肠道细菌伴随我们一生，且对我们的健康至关重要，而环境对我们的肠道菌群有很大的影响。肠道细菌的定植从母亲怀孕时就开始了，到两岁或三岁时基本发育成熟和完善。因此，从子宫开始并持续到生命的最初几年，环境似乎都具有特别强大的影响。
我们的免疫系统在出生时并没有发育成熟，而生命早期的肠道菌群对免疫系统的健康发育至关重要。因此，早期生活环境对免疫系统发育的重要性也不容忽视。现在我们知道，早期接触细菌有助于免疫系统的发育。如果在生命早期能够经常接触到一些无害的细菌，炎症就会减少，免疫系统也会更健康。
早期生活环境影响免疫系统的健康发育，而免疫系统的发育障碍是导致现代社会炎症和自身免疫性疾病高发的主要原因之一
由于现代生活方式的改变，我们失去了接触大量细菌和其它环境微生物的机会，而它们正是我们健康的肠道菌群和免疫系统发育所必需的。由于卫生条件的改善，我们确实大大降低了传染病和婴儿死亡率。然而，我们可能在卫生方面做得太过了，以至于破坏了我们免疫系统的发育，这可能导致过敏和自身免疫性疾病的增加。
父母想要保护自己的孩子是理所当然的，这其中当然也包括保护他们不受细菌感染。然而，过度的保护可能适得其反，反而可能增加炎症、自身免疫和过敏性疾病的风险。为什么呢？我们的身体拥有自己的免疫系统军队来抵御入侵者，比如细菌感染，就像任何军队一样，我们的免疫系统也需要经过训练和实践才能更有效地运作。
我们是在不断暴露于细菌的环境中进化而来的，这对我们的免疫系统是很好的训练。想象一下我们的祖先，它们可能在一天的大部分时间都在和泥土、细菌打交道。那个时候，无论是婴儿、儿童还是成人，都会接触到大量的细菌。所有这些都是对免疫系统军队的极好训练。正因为如此，他们的免疫系统才会得到良好的训练，才能表现得更好，所以他们没有过敏、炎症或自身免疫性疾病。
然而，当我们把镜头转向今天：许多孩子每天都使用各种抗菌产品、几乎不接触泥土、经常使用抗生素，与过去的生活相比，今天的孩子们生活在一个过度洁净的“无菌”环境中，被过度的保护，他们的免疫系统军队训练很差。未经训练的免疫系统军队可能会攻击错误的目标或在错误的时间发起攻击，这就是导致炎症、自身免疫和过敏性疾病的原因。当我们的免疫系统不恰当地攻击身体的健康组织时，就会产生自身免疫；而当免疫系统错误地对不构成威胁的东西（比如花粉或食物）做出反应时，那就是过敏。自身免疫和过敏都会导致炎症增加。
研究一再发现，那些生活在清洁程度较低、非西方化社会的人，炎症、自身免疫和过敏性疾病的发病率要低得多。这可能是因为生活在这些社会中的人们的免疫系统得到了正常运作所需要的良好训练。当然，这可能不是唯一的原因，但一定是一个主要因素。这也说明，生活环境对这一社会人群的健康至关重要。同时，这也暗示，那些患有自身免疫性疾病的人，可能是生活环境出了某些问题。
自身免疫性疾病或已成为人类健康的头号杀手
我们都认为心脏病和癌症是人类健康的头号杀手。对于癌症，我们通常把所有类型的癌症加在一起，来衡量有多少人患有这类疾病。然而，对自身免疫性疾病，我们却没有这样做。自身免疫性疾病并没有作为一个整体来衡量，而是被分为很多更小的类型。正因为如此，关于自身免疫性疾病的统计数据可能具有误导性。
人体有100多种不同的自身免疫性疾病，几乎涉及人体的每一个器官。如果我们把自身免疫性疾病作为一个整体来衡量，它们将和心脏病一样常见，甚至超过心脏病。美国国立卫生研究院自身免疫性疾病协调委员会的一份声明就指出，大约有5-8%的美国人受到自身免疫性疾病的影响，已然成为了健康的头号杀手。我国的情况同样不容乐观。
当环境不那么“干净”的时候，有自身免疫和过敏倾向的人可能最不容易受到感染
