综述| Nature Reviews Microbiology：微生物病毒生命规律的再认识
本文由明天只是重复过往编译
美国莱斯大学生物科学系Adrienne M. S. Correa等人于2021年3月24日在Nature Reviews Microbiology发表题为《Revisiting the rules of life for viruses of microorganisms》的文章，在这篇综述中，作者重新审视了病毒的生活规则，采用了一个概念性的框架来识别病毒在一系列感染模式中的相互作用，以研究这些模式对病毒、宿主和生态系统的影响。这篇综述旨在激发进一步的工作，以确定控制其他微生物（包括古细菌和微生物真核生物）病毒感染的原则。对于这一努力，本文首先考虑合适的条件（将进化策略从溶酶原状态中分离出来）以及噬菌体如何在溶酶原之间进行选择。然后，本文描述了在生态进化背景下病毒感染对细胞的潜在益处，并试图将一个以细胞为中心的单位形式化，以测量和比较病毒在整个连续统中的适应性。接下来，本文评估当前的理解病毒和微生物宿主之间的共生和拮抗关系的性质，以及如何产生低效的裂解感染。最后，本文研究了生物信息学方法如何帮助从环境序列数据中识别不同的病毒感染策略，可能揭示了病毒在从细胞到生态系统的尺度上调节微生物命运的新原理。
摘要：感染微生物宿主的病毒传统上是在实验室条件下研究的，重点是专性溶解或持续溶解。在环境中，这些感染原型是一个连续体的一部分，它跨越了对抗模式和有益模式。在这篇综述中，本文综合了几十年的病毒学研究、生态进化理论和最近的技术进步，提出了一个框架来适应生态群落中病毒-微生物相互作用的上下文依赖性。本文讨论了细致入微的结果，而不是连续的极端，特别是在自然群落中，考虑到非生物因素的可变性，次优宿主的可用性和多营养伙伴关系的相关性。本文从长期感染如何影响病毒和微生物细胞、种群和生态系统的命运的角度重新审视了生命规则。
原名：Revisiting the rules of life for viruses of microorganisms
译名：微生物病毒生命规律的再认识
期刊：Nature Reviews Microbiology
IF：34.209
发表时间：2021年3月24日
通讯作者：Adrienne M. S. Correa
通讯作者单位：美国莱斯大学生物科学系
DOI号：10.1038/s41579-021-00530-x
原文链接：
https://www.nature.com/articles/s41579-021-00530-x
科研| Microbiome ：常用食品乳化剂对人体肠道菌群的直接影响
本文由NemoM2编译
法国巴黎大学炎症研究中心联合美国佐治亚州立大学生物医学科学研究所的Sabrine Naimi, Andrew T. Gewirtz等人于2021年3月22日在Microbiome发表题为《Direct impact of commonly used dietary emulsifiers on human gut microbiota》的文章，本文利用微型生物反应器阵列模型在体外维持人类微生物群，在此基础上检测了二十种常用的食品添加剂对人体微生物的影响，发现所测试的多种卡拉胶（carrageenans）和树胶（gum）对微生物群密度、组成的改变和促炎分子的表达产生较大负面影响。作者提出，需要进行进一步临床试验来减少最有害的化合物的使用，以尽量使用对微生物菌群没有影响或影响很小的乳化剂。
摘要：背景：流行病学证据和动物研究表明饮食乳化剂可导致与肠道炎症相关的疾病（包括炎症性肠病（Inflammatory Bowel Diseases）和代谢综合 (Metabolic Syndrome)）的患病率增加。两种合成乳化剂，特别是羧甲基纤维素和聚山梨酯80，以促进肠道炎症和相关疾病状态的方式深刻影响肠道菌群。相反，尚不知道具有乳化特性的其他食品添加剂对肠道菌群组成和功能的影响程度。
方法：为了填补这一知识空白，我们在此研究了在微型生物反应器阵列模型（MiniBioReactor Array）中体外维持的人类微生物群在多大程度上受到20种不同常用饮食乳化剂的影响。每天测量的项目包括微生物群密度、组成、基因表达和促炎潜能（生物活性脂多糖和鞭毛蛋白）。
结果：根据先前的研究，羧甲基纤维素和聚山梨酯80都对微生物群的组成和功能产生了目前看来较为持久的有害影响。虽然同期测试的另外18种添加剂中的许多表现出相似程度的有害影响，但其中也有一些物质（如卵磷脂）并未显著影响该模型中的微生物群。但是我们发现所测试的多种卡拉胶（carrageenans）和树胶（gum）的反应特别有害，具体表现为微生物群密度、组成的改变和促炎分子的表达。
