首先,给大家看一张图,如下:
有很多人会问,这样图是怎样做的?下面,我们来告诉你
第一步,下载GDS3592和GDS1381数据集
第二步,分别对两个数据集做差异表达分析
第三步,将保存好的差异表达文件放在同一文件夹,命名为GDS3592.txt,GDS1381.txt,使用RobustRankAggreg包进行合并就可以了
这里要说一下,不同数据集测序平台不同,实验室不同,操作人员等等都不同,这样就会存在严重的批次差异,虽然分析的时候可以进行矫正,但是批次差异还是实实在在存在的,就像meta分析的异质性一样。所以关于合并有些人认为可以,有些人认为不可以,百家争鸣。
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