结合lncRNA/microRNA和SNP的研究，有哪些数据库可以用？

聊聊跟科研有关的感想心得，如基金，文章和实验。

今天我们承接上篇文章（如何根据疾病查SNP位点？）介绍进行lncRNA或者miRNA的SNP研究的时候，能用到的工具：

1.     lncSNP 2.0 http://210.46.80.146/lincsnp/search.php

这里我们通过疾病进行检索，单击Disease 以后我们在检索框中输入胃癌 Gastric cancer：

我们看到136条胃癌相关的SNP位点，其中涉及到的lncRNA有7146条：

数据我们可以下载查看。

2.     MirSNP：http://bioinfo.bjmu.edu.cn/mirsnp/search/

这里的信息就包括了基因、miRNA和SNP的信息，我们可以通过miRNA进行检索：

这里我们就看到了gene-miRNA-SNP的关系：

也就是说SNP导致miRNA与靶基因的结合调控异常从而调控靶基因表达。这样的课题和文章非常多，比如：

1.   癌基因FNDC3B的3’UTR长度多态性介导miRNA调控鼻咽癌转移机制的研究 （2016年中标基金）

2.   BER通路基因miRNA结合位点基因多态性与结直肠癌易感性的关联及功能研究（2015年中标基金）

3.   MRP1/ABCC1基因3' UTR单核苷酸多态性介导miRNA对原发性肝癌多药耐药性的影响 （2014年中标基金）

4.   TRIOBP基因miRNA结合位点SNP对职业噪声性听力损失易感性的作用研究（2013年中标基金）

我们可以参考以前写过的文章：（文章篇）S5E21: SNP，miRNA和lncRNA的课题设计？（文末两个福利）

当然，这个数据库还可以让我们进行批量检索：

比如我们通过多个基因进行检索：

3.     lncRNASNP：http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP/

比如：

就可以通过snp查询miRNA以及lncRNA：

以及SNP位点的存在对miRNA与lncRNA结合的影响：

这个数据库可以帮我们提出科学假说：由于SNP位点的存在，导致lncRNA与miRNA之间的结合异常，从而导致lncRNA对miRNA的sponge吸附作用异常，进而与疾病的发生发展产生联系。

4.     miRdSNP：http://mirdsnp.ccr.buffalo.edu/index.php

我们可以通过Gene，miRNA，SNP和疾病进行检索：

比如我们选择Stroke，就检索到了相关的分子：

总结：以上介绍的四个数据库再加上前面介绍的SNP4Disease可以帮我们建立从疾病到SNP位点的联系，至于SNP位点如何与疾病的发生发展相关，则要根据SNP所在的位点来确定。我们前面写过一篇介绍，大家可以参考：

突变位点在非编码区，这可怎么办？