那些自身免疫和过敏的人往往免疫系统反应过度。当我们没有现代医学的时候，这是非常有用的，可能会降低其死于感染的风险。然而，今天的情况大为不同，我们没有持续暴露于细菌中来训练我们的免疫系统军队。如果军队很强大，但训练很糟糕，他们很容易做出鲁莽的行为，就像免疫系统攻击我们自己的身体组织一样。
这并不是推测。现代社会有一个很好的例子可以说明这一点：撒丁岛是意大利一个非常美丽的岛屿，是世界上百岁老人最多的地区之一。撒丁岛曾经有很高的疟疾感染率，尽管感染率很高，但撒丁岛人看起来总体很健康，可能就是因为他们有强大的免疫系统，可以控制疟疾。
然而，在20世纪50年代，撒丁岛实施了一项消灭疟疾的计划，几乎完全消除了这种感染。从那时起，撒丁岛自身免疫性疾病多发性硬化症的发病率急剧上升。研究人员认为：撒丁岛人的免疫系统在来自疟疾的持续压力下进化得非常强大，它们已经习惯了与疟疾长期做斗争，一旦疟疾消失，强大的免疫系统就不知道该做什么了，它们就开始攻击人们自身的组织，在这里就是攻击神经系统组织，导致多发性硬化症。
有什么证据证明自身免疫性疾病患者可能拥有更强大的免疫系统以及这一强大的免疫系统可能保护自己不受感染吗？
有研究发现，那些对胃部组织有自身免疫的人，他们的胃部不容易受到幽门螺旋杆菌的感染。因此，对于那些对胃部组织产生自身免疫的人，其强大的免疫系统实际上可以在同一胃部组织中保护其免受感染。此外，乳糜泻是由饮食中的麸质引发的对肠道组织的一种自身免疫反应，有研究发现，与乳糜泻相关的基因也可以预防细菌感染。
因此，随着我们的生活环境变得越来越干净，强大的免疫系统反而可能成为一种负担。它们已经无需花太多的精力去对抗感染，反正闲着也是闲着，就可能开始对自身的组织或一些无害的东西做出反应了。所以，同样的免疫系统在不同的环境中可能产生不同的结果。如果你有自身免疫性疾病，或许你不要对自己的环境卫生要求太苛刻。
影响肠道菌群和免疫系统健康发育的重要早期生活环境因素
早期使用抗生素的影响
抗生素会不加选择的同时杀死坏细菌和好细菌。如果肠道菌群定植和发育过程中过度使用抗生素，比如在2-3岁之前，可能会造成某些重要肠道细菌的永远丧失，而这可能导致终身的健康问题。当然，这并不是说婴幼儿应该完全拒绝使用抗生素，而是说只有在绝对必要的情况下才使用，如无必要，坚决不用。
1、生命早期使用抗生素可能增加湿疹、哮喘和过敏的风险
越来越多的研究表明，生命早期使用抗生素会增加湿疹、哮喘和过敏的风险，特别是在一岁之前。但是，这并不意味着孩子一岁之后使用抗生素就没有问题了。一项关于哮喘的研究发现，一岁之后使用抗生素仍然存在问题，但是相对于一岁之前，问题明显减少了，减少了50%以上。研究还表明，儿童使用的抗生素越多，儿童患哮喘的风险就越高。这也就是说，在生命过程中抗生素使用得越早，危害越大。换句话说，当我们在肠道菌群定植和发育过程中使用抗生素的危害最大，而当肠道菌群已经发育成熟时使用抗生素的危害可能就减少了，但是问题仍然存在。我们的肠道菌群通常在2-3岁时发育成熟，所以在2-3岁之前应该尽量避免抗生素的使用。
2、生命早期使用抗生素可能导致超重或肥胖
生命早期使用抗生素会使儿童在以后的生活中面临超重的风险吗？从医学文献的总体趋势来看，答案是肯定的。抗生素的使用越早，使用的次数越多，使用的抗生素抗菌谱越广，在以后的生活中超重或肥胖的风险就越大。也许有人认为还有其它因素的影响，比如饮食、是否母乳喂养以及母亲怀孕时增重过多等等，但是研究人员在排除这些因素的干扰以后，抗生素和体重增加之间的关系仍然存在。
3、 生命早期使用抗生素增加炎症性肠病的风险
早期使用抗生素会增加炎症性肠病的风险。一项荟萃分析发现，几乎所有的抗生素都与炎症性肠病的风险增加有关，特别是甲硝唑和氟喹诺酮与炎症性肠病的关系最为密切。另一项研究发现，儿童期使用抗生素，患炎症性肠病的风险增加了2.9倍。研究还表明，在生命早期使用抗生素后，发生克罗恩病的风险要大于发生溃疡性结肠炎的风险。