结论：这些结果表明，许多但不是全部的常用乳化剂可以以促进肠道炎症的方式直接改变肠道菌群。而且，这些数据表明，需要临床试验来减少最有害的化合物的使用，以尽量使用对微生物菌群没有影响或影响很小的乳化剂。
原名：Direct impact of commonly used dietary emulsifiers on human gut microbiota
译名：常用食品乳化剂对人体肠道菌群的直接影响
期刊：Microbiome
IF：11.607
发表时间：2021.3.22
通讯作者：Benoit Chassaing
通讯作者单位：法国巴黎大学炎症研究中心
DOI号：10.1186/s40168-020-00996-6
原文链接：
https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-020-00996-6#Abs1
视频摘要
科研| Microbiome：自由放养的恒河猴群体的多位点微生物群与年龄和性别相关变异
本文由蓝胖儿编译
加拿大阿尔伯塔省卡尔加里大学人类学和考古学系Mareike C. Janiak等人于2021年3月22日在Microbiome发表题为《Age and sex-associated variation in the multi-site microbiome of an entire social group of free-ranging rhesus macaques》的文章，本研究首次展示了恒河猴多个身体部位微生物组成的数据集，这些部位来自生活在同一社会和生态环境中的整个恒河猴群体。恒河猴群体包括所有年龄，从1个月大的婴儿到26岁的老人，以及男性和女性。本研究的目的（1）检验不同年龄和性别恒河猴的微生物群落多样性；（2）检验恒河猴群体年龄和性别分类组成；（3）评估不同年龄和性别恒河猴的微生物多样性和结构变化的潜在功能结果。通过检查自由放养恒河猴的主要生命阶段和微生物群之间的关系，我们可以深入了解猕猴作为人类模型一生中微生物群的适用性。
摘要：背景：个体的微生物群会在其一生中发生变化，尤其是在婴儿期，以及在老年期。饮食和医疗保健等混杂因素使人们很难理清年龄、健康和人体微生物变化之间的相互作用。动物模型为研究微生物群中与年龄和性别相关的变异提供了极好的机会，但圈养会影响动物微生物的丰度和组成，而对自由活动动物的研究通常仅限于使用非侵入性收集的粪便样本研究微生物群。本研究分析了来自105只自由放养的恒河猴（1个月-26岁的猕猴）的口腔、直肠和生殖器拭子的大数据集，这些猕猴包括一个完整的社会群体，来自波多黎各的圣地亚哥岛。我们对所有样本的16S V4 rRNA扩增子进行了测序。
结果：与老龄组相比，婴儿肠道微生物群落中双歧杆菌（Bifidobacterium）和拟杆菌（Bacteroides）的相对丰度显著较高，瘤胃球菌（Ruminococcus）、纤维杆菌（Fibrobacter）和密螺旋体（Treponema）的相对丰度较低。生殖微生物组在雄性和雌性之间的多样性、分类组成和预测功能剖面上有很大的差异。只有阴茎，而不是阴道，微生物群显示了不同的年龄相关的变化，微生物多样性，分类组成和预测功能。口腔微生物组的组成与年龄有关，并且在婴儿和其他年龄阶层之间最明显。
结论：在所有三个身体部位，除了阴茎微生物组的显著例外，虽然婴儿与其他年龄组有明显的不同，但即使在高龄成人的微生物组是相对不变的。阴道微生物群是非常稳定的，但阴茎微生物群变化很大，尤其是在生殖年龄开始时。成年人（包括老年人）的相对不变性与人类和小鼠的研究结果相反。在人类中看到的与年龄相关的微生物组的变化可能与饮食和生活方式的变化有关。
关键词：衰老、非人灵长类动物、生殖器微生物群、口腔微生物群、肠道微生物群、性别差异
原名：Age and sex-associated variation in the multi-site microbiome of an entire social group of free-ranging rhesus macaques
译名：自由放养的恒河猴群体的多位点微生物群与年龄和性别相关变异
期刊：Microbiome
IF：11.607
发表时间：2021.3.22
通讯作者：Mareike C. Janiak
通讯作者单位：加拿大阿尔伯塔省卡尔加里大学人类学和考古学系
