詹庆元教授分享 | mNGS在SCAP中的应用

划重点

NGS在SCAP的应用正在深刻改变临床实践

NGS迅速推广：临床实践需求：

• 不需假设、检出率高、耗时短；

• 少见及特殊病原微生物的检出率显著提高。

专家共识的快速更新：

• 仍有许多亟需解决的问题及困惑。

文献发表量增长迅速：

• 努力探索NGS的应用价值。

三个关键

• 应用范围：目前没有明确判读标准；

• 应用价值：是否能改善预后或优化治疗；

• 应用前景：有待进一步探索潜在价值。

针对mNGS的多步骤测试，需要多个质量控制指标

• 特殊病原体的DNA/RNA提取技术要求；

• 标本采集，DNA/RNA提取，建库引入实验室污染问题；

• 测序深度对结果的影响；

• 生物信息学分析结果中疑似背景微生物对病原诊断结果的影响；

• 病原诊断阈值的设定；

• 生数据库对病原学诊断结果的影响。

常用阈值解读概念及整体原则

丰度：

• 相对丰度；

• 绝对丰度；

• RPM。

覆盖度：

• 覆盖率；

• 覆盖度图。

序列数：

• 标准化严格比对序列数；

• 严格比对序列数。

应用规范——必须结合临床判读

• 宿主因素：抵抗力；

• 病原因素：不同病原微生物致病的优先级；

• 临床因素：病史、影像及其他检查；

• 检查方法与流程的影像；

• 宽进：阈值放宽以保证检出敏感性；

• 严出：临床医师综合得出最终判读；

• 分级诊断，动态观察。

总结

应用现状：

• 无需假设，敏感，应用广泛。

应用规范：

• 重视送检规范及实验室的质控；
  

• 结合临床综合判读是基本原则。

应用价值：

• 是否能优化治疗或改善预后还需进一步验证。

应用前景：

• 病原+微生态+宿主。

詹庆元

中日医院