4、抗生素是导致现代人肠道菌群变化的唯一原因吗？
显然不是。在巴布亚新几内亚的人群中有一个非常有意思的现象，这一人群仍然过着非西方化的部落生活，但是却经常使用抗生素。与美国人群相比，这个部落的人群的肠道菌群多样性要大得多，过敏和自身免疫性疾病的发病率也要低得多。即使他们使用抗生素，他们仍然有很好的肠道菌群多样性和免疫系统健康。很显然，还有许多其它因素在影响现代人的肠道菌群，可能与抗生素一样重要，甚至更重要。
那么，我们应该像巴布亚新几内亚人那样生活吗？也许光从肠道菌群多样性的角度来看，我们应该那样。然而，我们必须清楚的是，新几内亚人的预期寿命较低，婴儿死亡率也较高。这意味着每种环境都各有利弊，一端是“肮脏”的狩猎采集生活，而另一端是过于“洁净”的现代生活。
——过于“洁净”的现代生活使预期寿命和儿童存活率都有所提高，但是自身免疫性疾病和过敏症的发生也有所增加。
——狩猎采集生活的人群自身免疫性疾病和过敏症很少，但是预期寿命和儿童存活率却下降了。
因此，我们需要权衡各自的利弊，更重要的是在过于“肮脏”和过于“洁净”之间寻找一个平衡，既要保证不受一些致命性病原菌的感染，也要保证免疫系统的健康发育。
我们已经确定，在生命早期使用抗生素可能会对以后的生活产生负面影响，可能会杀死肠道中的一些有益细菌。那么，在生命早期接触更多的细菌是否会对以后的健康产生积极的影响呢？答案是肯定的。婴幼儿有几个非常重要的接触细菌的过程，这些细菌在他们的肠道内定植并训练他们的免疫系统。这些重要的过程包括分娩过程、母乳喂养和早期生活环境接触。
分娩过程
当孩子出生时，他们通过母亲的产道会接触大量的细菌。有明确的研究证明，顺产出生的孩子与剖腹产出生的孩子有明显不同的肠道细菌定植。顺产出生的婴儿的肠道细菌与母亲产道的细菌相似，而剖腹产出生的孩子的肠道细菌则来自产房的空气以及母亲的皮肤。
那么，这意味着什么呢？剖腹产会增加炎症、自身免疫和免疫紊乱的风险。研究发现，剖腹产婴儿患慢性炎症性疾病的风险增加，包括1型糖尿病、乳糜泻、哮喘和肥胖。另有一项对75万名孩子为期14年的追踪研究也发现，溃疡性结肠炎、乳糜泻、下呼吸道感染、幼年型关节炎和哮喘在剖腹产的孩子中更为常见。
这是否意味着剖腹产的孩子就注定会这样呢？当然不是。但重要的是，这可能意味你在其它可控的健康促进方面需要更加注意。
母乳喂养
母乳中既含有婴儿健康肠道所需的大量有益微生物，也含有大量促进婴儿肠道有益细菌生长繁殖的母乳低聚糖，这是配方奶粉无法比拟的。母乳喂养的婴儿肠道菌群与配方奶粉喂养的婴儿也明显不同。
与配方奶粉喂养的婴儿相比，母乳喂养的婴儿感染风险降低，认知发育提高，在生命后期发生乳糜泻、哮喘、过敏、2型糖尿病和肥胖等的风险降低。
早期生活环境接触
也许有人要说了，剖腹产和配方奶喂养有时可能是迫不得已，那怎么办呢？除了喂养方式和分娩方式以外，还有更多其它因素可以影响肠道菌群和免疫系统的发育。母亲怀孕期间和孩子生命早期的生活环境接触也有影响。
我们日益洁净的环境可能导致了自身免疫性疾病和过敏性疾病发病率的增加。相反，在农场长大的孩子很少有过敏。2006年的一项研究对此进行了深入的调查，研究人员对8000多名儿童进行了检测，并对其中300多名儿童进行了额外的血液测试。他们追踪了母亲和孩子接触农场动物的程度，以及这种接触与免疫系统标记物和后来发生的皮肤过敏和哮喘之间的关系。研究人员发现，如果母亲在怀孕期间接触过农场动物，其孩子在以后的生活中出现这些免疫紊乱的风险降低。事实上，他们发现母亲每多接触一种动物，相应的益处就会增加。孩子接触动物也会有好处，但如果是在母亲怀孕期间就开始接触动物，好处会大得多。这可能与接触更多的细菌有关。所以，越早接触细菌越好，在怀孕期间接触可能比出生后接触更好。