DOI号：10.1186/s40168-021-01009
原文链接：
https://doi.org/10.1186/s40168-021-01009-w
视频摘要
综述| Microbiome：解读植物微生物相互作用的全息组学
本文由猫猫编译
美国加州大学伯克利分校植物和微生物生物学系Devin Coleman-Derr团队于2021年03月24日在Microbiome发表题为《Holo-omics for deciphering plant-microbiome interactions》的文章。该文章具体探讨了植物微生物研究领域的全息组学（holo-omics）。首先讨论了植物全息组学（holo-omics）研究的实验设计考虑因素，重点是包括纵向设计和仔细考虑取样策略的价值。接着介绍了一个最近的植物全基因组案例研究，研究了干旱胁迫和高粱微生物群发展之间的相互作用。随后是其他几个最近针对植物微生物群的全基因组研究的例子。最后，总结了当前在全息组学（holo-omics）数据集分析方面的挑战，并探索了新开发的分析全息组学（holo-omics）数据集的工具，并展望了下游验证的重要性和全息组学（holo-omics）在植物微生物研究中的未来。
摘要：宿主-微生物群相互作用因其对宿主健康的重要性而得到认可。对宿主-微生物群关系的分子基础的进一步理解将提高我们准确预测宿主适应性和操纵相互作用结果的能力。在植物微生物研究领域，解开植物和它们的微生物伙伴之间的功能关系是有效利用微生物组提高植物适应性。我们提出，将宿主和微生物数据集配对的策略——这里称之为全息组学（holo-omics）——为这一领域的假设发展和进步提供了一种强有力的方法。我们讨论了几个实验设计考虑因素，并提出了一个案例研究，以强调全息组学（holo-omics）在植物微生物系统中产生更全面的分子网络观点的潜力。此外，我们讨论了进行全息组学（holo-omics）研究的最大挑战：具体而言，缺乏经过审查的分析框架、公开可用的工具以及处理和整合异质数据所需的技术专业知识。最后，我们总结了全息组学（holo-omics）研究的适当用例、下游验证的需求以及植物微生物研究领域有前景的新实验技术的观点。我们认为，利用全息组学（holo-omics）方法来表征宿主-微生物组的相互作用，可以为拓宽系统层面的理解提供重要的机会，并为改善宿主健康和适应性的微生物方法提供重要的信息。
原名：Holo-omics for deciphering plant-microbiome interactions
译名：解读植物微生物相互作用的全息组学
期刊：Microbiome
IF：11.607
发表时间：2021.03.24
通讯作者：Devin Coleman-Derr
通讯作者单位：美国加州大学伯克利分校植物和微生物生物学系
DOI号：10.1186/s40168-021-01014-z
原文链接：
https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-021-01014-z
视频摘要
科研| Water Research：人工湿地中全氟烷酸类化合物（PFAAs）的去除：沉水植物和微生物群落的重要贡献
本文由小兵编译
河南大学浅水湖泊综合治理与资源开发教育部重点实验室，长江保护与绿色发展研究院华祖林教授团队于2021年3月22日在Water Research发表题为《Removal of Perfluoroalkyl Acids（PFAAs）in Constructed Wetlands：Considerable Contributions of Submerged Macrophytes and the Microbial Community》的文章，本文选取人工湿地中两种典型的沉水植物（竹叶眼子菜（Potamogeton wrightii）和金鱼藻（Ceratophyllum derersum）），在其生存环境中设置相似浓度的全氟烷酸类化合物（PFAAs），探究了人工湿地中PFAAs去除工艺的关键机制，强调了沉水植物和微生物群落在去除环境中PFAAs的巨大作用。
