微生物生态-代谢组分析最难安装的四个R包（Ubuntu）

前两天老板升级了组内的服务器，我换了硬盘，由于之前是ubuntu16.04 server版本的系统，R环境也是3.4,，相关R包等等版本比较旧。所以我决定重新安装一次系统并重新配置了rstudio-server环境。

3.5版本以下的运行很多新的R包或者工具已经不好用了，所以本次我安装R3.6.1版本的环境，配置了rstudio-server1.2。

R和rstudio

sudo apt install apt-transport-https software-properties-common
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
#更新
sudo apt update
sudo apt -y upgrade
sudo apt -y install r-base


这时候R语言成功安装到环境中了,这次我安装的是1.2版本

# Ubuntu 18.04 / Linux Mint 19
sudo apt -y install wget
wget https://download1.rstudio.org/desktop/bionic/amd64/rstudio-1.2.5019-amd64.deb
sudo dpkg -i rstudio-1.2.1578-amd64.deb



安装 rstudio server

sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-1.2.5019-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-1.2.5019-amd64.deb


开启服务

sudo rstudio-server start
sudo rstudio-server status


在浏览器中访问

http://你的IP:8787/


安装R包

在安装R包之前先安装一下几个依赖：不像conda安装R一样，这种安装方式需要配制好多dev，我这里将过程中报错并需要的dev写到这里，大家如果要安装这下面提到的几个R包，请一个别漏掉全部安装。

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
sudo apt-get -y build-dep libcurl4-gnutls-dev
sudo apt-get install libcurl4-gnutls-dev
sudo apt-get install libxml2-dev
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
sudo apt-get install libudunits2-dev
sudo apt-get install libgdal-dev
sudo apt-get install gfortran
sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install libxt-dev
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
sudo apt-get install libxml++2.6-dev
sudo apt-get install libssl-dev
sudo apt-get install libxml2-dev
sudo apt-get install libfontconfig1-dev
sudo apt-get install libcairo2-dev
sudo apt-get install libxt-dev
sudo apt-get install libopenmpi-dev


首先安装R包工具 BiocManager 和 devtools

#instal R package meneger
install.packages("BiocManager")
library("BiocManager")

install.packages("devtools", dependencies = T)
library(devtools)
install_github("umerijaz/microbiomeSeq")



最难安装第四名：phyloseq

这个包主要是依赖特别多，中间报错往往也是dev不存在，往往安装后就好了。其实还没有devtools难装，只是devtools是R包工具，不算是专业领域R包。

# install big R packages
install("phyloseq")
library(phyloseq)


最难安装第三名：microbiome

microbiome也是做微生物群落的大型软件，安装phyloseq后会减少microbiome安装所需的许多依赖，相对会容易一些，但是作为依赖的DESeq2包再我多次的安装中从来没有容易过。这里我还是单独拎出来安装。

BiocManager::install("microbiome")
library("microbiome")

BiocManager::install("DESeq2")
library("DESeq2")


最难安装第二名：

microbiomeSeq是新的微生物组R包，功能有许多独特之处，后面我会做一些教程，依赖是相当多，目前还在github中开发中，好用的许多功能让我不得不先安装。这个包安装的困难程度又上了一个档次，需要手动安装许多依赖，每个依赖都可能会有独特的错误。其次还需要修改R包安装目录的权限。升级默认R包。

BiocManager::install("microbiomeSeq")
library("microbiomeSeq")

BiocManager::install("impute")
BiocManager::install("preprocessCore")
BiocManager::install("GO.db")
BiocManager::install("adespatial")
BiocManager::install("units")
BiocManager::install("spdep")
BiocManager::install("adegenet")
BiocManager::install("adephylo")


查看R包安装路径


.libPaths()#得到所有包的文件路径


修改权限，这里我有些简单粗暴了。

#在terminl中输入，讲这些路径全部可用
sudo chmod -R 777 "/home/wentao/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6"
sudo chmod -R 777 "/usr/local/lib/R/site-library"
sudo chmod -R 777 "/usr/lib/R/site-library"
sudo chmod -R 777 "/usr/lib/R/library"


最难安装第一名：MetaboAnalystR

MetaboAnalystR是MetaboAnalyst的R包版本，开发用与代谢组等多组学整合工具，依赖无敌多，但是这个包功能也是相当强悍。配套的网页工具可以先用来学习。

先说一下这个R包安装用的时间吧。大于2小时，可能要更多，编译起来相当费劲。相当多的依赖只能手动安装.可能超过100个依赖R包。

再安装完成依赖之后再本尊安装


devtools::install_github("xia-lab/MetaboAnalystR")
library("MetaboAnalystR")
metr_pkgs <- c("Rserve", "ellipse", "scatterplot3d", "Cairo", "randomForest", "caTools", "e1071", "som", "impute", "pcaMethods", "RJSONIO", "ROCR", "globaltest", "GlobalAncova", "Rgraphviz", "preprocessCore", "genefilter", "pheatmap", "SSPA", "sva", "Rcpp", "pROC", "data.table", "limma", "car", "fitdistrplus", "lars", "Hmisc", "magrittr", "methods", "xtable", "pls", "caret", "lattice", "igraph", "gplots", "KEGGgraph", "reshape", "RColorBrewer", "tibble", "siggenes", "plotly")
list_installed <- installed.packages()
new_pkgs <- subset(metr_pkgs, !(metr_pkgs %in% list_installed[, "Package"]))

if(length(new_pkgs)!=0){
# source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
BiocManager::install(new_pkgs, dependencies = TRUE, ask = FALSE)
print(c(new_pkgs, " packages added..."))
}
BiocManager::install("systemfonts")
install.packages("Rmpi")
install.packages("Cairo")
BiocManager::install("systemfonts")
BiocManager::install("xcms")
BiocManager::install("CAMERA")
BiocManager::install("fgsea")
BiocManager::install("MSnbase")

BiocManager::install("systemfonts")# fontconfig Rmpi gdtools freetypeharfbuzz rgl vdiffr


重要错误解决

因为这两个错误你并不知道缺乏什么，所以我单独拎出来，方便查对。

Rmpi R package

configure: error: "Cannot find mpi.h header file" ERROR: configuration failed for package ‘Rmpi’
sudo apt-get install libopenmpi-dev



error Cairo R package

configure: error: Cannot find cairo.h! Please install cairo (http://www.cairographics.org/) and/or s
sudo apt-get install libcairo2-dev
sudo apt-get install libxt-dev