当然，我们大可不必为了接触健康的微生物而搬到农场。研究表明，如果家周围有各种各样自然生长的植物，皮肤上就会有更多的细菌，也就是更多样的皮肤菌群。事实上，家周围植物种类较多的青少年，细菌的多样性也较高，这与较低程度的皮肤过敏（比如皮疹和湿疹）有关。所以，亲近大自然似乎对我们的菌群和免疫系统有好处。
坏细菌真的就一定有害吗？
显然，答案可能不是简单的“是”或“不是”，但是以上所有信息值得让我们重新思考细菌。父母自然想要保护他们的孩子，但有时我们能为孩子做的最好的事情就是避免过度保护他们。免疫系统也是如此，它需要接触细菌而得到训练，而不是把它们“保护”起来避免接触细菌。
比如，儿童感染似乎是一件坏事，但是对孩子的免疫系统可能是宝贵的“训练”。举个例子，克罗恩病是一种肠道自身免疫性疾病，对大约2000名儿童进行的调查发现，早期感染可以预防日后克罗恩病的发生。
幽门螺旋杆菌大家也很熟悉，它可能引起胃溃疡甚至胃癌。然而，幽门螺旋杆菌也被证明可以预防反流和食道癌。幽门螺旋杆菌和健康之间的关系很复杂，感染时间是一个值得注意的问题。研究发现，早期接触幽门螺旋杆菌可能具有保护作用，感染幽门螺旋杆菌的儿童似乎对胃和肠道自身免疫具有保护作用。更具体地说，这些儿童可以预防克罗恩病、溃疡性结肠炎和自身免疫性胃炎。随着幽门螺旋杆菌定植的增加，过敏性疾病也会减少，甚至食物过敏也减少了。
弯曲杆菌是一种可以引起急性腹泻的细菌。与幽门螺旋杆菌不同，弯曲杆菌似乎对成年人没有好处。然而，有研究表明，感染弯曲杆菌的婴儿在以后的生活发生过敏问题的风险降低。因此，虽然看着婴儿遭受腹泻、发烧、呕吐和腹痛的折磨可能令人痛苦，但是当婴儿的免疫系统清除这种病菌时，它也受到了一些宝贵的“训练”。弯曲杆菌感染通常是自限性的，这意味着身体会自行清除它们，而抗生素被证明只能缩短1.3天的病程。
所以，细菌是否绝对有害可能不能一概而论。当然，这也不是说我们就应该完全忽视这些感染，忽视抗生素。一般来说，如果孩子感染了，只是轻微的发热或咳嗽，这其实是免疫系统与感染做斗争的表现，也许我们不需要急于使用抗生素去对抗感染，反而可能促进免疫系统的发育；但是如果感染比较严重，可能导致长期的损伤甚至死亡，那么使用抗生素来对抗感染当然是有必要的。
并非所有的“脏东西”都是一样的
请记住，不要因为增加细菌接触有助于免疫发育，你就应该不加选择地去接触“脏东西”。我们所说的“脏东西”通常指土壤、动物或植物，就如同在狩猎采集的生活环境中所接触到的，而不是现代生活环境中所接触到的污水和垃圾等。不同的环境会允许不同类型的细菌滋生。
当我们对来自孟加拉国贫民窟的儿童、非洲坦桑尼亚哈扎（Hadza）狩猎采集部落的儿童以及美国儿童进行比较时，可以很好地证明了这一点。在孟加拉国贫民窟中长大的儿童生活在一种充满污水和垃圾的肮脏环境中，与美国儿童相比，他们的肠道菌群更加多样化，但是他们腹泻的发生率也很高。相反，哈扎部落狩猎采集生活的儿童接触的通常是土壤，各种动物和植物，这使他们比美国儿童拥有更多样的肠道菌群，但却没有像孟加拉国儿童那样高的腹泻发生率。
归根结底，并不是所有的脏东西或细菌都对我们有好处。如果你去了洗手间，你应该洗手；如果你去了城市某个肮脏的区域，你应该洗手；但是，如果你刚从树林里徒步回来，那么洗手可能就没那么必要了。
生命早期的生活方式干预，以改善肠道菌群和免疫健康
生命早期是肠道菌群和免疫系统发育的关键时期，这包括孩子在母亲子宫里的时间以及出生后的最初几年。前面的内容告诉我们，这些因素可能对肠道菌群和免疫系统具有有益影响：
——自然分娩比剖腹产更具保护作用
——母乳喂养比配方奶喂养更具保护作用
——农场生活具有保护作用
——家周围生长多种多样的野生植物具有保护作用