摘要：全氟烷酸类化合物（PFAAs）的广泛应用对环境的不良影响引起了全球的关注。本文利用两种典型的沉水植物（有根的竹叶眼子菜（Potamogeton wrightii）和无根的金鱼藻（Ceratophyllum derersum）），探究了人工湿地中PFAAs的可能去除工艺。结果表明，通过沉积物吸附或植物萃取作用以及微生物群的生物积累可以去除环境中33.59 ~ 88.99%的PFAAs。沉积物是PFAAs重要的汇，分别在竹叶眼子菜（Pw1）和金鱼藻 （Cd1）的处理中预加了23.51-50.09%和16.65-52.18%的PFAAs。相比于竹叶眼子菜（<10%），金鱼藻（0.91 ~ 32.03%）表现出对PFAAs更强的积累能力。大量的PFAAs分布在微生物中，这说明微生物群在生物积累PFAAs方面的作用不可忽视。Pw1中，生物膜上浮游微生物、生物膜微生物和胞外聚合物的贡献分别为0.39 ~ 20.96%、0.03 ~ 7.95%和0.39 ~ 14.15%，Cd1中分别为0.23 ~ 15.68%、0.01 ~ 15.68%和0.53 ~ 26.77%。不考虑金鱼藻处理中生物膜的吸收作用，PFAAs的吸附/吸收与全氟烷基的链长显著相关(P<0.05)。此外，PFAAs和沉水植物降低了微生物群落的丰富度，但增加了β-变形菌目（Betaproteobacteriales）、鞘氨醇单胞菌目（Sphingomonadales）和噬纤维菌目（Cytophagales）中部分菌株的相对丰度。本文的研究结果有助于了解人工湿地中PFAAs的去除工艺及其与PFAAs特性的关系，从而进一步为新兴有机污染物的管理和去除提供思路。
关键词：全氟烷酸类化合物、去除、人工湿地、沉水植物、微生物群落
原名：Removal of Perfluoroalkyl Acids（PFAAs）in Constructed Wetlands：Considerable Contributions of Submerged Macrophytes and the Microbial Community
译名：人工湿地中全氟烷酸类化合物（PFAAs）的去除：沉水植物和微生物群落的重要贡献
期刊：Water Research
IF：9.130
发表时间：2021.3.22
通讯作者：华祖林
通讯作者单位：河南大学潜水湖泊综合治理与资源开发教育部重点实验室
DOI号：10.1016/j.watres.2021.117080
原文链接：
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0043135421002785
图文摘要
科研| Gut Microbes: 追赶幽灵：死去的细菌是人类肠道菌群的暗物质吗？
本文由如风编译
法国马赛IHU 地中海传染病研究所Didier Raoult, Jacques Bou Khalil等人于2021年3月23日在Gut Microbes发表题为《Running after ghosts: are dead bacteria the dark matter of the human gut microbiota?》的文章，本研究首次应用了荧光激活细胞分选法（FACS）、16S宏基因组学分析和微生物培养组学相结合的方法，对新鲜粪便中的肠道菌群活力和可培养性进行评估，发现细菌在到达肠道末端就已经死亡或受损这一现象，并对后续研究进行展望。本研究为人类肠道细菌的组成和定植机制研究具有很强的启发意义。
摘要：人类肠道菌群已通过多种依赖于培养和不依赖于培养的方法进行了探索，但许多微生物仍未被鉴定和未被培养过。在这项工作中，我们旨在证实以下假设：存在于人类肠道微生物群中的某些物种没有被培养，不是因为培养受限，而是因为此类物种的所有成员在到达胃肠道末端之前就已经死亡。我们通过研究8名健康成年人的新鲜粪便中人类肠道菌群的微生物活力和可培养性来评估这种现象。我们首次应用了荧光激活细胞分选法（FACS）、16S宏基因组学分析和微生物培养组学相结合的方法。我们分别通过宏基因组学和培养组学鉴定了总共1,020个细菌OTU和495个细菌分离株。在FACS宏基因组学结果中，只有735个细菌OTU存活，平均占已知物种的42%和每个个体相对丰度的87%。其余未培养的细菌很少，均为死亡或受损。我们的策略使我们能够阐明人类肠道菌群的暗物质，并揭示了宏基因组学和培养组学的方法，都需要更深入地了解人类肠道菌群中细菌的多样性和丰富度。下一步，我们需要针对低丰度细菌开展培养工作，并优化厌氧样本调节和处理环节以保持细菌的生存能力，从而优化培养肠道细菌的样本库。
关键词：人类肠道菌群；培养的；未培养的；培养组学；宏基因组学；荧光激活细胞分选法；可行性；可培养性
原名：Running after ghosts: are dead bacteria the dark matter of the human gut microbiota?
