所谓皇家寺庙，就是由皇家建造和供养的佛寺。在古代社会很多国家出资，皇帝下旨修建起来的寺庙，这些寺庙都属于皇家寺庙的范围。
在天水，有皇家身份的寺庙只有两个，一个是麦积山的瑞应寺，那是西魏文帝皇后乙弗氏到麦积山出家为尼的地方，因皇后在寺庙遂改名为麦子庵。隋仁寿元年(公元601年),文帝杨坚敕葬舍利于麦积山，赐改净念寺，唐初再敕改应乾寺。在一个就是南郭寺了。
南郭寺位于天水市南郊慧音山坳，面临藉水，背负青山。古柏苍郁，巨槐参天，梵宇辉煌，环境清幽，被视为天水第一古刹，列入秦州八景之中。因寺院处秦州城郭之南，故有“南郭寺”之名，历史上也有称为南山寺的。
南郭寺的创建，源于隋文帝崇佛，在全国广建佛塔，南郭寺舍利塔即是其中之一。隋文帝在位二十四年，“前后营造寺塔五千余所”(范文澜《中国通史》)。仁寿元年(公元601年)，文帝颁诏于雍、歧等30州建塔，安置佛舍利。建塔的仪式隆重，规模浩大，安排周密。限十月十五日午时，同下入石函。总管刺史以下，县尉以上，停常务七日，专检校行道及打刹等事。建塔的式样均按“所司造样，送往当州”的标准样建造。诏书指定“秦州于净念寺(麦积山)起塔”。
仁寿二年(公元602年)正月，隋文帝第二次颁诏分舍利于秦州、陕州、恒州、杭州等53州建塔，安葬舍利。仪式规模一如前式，
佛教经典《法苑珠林》曾载，隋文帝仁寿二年（公元602年）正月二十三日，曾诏告恒州、兰州、秦州等53州于农历四月八日午时下舍利入函。“秦州重得舍利，函变玛瑙。”南郭寺舍利塔就是落实隋文帝这一次诏书而修建的。下诏指定的寺院是永宁寺，由当时的州政府及永宁寺负责建塔，因为永宁寺在城内，囿于地理限制，也为了风水考量，故按照隋文帝旨意：“山水寺所，起塔依前山。旧无寺者，于本州内清静寺处建立其塔”，选定地址，建立在南山之上，即后来的南郭寺西院隋塔所在地。南郭寺的建立应该与隋塔有着密切的联系，在修建舍利塔之前，这里没有寺院。南郭寺是因塔而建，是建立舍利塔之后为了供奉舍利而建立起来的。初始当以南山寺而名，唐代以后因杜甫诗歌而有南郭寺之名。
隋塔建立后，一千多年来几经颓废，宋代曾重修，不久遇地震而圮。清顺治十五年(公元1658年)，谢鉴等人修配殿的同时又修缮了古塔。民国九年(公元1920年)遇大地震倾塌。仅剩的三层塔身也在1922年被地方军阀孔繁锦拆除，所拆之砖，移建了他的“造币厂”。2017年，秦州区把南郭寺博物馆列入重点工程项目，其形制为佛塔状，继承了佛塔建筑的精髓，以八角九层建设，传承佛塔佛教文化。也找回了南郭寺皇家寺庙的身份。
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