——早期感染像幽门螺旋杆菌和弯曲杆菌这样的细菌可能具有保护作用
除了这些早期生活接触以外，还有一些生活方式因素可以帮助免疫系统和肠道菌群的发育。瑞典的一项对一千多名儿童进行的研究发现，与那些用洗碗机洗碗的家庭相比，那些用手洗碗的家庭，孩子过敏性疾病的发生率明显较低。同时，如果这些家庭为他们的孩子适当提供发酵食品，或者直接从农民那里购买食物，过敏性疾病就会更少。所有这些行为的共同点就是都会增加接触细菌的机会。
你可能也听说过其它有助于免疫系统健康发育的生活方式因素，比如日托或养宠物。有证据表明，参加日托、有兄弟姐妹和养宠物都有助于预防过敏和免疫疾病。然而，这里的研究结果有些不一致。一些研究表明，日托会减少过敏性疾病，而另一些研究表明，日托会增加过敏性疾病。一项研究发现，如果儿童在两岁前接受日托，并接受母乳喂养，患1型糖尿病的风险就会降低。然而，如果孩子在两岁之前就开始接受日托，而且不是母乳喂养，那么患1型糖尿病的风险就会增加。也许孩子需要母乳来成功应对日托的细菌轰炸对免疫系统的“训练”。
对宠物的研究也显示了同样不一致的发现，有时养宠物会有帮助，有时会使免疫状况恶化。这可能也与接触宠物的时间有关：一项系统综述表明，如果在儿童早期（6岁之前）接触宠物，可能具有保护作用；然而，如果在儿童后期（6岁以后）接触宠物，它可能是有害的。因此，接触时间很关键，同样的接触可能对幼儿具有保护作用，但是对较大的儿童或成人可能有害。《新英格兰医学杂志》上的一项研究显示，在孩子的床垫灰尘样本中发现的内毒素（细菌组分）水平越高，孩子过敏和哮喘的几率越低。儿童床垫上增加的细菌似乎可以保护他们免受过敏和自身免疫性疾病的侵害，但是对成年人来说，床单上的细菌增多可能会增加过敏性疾病的风险。
即使是在看似健康的农场里，增加接触是否也会有负面影响呢？确实有一些研究表明，早期接触农场和农场动物可能会增加过敏性疾病。这似乎违反了我们的早期接触有益的理论。然而，值得注意的是，在这些早期接触农场对免疫系统“有害”的研究中，儿童并不是生活在农场，而只是定期去农场。所以，我们可以这样理解，免疫系统要想产生健康的影响，可能需要持续接触环境中的细菌。如果只是偶尔接触，免疫系统可能会把每次接触都看作是一次入侵。
因此，如果你的免疫系统在更脏、细菌更丰富的环境中发育，也就是说，如果它受到了持续的训练，接触农场可能产生有益影响。但是如果只是偶尔接触，你的免疫系统可能会发动战争，因为它试图保护你免受这种不寻常的细菌入侵。就像跑步运动一样，如果你每天有规律地跑步，那么跑一场马拉松没有问题。但是，如果你每天都坐着不动，只是偶尔跑跑步，当你全力以赴跑一场马拉松时，你受伤的风险就会高得多。持续的刺激有益，而偶尔的刺激可能就有害了。
所以，记住要学会观察自己身体的反应。对别人有用的东西不一定对你有用。有的孩子吃发酵食品可能感觉很好，但有的孩子可能不会。即使宠物可以有帮助，但有的孩子过敏也可能变得更糟。任何一件事情不可能对每个人都有帮助。通过观察和倾听身体的反应，找到最适合自己的方法。
生命早期使用益生菌和益生元，以改善肠道菌群和免疫健康
前面我们讨论过，越早使用抗生素，对儿童的肠道菌群和免疫系统的危害就越大。所以，如果我们早期杀死细菌，这显然是不好的，但是如果我们早期支持我们的肠道细菌呢，比如通过补充益生菌或益生元？
益生菌是摄入足够数量能够对宿主健康产生有益影响的活性微生物，而益生元就是喂养益生菌的食物。越来越多的研究表明，给孩子补充益生菌是具有有益作用的，似乎孩子越早补充益生菌，帮助越大。一项研究发现，与出生后第27天开始补充益生菌或根本不补充益生菌相比，在出生后0-27天补充益生菌与1型糖尿病的风险降低有关，这是一种胰岛自身免疫。
关于生命早期使用益生菌和益生元，主要有以下一些研究进展：
