SNP对lncRNA调控影响数据库

单核苷酸多态性（SNP）的变化，可以影响基因的的调控。如果这个SNP又正好位于lncRNA上，那么就是这个SNP可能调控lncRNA的功能了。

lncRNASNP2(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP#!/)就是一个来预测SNP对于lncRNA调控的数据库。

lncRNASNP2数据库是一个可以检索在lncRNA上发生的单核苷酸突变的数据库。目前该数据库支持两个物种：人和老鼠。该数据库主要可以用来：

1. 预测lncRNA中的SNP对于其本身基因的影响；

2. miRNA在lncRNA中的结合和SNP对结合的影响;

3. TCGA癌症中lncRNA的突变情况以及lncRNA的表达情况；

4. COSMIC数据库（癌症相关体细胞突变位点的最大的数据库之一）中的关于lncRNA的结果；

5. 预测突变对于lncRNA的影响。

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使用方法

在检索栏中检索：snp号; lncRNA；甚至可是以 mirRNA。

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结果展示

SNP为检索目标

这里我们输入最基本的rs2851来进行结果展示。我们在输入SNP后。可以得到下图的一个界面

在结果当中，我们可以看到该SNP的详细信息。已经这个SNP时候会产生其他影响。详细结果的展示可以在每个选项里面呈现。这里包括四种结果。

1. SNP在lncRNA当中的位置。

PS:这里的lncRNA的ID是来自于NONCODE数据库的ID号。

2. SNP是否是tagSNP

3. SNP的改变增加了哪些miRNA的结合。

   预测的结果当中，为了保证结果的准确性，是基于targetScan以及miRanda数据库来预测的。

   同时结果给了两个预测的自由能。一般而言自由能越低代表结合越紧密。

另外如果我们点击 show则可以显示具体的调控结果：

4. 既然有了增加情况，那肯定也会有减少情况的：

同样的点击 show可以显示具体的调控结果

lncRNA为检索目标

lncRNA检索的时候。需要注意的是，我们如果直接输入想要研究的genesymbol的话。可能得不到自己想要的结果。需要先去 NONCODE数据库找到相对应的ID号才既可以检索。这里我们选择 MIAT（NONHSAT192181.1）来展示结果

在检索结果的详细结果当中我们可以得到，有多少个SNP，以及SNP的变化可以影响多少个miRNA的改变。

除了关于lncRNA的总体结果，在各个小部分里面，我们也可以看到详细的信息。其中也包括：该lncRNA和疾病的关系以及lncRNA在TCGA数据库中的表达情况。

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结果下载

网页数据库对于检索单一位点或者lncRNA还是很方便的。但是如果是多基因的话，就很浪费时间了。这样数据下载界面就可以用到了。同样的在这个数据库。我们可以得到基本上所有的数据的结果。

数据库总结

基因序列的改变可以影响基因的功能的，例如突变对转录因子结合位点的影响。这个数据库就相当于SNP对lncRNA的影响的预测。对于研究lncRNA功能的同学，如果觉得传统的ceRNA网络调控太没有新意，可以试着查一下这个自己研究的lnc是不是具有SNP改变来改变miRNA的结合

如果看完觉得有所收获，点个“在看”再走哦~让大家共同学习~