根本就不存在曾国藩抗旨的问题，因为慈禧根本就没有下过，将洪秀全分尸的命令。洪秀全早在天京城被攻破之前两个月，就已经病死了。后来，清廷也只捉住了16岁的幼天王洪天福贵。因此，慈禧不可能下令，去将一个死人再进行分尸。
1864年6月，负责攻打天京的曾国荃，捉住李 秀成之后。李秀成供认，洪秀全早在两个月前，就已经病死，天王的名号由洪天富贵继承。
后来，曾国藩亲自审讯洪秀全身边的宫女黄氏，并在黄氏的指引之下，在天王府内挖出洪秀全的尸体。由于太平天国信奉上帝，因此洪秀全的尸体，采用“上帝教敛法”收敛。洪秀全浑身用绣缎包裹严实，没有棺椁，尸体直接埋于天王府内，并且秘不发丧。
太平天国先后存在14年，这一场几乎席卷大半个中国，波及18个省，人数高达数百万的农民运动。一开始就以威猛的势头，迅速将这场运动发展到高潮。但随后又由于自身的原因，急转之下，将大好的局面一步步葬送。
太平天国覆灭主要有三点原因。
第一就是腐败问题。
太平天国的口号喊得很响亮，要建立一个人人平等，人人有饭吃的理想国度。在一开始，这些太平天国的首领们，还能基本遵守这条规则。但是，在他们建都天京以后，就被花花世界迷住了双眼，开始大兴土木，生活也日渐奢侈。
就拿洪秀全的天王府来说。天王府的前身是清朝的两江总督府。洪秀全占领这里以后，对其进行扩建。最后形成一个占地接近400亩，里面包含各种宫殿、花园的建筑。而且，自从洪秀全到达天京以后，几乎就再没出过天王府的大门。也就是东王杨秀清死的时候，他前往吊唁一番。这也是他11年中，唯一出的一次门。
洪秀全都是这样，他手下的人那就更不用说了。像杨秀清的东王府，韦长辉的北王府，还有肖朝贵的西王府，个个都是奢华至极。
后来的忠王李秀成，他在天京就有两座忠王府。同时，他在苏州也有府邸，那更是奢华至极。据说，建造忠王府的工人，最少的时候都有3000多人，这么多人建了3年，还没有完工。
在苏州沦陷以后，李鸿章见到这座忠王府，都不禁感叹“犹如神仙豪宅”。后来，李鸿章倒卖苏州忠王府的锡器，一次就卖掉20万斤，这只是李秀成其中一座王府的财产。李秀成兵败逃跑以后，由于随身携带的财宝漏了白，被两伙民众捉住，据说这些财宝各个价值连城，可见太平天国的敛财程度。
那至于太平天国后期高达2700多个王，虽然不是人人都像忠王李秀成那么敛财有道，但各个家底也都不容小觑。这么多的王府，最后在天京城破的时候，让京城肆虐的湘军，赚得盆满钵满。
如此奢侈的生活，一定会丧失原先的斗志。创业初期的太平天国，是因为活不下去而敢于拼命平民。而现在，因为拥有一屋子的珍宝，反而不想拼命了。太平天国这些将领被奢侈的生活，腐化的毫无斗志。这样怎么能不失败呢？
其次就是内耗。
腐朽的生活，带来的必然结果就是起内讧。由于没有一个合理的制度来进行约束，也就导致太平天国的将领，为了一己私利，不惜大打出手。
最典型的，就是发生在1856年的天京事变。这才仅仅是太平天国建都天京的第3年，太平天国首领集团，就发生了一次大规模的公开的内讧。韦昌辉，秦日纲等人，在洪秀全的授意之下，杀死了掌握绝大部分权力的东王杨秀清。仅此一役，但是杨秀清的部下，就死了2万多人。而且，秦日纲也在这场混乱中被杀。
紧接着，韦昌辉还要对石达开下手，石达开连夜逃往安庆。最终，韦昌辉的做法，激怒了其他太平天国的将领，他们联合起来将韦昌辉诛杀。
这时，洪秀全将石达开召回，让他掌管政务。但是，洪秀全又提拔了他的两个族人，来牵制石达开。石达开为了避免遭遇杨秀清、韦昌辉的下场，率领20万太平天国精锐，离开天京，独自去南方开辟新的战场。
这一场内讧，导致太平天国实力大减。但此时，太平天国还处于鼎盛时期。洪秀全又迅速提拔了一批青年将领，比如陈玉成、李秀成等人，这才稳住了太平天国的政局。
但是，随着的洪仁玕归来，他手无寸功，却被封王。这让他与太平天国这些靠军工起来的将领，之间产生了巨大的隔阂。但是，洪秀全为了显示自己的权威，丝毫不理会这些人的感受。最后，在压制不住的情况下，洪秀全不得不大肆分封将领。结果在短短的几年之间，一下冒出2700多个王。
在太平天国后期，李秀成拥有的人数最多。但是。他的地位却在洪仁玕、陈玉成之下。这也引起了李秀成心中的不满。在解围安庆的行动中，李秀成不配合陈玉成等人的行动，最终导致陈玉成孤军奋战，惨死安庆。后来，李秀成急于招兵买马，延误了解救天京的最好时机。最终，天京被攻破，有着百万人马的李秀成，也兵败被俘，写了3万多字的悔过书之后，被曾国藩杀死。
太平天国首领之间的斗争，严重损耗了太平天国自身的实力。最终优势变劣势，走向了灭亡之路。
最后一点就是人心问题。
太平天国运动初期，之所以会有那么多人愿意加入，就是因为这些人已经活不下去，吃不上饭。为了不被饿死，不得不加入太平军。
