针对有限责任公司股东未尽出资义务时能否对其限制股东权利或者解除股东资格问题，《公司法》中没有直接、明确的规定。最高人民法院在《公司法解释三》第16条、第17条中专门对此问题进行规定。其中，第16条规定：股东未履行或未全面履行出资义务或者抽逃出资，公司根据公司章程或者股东会决议对其利润分配请求权、新股优先认购权、剩余财产分配请求权等股东权利作出相应的合理限制，该股东请求认定该限制无效的，人民法院不予支持。第17条规定：有限责任公司的股东未履行出资义务或者抽逃全部出资，经公司催告缴纳或者返还，其在合理期间内仍未缴纳或者返还出资，公司以股东会决议解除该股东的股东资格，该股东请求确认该解除行为无效的，人民法院不予支持。在前款规定的情形下，人民法院在判决时应当释明，公司应当及时办理法定减资程序或者由其他股东或第三人缴纳相应的出资。在办理法定减资程序或者其他股东或第三人缴纳相应的出资之前，公司债权人依照《公司法解释三》第13条或者第14条请求相关当事人承担相应责任的，人民法院应予支持。
股东出资存在瑕疵主要表现为未履行或未全面履行出资义务和抽逃出资。未履行出资义务，即股东根本未出资，按照主观意愿不同，可分为虚假出资（宣称出资但实际未出资）、拒绝出资和因客观情况变化而不能出资。未全面履行出资义务，包括未足额出资、迟延出资和瑕疵出资（非货币出资的财产存在权利或物的瑕疵）。抽逃出资具有复杂性、隐蔽性等特点，《公司法解释三》第12条对实践中常见的抽逃出资行为进行了归纳，包括：（1）制作虚假财务会计报表虚增利润进行分配；（2）通过虚构债权债务关系将其出资转出；（3）利用关联交易将出资转出；（4）其他未经法定程序将出资抽回的行为。
股东出资瑕疵，会导致公司资本不充实，损害公司利益，进而侵害公司其他股东和公司债权人的利益。但股东出资瑕疵，承担的应是补足出资责任、向其他股东或债权人的赔偿责任，股东资格和权利并不当然被剥夺。依据《公司法解释三》第16条、第17条的规定，限制股东权利或解除股东资格属于公司意思自治事项，应由公司通过公司章程或者股东会决议决定，司法不宜进行过度干涉。公司或股东直接提起诉讼，请求法院限制股东权利或者解除股东资格的，法院不予支持。
公司作出股东会决议，以对股东权利进行合理限制或解除股东资格。首先，需要满足公司法和公司章程对于股东会决议的一般要求，履行通知、召集、表决等各项程序，否则可能导致股东会决议不成立或可撤销；其次，通过股东会决议限制股东权利或解除股东资格，还需要符合一些特定程序与条件。
被限制的股东权利原则上应仅限于股东自益权，即股东获得财产利益的权利，包括利润分配请求权、新股优先认购权、剩余财产分配请求权等；原则上不应限制股东的共益权，即股东对公司重大事务参与管理的权利，包括知情权、提案权、质询权等，因为共益权没有直接的财产内容，与出资的联系相对较弱；表决权虽然属于共益权，但是否可以对其进行合理限制，实践中尚存在争议。
解除股东资格这一严厉措施只适用于严重违反出资义务的情形，即“未出资”和“抽逃全部出资”，未完全履行出资义务和抽逃部分出资的情形不能适用。
公司作出解除股东资格的决议前，应给予股东补正机会，即应当催告股东在合理期间内缴纳或者返还出资，股东在合理期间内仍未缴纳或者返还出资的，公司才能以股东会决议解除股东资格。应当根据出资形式确定合理期间，若股东以知识产权（如商标、专利）出资，则应当考虑知识产权转让所需的审批时间；若以货币出资，如出资金额巨大，应给予组织资金的必要时间。
限制股东权利或解除股东资格的股东会决议一经作出，若无人对其效力持有异议，在未经司法裁判宣布无效之前，其效力是确定的，无须通过诉讼来进行确认。如对该股东会决议的效力存在争议，法院可在判决中认定其效力。
为向公司债权人传达更真实的信息，保障公司债权人的利益，法院在判决确定股东除名行为的效力时，应当向公司释明，要求公司及时办理法定减资程序或者由其他股东或第三人缴纳相应的出资，以消除公司资本中的“空洞”。公司办理法定减资程序或者其他股东或第三人缴纳相应的出资之前，被除名的股东仍然应当承担此前由于其未履行出资义务或者抽逃全部出资所导致的对公司债权人的法律责任。
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