湿疹：比较多的研究证据表明，补充益生菌可以降低湿疹的发生率，但是似乎补充多菌株比单一菌株效果更明显。
季节性过敏：大多数临床试验显示，补充益生菌可以改善季节性过敏的症状，减少抗过敏药物的使用。益生菌也被证明能够使抗组胺药物更好地发挥作用。
哮喘：关于益生菌帮助哮喘的证据还比较少，但是尝试益生菌是值得的，因为它们还有其它的健康益处。
食物过敏：益生菌对儿童食物过敏也具有一定的有益作用。有的研究发现，益生菌可以让牛奶过敏的儿童更快的脱敏；而另有研究发现，牛奶过敏的儿童服用益生菌后，喝牛奶引起的便秘有所减少。总的来说，如果你的孩子有食物过敏，可以尝试益生菌。
体重过度增加：母亲在怀孕和哺乳期间服用益生菌似乎可以防止儿童体重过度增加，但是证据仍不充分。
益生元：益生元对婴幼儿也尤其重要，因为母乳中低聚糖和其它益生元的含量很高。益生元可能在建立健康的肠道菌群方面起着非常重要的作用，给婴儿补充益生元表现出较大的益处。在婴儿出生后的前六个月内补充益生元，可以降低出生后前两年内气喘、荨麻疹和上呼吸道感染的风险。同样，有研究发现在出生后的前六个月补充益生元的儿童对季节性过敏的反应较轻，这种反应一直持续到五岁。
安全性：益生菌和益生元对婴幼儿是比较安全的。益生菌已被证明可以预防多种类型的致病性感染。然而，如果孩子免疫力极其低下或处于重症监护时，可能会增加感染的可能性，需谨慎使用。待孩子完全恢复后可以尝试使用
当然，益生菌和益生元不可能对每一个孩子的每一种免疫功能紊乱都有作用，但是益生菌是非常安全的，而且现代社会有太多的因素影响着孩子的肠道菌群和免疫发育，尝试一下总是没有问题的。
文章太长，最后我们对一些主要的观点做一总结：
肠道细菌伴随我们一生，在子宫里就开始形成，到两岁或三岁时基本发育成熟和完善，这一期间的生活环境对肠道菌群的影响很大，从而可能影响未来的健康。充分的证据表明，早期接触脏东西、细菌和动物有助于免疫系统的健康发育。
现代社会过于洁净的生活方式使我们失去了很多接触细菌来训练我们的免疫系统的机会，免疫系统开始不恰当地攻击身体的健康组织（自身免疫性疾病），或者错误地对不构成威胁的东西做出反应（过敏）。如果把自身免疫性疾病作为一个整体来衡量，那么其数量可能与心脏病相当，甚至超过心脏病，值得重视。
当环境不那么“干净”的时候，有自身免疫和过敏倾向的人可能是最不容易受到感染的。然而，随着我们的生活环境变得越来越干净，强大的免疫系统反而可能成为一种负担。它们已经无需花太多的精力去对抗感染，反正闲着也是闲着，就可能开始对自身的组织或一些无害的东西做出反应了。
生命早期使用抗生素应该绝对注意，只有在绝对必要的情况下才使用。抗生素会不加选择地杀死有益菌和有害菌，如果肠道菌群定植和发育成熟之前使用抗生素，你有可能永远失去一些重要的细菌。所以，抗生素使用得越早，使用次数越多，使用的抗生素抗菌谱越广，危害越大。
生命早期接触细菌有助于训练我们的免疫系统。自然分娩、母乳喂养和环境暴露（比如农场生活和各种野生植物），都有助于儿童健康肠道菌群的形成和免疫系统的健康发育。
并不是所有的“脏东西”都是一样的。我们所说的“脏东西”通常指土壤、动物或植物，就如同在狩猎采集的生活环境中所接触到的，而不是现代生活环境中所接触到的污水和垃圾等。不同的环境会允许不同类型的细菌滋生。
益生菌和益生元对婴幼儿是比较安全的。给孩子补充益生菌和益生元对免疫系统健康发育具有一定的有益作用，比如降低湿疹的发生率、改善季节性过敏的症状、加快对过敏食物的脱敏、防止体重过度增加等等。似乎孩子越早补充，帮助越大。但是，如果孩子免疫力极其低下或处于重症监护时，可能会增加感染的可能性，需谨慎使用。
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