但是，当太平军稳定下来以后，高层的腐化，导致底层民众的负担日益加重。再加上，太平天国一直都存在粮食问题。尤其是失去了安徽等长江中上游地区以后，粮食问题变得更加严峻。太平天国的民众，再次面临饥饿和死亡的危险。这是很多人就开始反思，他们已经不愿意再跟着太平天国混了。
太平天国后期民心大失，大批的首领和士兵开始投降清军，这也是它失败的关键因素。
剿灭太平天国最大的功臣是曾国藩，曾国藩的势力，也是伴随着围剿太平天国，而逐渐壮大起来的。
一开始，清廷对于曾国藩这个文官，也不是特别严重。 只是觉得，让他组建个乡勇，可以当做后备力量来使用。但是没想到，清廷自己的正式官兵太过无能。反而让担任配角的乡勇，成了围剿太平天国的主流。
曾国藩的崛起也并非一帆风顺，剿匪也不是一个省力气的活。由于清廷拨款有限，曾国藩大部分时间，都要自己筹钱召集人马。为了让手下的湘军拥有更强的战斗力，曾国藩给予部下的银銄，是要远远高于正规军的。
这样一来，也就导致湘军人数不会太多。而湘军通常要面对的，都是数倍，甚至10倍的太平军。为了让湘军勇猛作战，曾国藩有时会在战前许诺，让湘军入城洗劫一番。
因此，当天京城被破之后，场景相当惨烈。之前，曾国荃在雨花台，率领18,000名湘军，遭遇到李秀成30万太平军的围攻。但是，曾国荃在与太平军多年作战过程中，抓住了太平军的弱点，就是只会猛攻，不能持久。
于是，曾国荃采用深挖战壕的战术，抵挡住李秀成的进攻。只能说李秀成指挥实在无能，拥有近20倍的兵力，而且还拥有上万支火枪。再加上湘军此时正在遭受瘟疫，非战斗减员高达一半以上。就这样，李秀成都没能赢得这场战役，这也注定太平天国必将灭亡。
李秀成败退以后，曾国荃就兵临天京城下。曾国荃在天京城墙下，埋了上万斤的炸药，直接将城墙炸塌。然后，湘军进入天京城，开始烧杀抢掠，杀死军民高达10万以上。这一场景，在影视作品中也有所展现，李连杰主演的《投名状》中，最后杀俘那一段，就是取材于此。
曾国藩虽然在围剿太平天国运动中出了大力，保住了大清的江山。但是，清廷对曾国藩却一直抱有怀疑的态度。
因为曾国藩手下的湘军一步步壮大逐渐，甚至超越了绿营军，成为清廷最能征善战的军队。而且，曾国藩一直在招兵买马，招降太平天国的将领。手下掌控的人数，远远远高于他这个两江总督，所能管辖的范围。对于曾国藩这个逐渐壮大的汉臣，而且是手握重权的汉臣，清廷怎么能不加以提防？
最终，曾国藩还是放弃了权力，将绝大部分的湘军进行裁员，甚至连曾国荃的位置都没能保住。这看似是曾国藩被利用完之后的卸磨杀驴，其实，这对曾国藩来说，也是节省了一大笔开支。
由于后期湘军扩展太快，再加上军饷过高，导致很多湘军将士，已经数月没有领到银銄。对于清廷要求裁军这一政策，曾国藩高兴还来不及。但是，曾国藩还是做了一番准备，被裁的肯定不是湘军嫡系，都是后来的投降部队。
这些人退出湘军序列之后，迅速融入底层，干起了帮会生意，但实际上，还是会受到湘军的管辖。可以说，这些人还是牢牢地被曾国藩掌握在手里。这也是清末四大奇案之一的“刺马案”，迟迟破不了案的原因之一。
其实，曾国藩最后能凭借剿灭太平天国，摘得胜利的果实，这与西方列强有强大的关系。
一方面，西方列强在前期支持太平天国，导致太平天国的军事装备，要比湘军强得多。再加上太平天国人数众多，这也是前期曾国藩无法取胜的原因。
后来，李秀成围攻上海，与西方列强谈判破裂，导致西方列强开始支持清廷时。这是战争发生了逆转，太平天国的优势也不复存在。
其次，在曾国藩围剿太平天国的过程中，发生了一件大事，就是1860年英法联军攻入Bj。接着，咸丰出逃，并死在热河。同治皇帝继位以后，紧接着两宫皇太后一起发力，最终垂帘听政。
正是由于这一时期，慈禧正忙着朝廷那一摊烂事。至于太平天国，既然曾国藩已经做出成绩，就全权交于曾国藩负责。正是清廷的放权，再加上太平天国那边昏招频出，才让曾国藩能够从容布局，逐渐占了上风。
如果按照正常的思维，当曾国藩围困天京之后，接下来的活应该就不属于他了。作为蜻蜓清廷，肯定会在此时摘取胜利的果实。
但是，为何这个重担又落到曾国藩身上了？就是因为，慈禧害怕再次遭受西方帝国的袭击，将另一支重兵——僧格林沁手下的骑兵，全部都用于防守洋人的工作上。那至于攻陷太平天国这件“小事儿”，也就没人和曾国藩争了。
所以说，清廷和曾国藩之间的关系相当微妙。清廷既不希望曾国藩壮大，但是有的让曾国藩出力 ，因此也不愿意轻易与曾国藩交恶。所以，一般只要不是太触碰底线的事，慈禧的态度，一般都是睁只眼闭只眼。因此，也就不存在曾国藩抗旨的问题。
不过，曾国藩一生太过谨慎，甚至有点谨慎过度。凡事无论大小都要考虑个周全，尽量做到谁都不得罪。也正是因为如此，才积劳成疾，61岁就去世了，实在可惜。
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