刘备与诸葛亮之间关系的亲密程度在历史上是少有的，用刘备的话说两人之间是“犹鱼之有水也”。从刘备与诸葛亮以及诸葛亮对刘禅的忠诚态度来说，诸葛亮确实如同滋养刘备父子这两条鱼的水。不过，刘备与诸葛作为君臣，两人之间除了水乳交融的关系，还有着另外的一面，那就是“先主之疑，盖终身而不释”，以及诸葛亮由此而作出的因应反应。
刘备与群雄角逐中原时，基本是连连败北的，后来只得南投荆州的刘表。欲想在此地打开新的局面，要实现这个目的就得寻求与当地势力的结合，因此，在建安十二年(公元207年)便发生了历史上著名的三顾茅庐典故，请出了荆、襄地主集团的杰出人物诸葛亮，从此开始了二人之间的真诚合作。为表示对诸葛亮的器重之意，刘备与诸葛亮“情好日密”，但这这种局面很快招来跟随刘备南下的老班底的一些人的不满，“关羽、张飞不悦”，刘备说道：“孤之有孔明，犹鱼之有水也，愿诸君勿复言。”关羽、张飞等虽不再言语，但恃“同起之私思”，对诸葛亮的不满与嫉妒之心并未消除。
刘备长坂坡战败之后，“诸葛东使，鲁肃西结，遂定两国之交，资孙氏以破曹，羽不能有功，而功出于亮。”刘琦曰：“朝廷养兵三十年，而大功出一儒生。”与其说刘琦所说是赞誉之词，倒不如说是嫉妒更为合适。刘琦尚且如此，关羽则更甚，以至对诸葛亮的忌恨又进一层，且迁怒于鲁肃，迁怒于东吴。关羽拒绝了与东吴结亲，并辱骂东吴使者，最后发展到荆州之失。
刘备不以此为戒，仍决定全力与东吴大决战，最后落得惨败猇亭。而作为一国之重臣的诸葛亮在做了谏阻后便不言不语了。诸葛亮为何仅作谏阻不听之后即保持缄默勒呢？这是因为“(亮)在蜀汉，兄弟分在魏、吴，三国之重望，集于一门。”在东吴政权中，多有避乱江东的荆襄人士，他们之间或为亲戚，或为好友。
仅以诸葛亮之兄诸葛瑾为例。诸葛瑾在东吴官至大将军、左都护、豫州牧。又有其女嫁于东吴权臣张昭之子张承，另有女被孙权为子孙和纳之。我们再从《三国志·孙松传》中可知，孙权侄孙松死时，“蜀丞相诸葛亮与兄瑾书曰：'既受东朝厚遇，依依于子弟，又子乔良器，为之侧枪，见其所与亮器物，感用流涕。’”正因为有如此复杂的社会关系，猜疑也就无可避免。王夫之在《读通鉴论》中说道，刘备“疑公(诸葛亮)交吴之深，而并疑与子瑜(诸葛瑾)之合。故其信公也，不如信羽(关羽),而且不如孙权之信子瑜也。”王夫之的这一见解是不无道理的。这就是刘备为报关羽之仇，率兵东征孙权时，诸葛亮不便多言的原因。直至刘备兵败猇亭，诸葛亮也就只能叹息道：“法孝直(法正)若在，则能制主上，不东行，就复东行，必不倾危矣！”
如果说由于一系列的原因，使得刘备与诸葛亮之间形成许多隔阂，而未能全力一致对外的话，那么，蜀汉统治集团内部一系列矛盾的交织，也使得他们之间不能没有分歧。
刘备夺取益州以后，其统治阶层内部大致包含三大集团：一为关羽、张飞等追随刘备南下的旧部属，为班底人马，二为以诸葛亮为首的荆、襄人士，三则是以法正为代表的蜀地人士(其中包括一些避乱益州的东州人士)。诸葛亮与刘备旧部不可避免地产生矛盾，在前面的内容中已略见一斑。从各自的利益出发，以法正为代表的蜀地人士也常与诸葛亮发生矛盾。据《资治通鉴》卷六十七：“亮曰：…蜀土人士，专权自恣，君臣则道；渐以陵替。宠之以位，位极则贱，顺之以恩，恩竭则慢，所以致叛，实由于此。"
从诸葛亮这一席话可知他对蜀土人士“专权自恣”颇为不满，而刘备占据益州，就需要得到当地集团的支持，并且刘备欲以此为根基，北伐中原，兴复汉室，因而更须依靠蜀土人士，由此蜀土人士权大势重，为刘备所重用，相对来说，荆、襄人士则受到了冷落。刘备攻取汉中后，更封法正为尚书令。刘备对其授之以权柄，言听计从，引以为心腹，当时法正“外统都畿，内为谋主。一飧之德，睚眦之怒，无不报复，擅杀毁伤达数人。或谓诸葛曰：'法正于蜀郡太纵横，将军宜启主公，抑其威福。’亮答曰：“主公之在公安也，北畏曹公之强，东惮孙吴之逼，远则惧孙夫人生变于肘腋之下。当斯之时，进退狼狈，法孝直为之辅翼，令翻然翱翔，不可复制，如何禁止法正使不得引其意邪？”从这一席话看来，诸葛亮对刘备明显是含有怨愤之情的。
另一件值得提的事是“白帝城托孤”。刘备在病危之时，对诸葛亮说：“君才十倍曹丕，必能安国，终定大事。若嗣子可辅，辅之；如其不才，君可自取。”乍一看去，这似推心置腹之辞，其实不然。在这里其实包含着刘备的疑虑，“先主(刘备）之疑，终身而不释。”因而诸葛亮听后急忙表示“臣敢竭股肱之力，效忠贞之节，继之以死。”这样近乎发誓地表明心迹，其欲释疑之心可以想见。
从以上分析，人们不难看出，刘备与诸葛亮之间的关系，除了相处融洽、对内对外政策大多相同外，还有着很多不甚一致、不甚相契的一面。
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