完全清除率为100% 。
ESWL是一种有效、无创、并发症低的治疗方法，而且与输尿管镜比有无需麻醉、留置导管等优点。但ESWL的疗的成功率不如输尿管镜高，且设备昂贵，有时有些结石不能在X线上显示而影响定位，还有需要随访较长时间才能了解结石的清除情况，再次治疗率及费用均高等缺点。输尿管镜治疗成功率高、创伤小、并发症低，还能处理较大和多发结石，而且清除结石的效率即刻显现，但输尿管镜碎石取石术需要一定的训练和技术，需要更强的麻醉及术后需留置输尿管支架管。
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