气功究竟起源于何时，至今未见直接的文献资料，目前是根据几个间接文献的互相佐证推测的。据中国最早的史书《尚书》记载：在四千多年前的唐尧时期，中国中原地区曾洪水泛滥成灾。《吕氏春秋·古乐篇》就有用有“宣导”作用的“舞”来治疗“筋骨瑟缩不达”之疾的记载。《黄帝内经》也有用导引、按跷来治疗骨关节病的记载，到春秋战国时期已发展成为“导引按跷”。
1975年在青海乐都地区柳湾三坪台出土的马家窑时期的文物——浮雕彩陶罐上，是一个练气功站桩的人形，说明中华气功至今至少有5000年的历史。
一、殷周时期的气功萌芽
殷商时期，我们的祖先创时历，应用干支纪日法，制造石器、骨器，进而是青铜器。农业生产较前发展，生活和文化较前进步，人们对自然的认识也渐增进。虽然天体运动与神话相伴，周天之说已见端倪，对身体各部分结构已有观察，对疾病的危害也已有所认识，并具有了一定的医药知识。这都为气功养生法的产生奠定了基础。
传说殷时活了八百岁的彭祖，得益于“常食桂芝，善导引行气。”（《中国人名大辞典》彭祖）又有一位容成公“自称黄帝之师，见周穆王，能善补导之事，取精于玄牝，其要谷神不死，守生养精气者，发白复黑，齿坠更生。”（《云笈七签》）说明殷时已有气功导引养生法的存在。据《吕氏春秋·古乐篇》记载：“昔陶唐之始，阴多滞伏而湛积，水道壅塞，不行其源，民气郁阏而滞着，筋骨瑟缩不达，故作为舞以宣导之。”创编“舞”用以疏通经络，理气导滞，以防治郁滞不通之疾，这种“舞”已类似今天的健身气功。
二、先秦诸子与气功
春秋战国时期，是我国科学技术发展的第一个高峰时期，道家、儒家、仙家、兵家、法家、杂家、阴阳家相继出现，形成了历史上“百家争鸣”的时代。随着人们对社会和自然的认识逐步加深，开始积极探索生命的生长壮老规律以及与之相应的卫生保健方法，导引、食气（服气）、吐纳、行气之术逐渐为人们所采用，为气功理论的发展提供了丰富的资料。
春秋战国时期，老子的《道德经》除了是一部经典的哲学著作外，也为探索气功学的理论奠定了基础，它把气功养生的三大要素——调心、调息、调身都上升到理论的高度，“守一法”也出自该书，故《道德经》对后世气功的发展很有影响。 “守一”的“守”是指“意守”，“一”是指意念集中为“一”。所谓“守一”，即指练功时意念集中于身体的一个点，或一件自然景物，或一件其他事物，也可以说是在众多的意念中，选择其中一项，并对此一项意念活动保持较长时间的稳定。
孔子提倡修身（健身），以“守中”类功法传世。所谓“守中”，即在练功时，意念集中于身体或脏腑，或自然景物之内，不前不后，不左不右，不上不下，恰处天和之中。
《庄子??刻意》中的“吹口句（xu音虚）呼吸，吐故纳新，熊经鸟申，为寿而已矣。此导引之士，养形之人，彭祖寿考者之所好也。”则说明了习练气功的目的只是为了健康长寿而已。
孟子提倡“吾善养吾浩然之气”，强调练气功要重视道德修养的修身方法，这与当今世界卫生组织提出的健康新观念：“一个人在躯体健康、心理健康、社会适应良好和道德健康四个方面皆健康的人才算健康的理念”不谋而合。
宋、尹则把老子的“道”和“气”统一起来，认为“道在天地之间也，其大无外，其小无内”，“遍流万物而不变”（《心术》）。又进一步提出了精、气、神的概念，其“气论”对气功学的基础理论有很大影响。
动静结合的观点则首见于《吕氏春秋》，吕氏首先指出了“静”的重要性，“精神安乎形，而年寿得长焉”。接着又指出了“动”的重要性，“流水不腐，户枢不蠹，动也，形气亦然，形不动则精不流，精不流则气郁”。由于静与动对人体来说都是非常重要的，因此最好的方法是“宜动者静，宜静者动也”。吕氏这一思想对后世产生了十分重大的影响。
战国时期还出现了专以养生为务的“神仙家”，其中的突出代表有被后世广为传扬的王乔与赤松子，他们对气功的影响也很大，致使不少功法都冠以二者的名字。
《战国玉铭》又称《行气玉佩铭》、《行气玉铭》以及《行气铭》，据专家考证，这是公元前5世纪末至4世纪初一件反映气功历史的珍贵文物，也是到迄今为止最早且完整描述气功锻炼的实物，在这一中空但未透顶的十二面体玉制饰物上，刻有四十五个铭文，表明在战国时代气功功法确已达到相当高的水平。
在战国至汉初成书的第一部中医经典《黄帝内经》，奠定了古老气功的医学基础。《素问??上古天真论》中记载：“余闻上古有真人者，提挈天地，把握阴阳，呼吸精气，独立守神，肌肉若一，故能寿敝天地，无有终时，此其道生。”从气功锻炼的角度来看，这正是古人对远古时期人们修炼气功境界的描述。“呼吸精气”、 “独立守神”、“肌肉若一”已有了三调的雏形。《黄帝内经》的医学理论是一种社会医学，它所奠基的气功学，古时称为“黄老之学”，恰好符合当代的“社会一心理一生物”医学模式。《素问??上古天真论》云：“虚邪贼风，避之有时，恬淡虚无，真气从之，精神内守，病安从来。”正是气功锻炼的指导思想和基本原理。《素问??遗篇刺法论》更介绍了气功治疗慢性病的具体方法。后世练功的“入静”、“气贯丹田”、“舌抵上腭”、“叩齿吞津”、“玉液还丹”等等，也都由此而来。
先秦时期，社会上已有从事气功研究的术士、方士。气功养生术从休息以利于体力恢复的简单应用，成为有理论、有实践的预防养生、祛病健身的导引气功。如楚国盛行导引行气，著名的方士就有“羡门高豀、上成郁林、公乐聚榖”（宋玉《高唐赋》）。姜亮夫先生说：“燕齐以求仙方而延年为主，而楚南以养气而外生死为宗，故燕齐多方士，而楚南多隐逸……而导引行气，始于楚南。”（《屈原赋校注》）可见战国后期社会上气功养生术的普遍流行。《素问》即有“中央者，其地平以湿……故其病多痿厥寒热，其治宜导引按跷” 之论（《异法方宜论》）。
《管子》则谓“故能正能静，然后能定。定心在中，耳目聪明，四肢坚固，可以为精舍”，此乃以稳定形神立法。《荀子??修身篇第二》提出“治气养心之术，血气刚强，则乘之以调和”，提倡用中和法调节精神与形体。功法已有动功、静功等不同，并且收载在诸子的著作里流传下来。
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