个人进行股权交易，个人所得税由股权收购方在支付收购款时扣缴，下面通过案例介绍一下大体的步骤，具体程序应交由专业的会计人员协助处理，也可以电话与我联系，协助处理。(虽然会计是公司而非股东的会计，但在现实中，往往股东的个税都是由会计代为办理的)。对老板而言，如果公司有一名懂税的会计，会少许多风险。
第一，新老股东就股权交易谈好价格、签订协议，按协议约定付款，并进行工商变更(有时候，工商部门要求提供个税完税证明才给变更)，公司内部修改《公司章程》，会计修改实收资本账户的投资人姓名。第二，付款时，老股东应提供自己当初投资入股的成本金额证据，主要指当时的验资报告或投入资金证明，一般保存在会计人员处，新股东按这个成本金额计算应扣缴的个人所得税。第三，经计算，老股东最初投入1000万元，于是其个税=(2000万-1000万)×20%=200万(元)，扣下200万元后，支付收购款1800万元，向税务机关申报200万元，所提供的资料就包括股东的投资成本证据。第四，老股东因为获得了2000万元的收入，导致其年收入远高于12万元，第二年初应向地税局进行全部收入与纳税情况的申报。只申报不缴税般都是委托会计办理所得税。第五，两年后，税务机关检查时认为，由于公司有大量土地、房屋、专利、探矿权等增值型资产，2000万元明显偏低了，税务人员算了一下账，估计得卖4000万元这次交易才算公平，税务机关会怎么办?第六，首先是怀疑新老股东实际上以4000万元左右的价格交易，但通过现金私下完成，属于偷税。此时证据非常难找。当然，找到了就可以进行偷税罪处理，要求补税、追滞纳金、罚款。但如果一直找不到证据，难道就不收了吗?第七，税务机关于是行使自由裁量权，认为“价格偏低”，因为公司财产当时的市场价值应该远不止2000万元，所以核定转让价为4000万元要求补税，经新老股东提供相关资料进行申辩，最终核定为3000万元，调高了1000万元，要求补税200万元。注意，虽然税务机关把金额调整为3000万元，但这次交易的实际金额依然是2000万元。没有真相，只有证据。换言之，在这个过程中，如果两位股东承认实际交易是3000万元，则是不打自招了偷税行为。如果两位股东坚持实际交易是2000万元，只是被税务机关依法强制”调整为3000万元，则只是被调整。未来新股东再卖股权时，其成本依然是2000万元，计算其个税时，也只能扣除2000万元。第八，如果被调整补税200万元，那么问题来了，谁补这个税?补两年前的税收不收滞纳金?罚不罚款?谁是纳税义务人?虽然税款是新股东当初扣下来向税务机关缴纳的，但纳税义务却是老股东的，所以补税的义务人依然是老股东。此200万元依然要新股东扣缴吗?扣缴义务是支付时产生的，现在是税务调整而非支付时，所以新股东没有扣缴义务。新股东完全可以认为，这事与自己没有一毛钱关系。所以，税务机关必须向老股东追征，向老股东下达补税通知。补两年前的税有滞纳金吗?凡交易本身是真实的，只是由税务机关以“价格偏低”“关联调整”为理由，行使核定权导致的补税(包括个税和其他税种)其纳税义务都是在税务机关行使权力时才产生，滞纳金从税务机关行使权力时开始计算，所以不存在滞纳金。当然，如果老股东接到补税通知依然不进行补，则构成偷税，要开始计算滞纳金了。新股东会不会被罚款?因为没有证据证明交易本身是假的，所以新股东当初依法扣缴就没有责任，现在被核定只是税务机关的自由裁量，法律、法规没有规定要罚款就不能罚款。第九，没有罚款和滞纳金，只有补税，税务机关难道核定以后就罢了不成?如果税务机关责任心很强，依然怀疑新老股东隐瞒了实际交易金额，在核定之后，应该继续进行调查取证。如果未来真的查到了偷税，或者有人举报且证明新老股东的确以高于2000万元的金额交易，则依然可以按偷税处理新老股东。《税收征管法》规定，对偷税的追征没有期限。核定是征管行为，稽查是执法行为，二者并不冲突。如果坐实为当初偷税可以从其偷税之日起追征滞纳金，5年之内可以给予双方罚款。
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