深加工结转是指加工贸易(来料加工、进料加工）企业将保税料件加工的产品结转至另一直属海关关区内的加工贸易企业深加工复出口的经营活动。
加工贸易企业开展深加工结转业务，应事先经外经贸主管部门批准，并按规定办理海关手续后，方可开展货物的实际结转。
一.申请条件：
1. 转出企业、转入企业均已取得海关核发的加工贸易登记手册；
2. 转出企业、转入企业之间已签定加工贸易结转合同或协议
3. 结转合同或协议在加工贸易登记手册的有限期内。
二.程序
1. 计划备案
（1）转出企业在申请表（一式四联）中填写本企业的转出计划并签章，凭申请表向转出地海关备案；
（2）转出地海关备案后，留存申请表第一联，其余三联退转出企业交转入企业
（3）转入企业自转出地海关备案之日起20日内，持申请表其余三联，填制本企业的相关内容后，向转入地海关办理报备手续并签章；
（4）转入地海关审核后，将申请表第二联留存，第三，第四联交转入、转出企业凭以办理结转收发货登记及报关手续。
2. 收发货登记：
（1）转出、转入企业办理结转计划申报手续后，应当按照经双方海关核准后的申请表进行实际收发货。
（2）转入、转出企业的每批次收发货记录应当在保税货物实际结转情况登记表上进行如实登记，并加盖企业结转专用名章。
（3） 结转货物退货的，转入、转出企业应当将实际退货情况在登记表中进行登记，同时注明“退货”字样，并各自加盖企业结转专用名章。
3. 结转报关（先报进口再报出口
（1）转出、转入企业分别在转出地、转入地海关办理结转报关手续。转出、转入企业可以凭一份申请表分批或者集中办理报关手续。转出（入）企业每批实际发（收）货后，在90日内办结该批货物的报关手续；
（2）转入企业凭申请表、登记表等单证向转入地海关办理结转进口报关手续，并在结转进口报关后的第二个工作日内将报关情况通知转出企业
（3）转出企业自接到转入企业通知之日起10内，凭申请表、登记表等单证向转出地海关办理结转出口报关手续；
（4）结转进口、出口报关的申报价格为结转货物的实际成交价格；
（5）一份结转进口报关单对应一份出口结转出口报关单，两份报关单之间对应的申报序号、商品编码、数量、价格和手册号应当一致；
（6）结转货物分批报关的，企业应当同时提供申请表和登记表的原件和复印件。
一般保税货物深加工结转海关电子数据总体操作流程如下：
1、转出企业在结转申请表转出备案界面录入结转申请表转出方数据，申报成功入数据中心库；
2、数据中心入库成功，返回给转出企业结转申请表的电子口岸统一编号，转出企业将此编号通知转入企业；
3、转入企业在“备案数据下载”界面根据电子口岸统一编号下载转出企业申报的结转申请表；
4、转入企业在结转申请表转入备案录入界面根据电子口岸统一编号调出转出企业申请的申请表数据，并录入结转申请表转入方数据并申报；
5、转入企业申报的数据入数据中心库后，转出、转入企业申报的数据同时向海关转发，海关审批通过后，深加工结转申请表建立，返回给转出、转入企业结转申请表编号，结转企业可进行收发货操作；
6、转出企业在收发货单的发货登记界面根据“申请表编号”调出结转申请表信息，录入转出方发货登记数据，并向海关申报；
7、当转出企业发货登记被主管海关审批通过后，如果需对此发货登记进行撤消操作，则转至8；如果不需对此发货登记进行撤消操作，则通知转入企业收发货单编号，转至9；
8、查询到被海关审批通过的发货登记，确认需撤消此发货登记，点击“撤消”按钮，录入发货登记撤消原因，确认后发送发货登记撤消申请，海关审批通过后，发货登记撤消成功；
9、转入企业在“备案数据下载”界面根据“收发货单编号”下载转出企业申报的发货登记；
10、转入企业在收发货单的收货登记界面根据“收发货单编号”调出转出企业申报的发货登记，录入收货信息并向海关申报，海关审批通过后，此票收发货操作完成；
11、转入、转出企业在报关申报系统内申报进、出口报关单；
12、转入企业在退货单的退货登记界面根据“申请表编号”调出结转申请表信息，录入转入方退货登记数据，并向海关申报；
13、当转入企业退货登记被主管海关审批通过后，如果需对此退货登记进行撤消操作，则转至14；如果不需对此退货登记进行撤消操作，则通知转出企业退货单编号，转至15；
14、查询到被海关审批通过的退货登记，如确认需撤消此退货登记，点击“撤消”按钮，录入退货登记撤消原因，确认后发送退货登记撤消申请，海关审批通过后，退货登记撤消成功；
15、转出企业在“备案数据下载”界面根据“退货单编号”下载转入企业申报的退货登记；
16、转出企业在退货单的收退货登记界面根据“退货单编号”调出转入企业申报的退货登记，录入收退货登记，并向海关申报，海关审批通过后，此票退货操作完成。
17、在结转申请表经海关审批通过后，企业如果需要变更申请表，可以在申请表查询界面查询出该票申请表，选中后点击变更按钮进行数据变更。
