一、温度
温度的变化不仅可以用来判断堆肥过程所处的阶段，还可以影响微生物的生长及其活性，进而通过其活动影响肥堆中含碳有机物的分解矿化过程、堆肥的卫生指标合格和堆体腐熟进程。我国颁布的粪便无害化卫生要求（GB 7959-2012）中规定堆肥时堆体温度在50℃以上的时间不少于10d或是在60℃以上的时间不少于5d，便认为能够杀灭堆肥原料中所含的一些致病菌，以此来保证堆肥的卫生指标合格以及堆肥产品的腐熟。有研究表明，在现代化堆肥过程中，温度一般控制在55℃左右，在此温度下不仅有机物降解快，还可灭活绝大部分病原体。过低的温度将大幅度增加堆肥腐熟的时长，有实验研究表明，在一定范围内，堆体温度每升高10℃就可以将堆体中微生物的生化效率提高一倍。而过高的温度（＞70℃）则会对肥堆中微生物的生长活动产生负面影响。因此，在堆肥过程中必需要采取措施适时地控制堆体温度，一般采取的方法有：调节堆肥物料在粉碎时的粗细程度、调节堆肥期间的通气量以及适时地翻堆。
二、水分
在好氧堆肥过程中，含水率对堆体的物理（如颗粒紧实度和温度等）、化学（如硝铵态氮、碳氮比、阳离子交换量和pH值等）以及生物学特征、腐熟进程及其品质都具有重要影响。在陈聪的研究中还进一步发现堆体中含水率的大小是微生物在降解有机物过程中能否最大程度地摄取溶解性养料的关键因素。一般而言，当初始含水率在45% ~ 70%之间即能满足微生物的生理需求，保障堆肥顺利完成。堆体含水率过高或过低都会对堆体造成影响。堆体水分过多会降低堆体温度、影响微生物活性、导致水分充满物料颗粒、紧实度增加、通气性降低并产生局部厌氧环境，进而产生臭气，降低堆肥速度，影响堆肥质量，而含水率过低则不能满足微生物的正常生命活动和代谢的需求。
槽式好氧堆肥
三、pH
pH是影响微生物生命活动、新陈代谢和酶活性的重要因素之一。pH值小于2.0，会使微生物失活，有机物降解过程将停止，而高于8.5，又会加强堆体中的氨化作用，造成氨气大量挥发，不利于养分的积累。不适宜的pH会抑制堆体内微生物的活性，进而影响堆肥进程。有研究表明，微生物降解活动的最佳pH在5.5到8.5之间，也有学者认为当pH在7.5到8.5时，微生物的生长的增长速率和对有机物分解效率最佳，一般认为pH范围在6.7~9.0之间时，微生物都可以较好的生长。
四、碳氮比
C/N是微生物活动的重要营养条件，堆肥物料中营养物质的平衡其实主要指的是碳素和氮素的平衡。其中碳源为微生物的生长活动提供能源物质，是微生物细胞合成的主要材料，是微生物生长代谢所需能源的供给库；而氮源则是微生物的营养物质来源，参与构成微生物细胞中的蛋白质、核酸以及酶等重要组分与微生物的繁殖息息相关。有研究表明，C/N对肥堆中微生物的生长和活动、堆肥腐熟时间长短和有机肥的品质好坏都有很大的影响，C/N过低，会导致堆体温度上升缓慢，不能有效降解肥堆中的含碳有机物，且过量的氮素无法成为微生物细胞合成的营养物质，将以NH3气体的形式溢散，既降低了产品肥效又造成了严重的环境污染；过量的氮素还会大幅度压缩堆肥的高温持续时间，不利于杀灭堆肥原料中存在的有害微生物和杂草种子，堆肥结束时，产品将满足不了无害化的相关规定。而C/N过高，微生物就要经过更多次的代谢循环来氧化消耗掉过量的碳元素，直到堆体的C/N达到适宜其生长繁殖的范围，不仅会造成有机碳的大量损失，还会延长堆肥腐熟周期。
条垛式好氧堆肥
五、通气量
通风供氧不仅起着为肥堆中好氧微生物生长繁殖提供氧气，调节堆体温度，降低堆体中多余水分的作用，同时还带走了堆体内产生的恶臭气体。当堆体含氧量不足时，会造成厌氧环境，不仅影响有机质的降解，还会产生臭气，而过量的含氧量也会使得堆体温度下降，影响腐熟进程。适宜的含氧量对堆肥化过程起着积极作用，不但有利于好氧微生物的生长繁殖，促进其有氧呼吸作用，还可以加速堆肥的腐熟速度，提高堆肥产品质量。因此，堆体内的含氧量为5% ~ 15%时，即可满足微生物生长代谢的氧需求。