译名：追赶幽灵：死去的细菌是人类肠道菌群的暗物质吗？
期刊：Gut Microbes
IF：7.74
发表时间：2021.3.23
通讯作者：Didier Raoult, Jacques Bou Khalil
通讯作者单位：法国马赛IHU 地中海传染病研究所
DOI号：10.1080/19490976.2021.1897208
原文链接：
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/19490976.2021.1897208
综述| Gut Microbes：肠道菌群对生殖和内分泌系统代谢的影响
本文由史春丽编译
北京大学第三医院妇产科，生殖医学中心乔杰等人于2021年3月在Gut Microbes发表题为《The impact of the gut microbiota on the reproductive and metabolic endocrine system》的综述。本综述主要对肠道菌群中的微生物与女性生殖内分泌系统代谢之间的相互作用关系进行了讨论。一方面，分别阐述了肠道菌群与激素代谢的相互作用，其中包括：雌激素的相互作用、高雄激素血症与肠道菌群的相互作用、肠道菌群在甲状腺疾病中的作用、肥胖影响肠道菌群后对生育能力的影响、肠道菌群在胰岛素抵抗中的作用、菌群与雌性生殖道和胚胎发育之间的关联、以及妊娠期间菌群和宿主激素水平变化的相关性，并进行了充分的讨论。另一方面，对肠道菌群失衡后所导致的内分泌系统的疾病进行了汇总，其中包括：多囊卵巢综合征、子宫内膜异位症、女性生殖道疾病。强调了微生物群落在女性生殖内分泌系统中的重要作用，并为某些疾病的诊断提供了相应的生物标志物，使通过操纵体内肠道菌群的变化，纠正微环境中的生态失衡，从而对代谢疾病的防治提供了可能性。
摘要：由于肠道菌群对肠道内环境产生不同程度的影响，进而影响远隔器官的代谢，因此被认为是一个成熟的内分泌器官并积极参与塑造和维持我们的生理机能。微生物菌群通过与雌激素、雄激素、胰岛素和其他激素的相互作用影响宿主的新陈代谢和免疫调控，并影响着女性生殖的各个阶段，因此在女性的生殖内分泌系统中发挥着重要作用。而肠道微生物菌群的失衡也可导致多种女性生殖系统的疾病的发生，如妊娠并发症、不良妊娠、多囊卵巢综合征、子宫内膜异位症和癌症等。本综述进一步探讨了微生物与激素介导的代谢性疾病之间的相互关系，并进一步阐明了导致其疾病发生的潜在的原因与机制，为代谢性疾病提供新的治疗和预防策略。
关键词：肠道微生物区系、生殖内分泌、雌激素、雄激素、胰岛素
原名：The impact of the gut microbiota on the reproductive and metabolic endocrine system
译名：肠道菌群对生殖和内分泌系统代谢的影响
期刊：Gut Microbes
IF：7.74
发表时间：2021.03
通讯作者：乔杰
通讯作者单位：北京大学第三医院妇产科生殖医学中心，北京。
DOI号：10.1080/19490976.2021.1894070
原文链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33722164/#affiliation-5
科研| Environmental Microbiology：土壤放线菌往往与其他共生微生物具有中性相互作用，特别是在寡营养条件下
本文由永稷编译
中国科学院大学生命科学学院黄英等人于2021年03月24日在Environmental Microbiology发表题为《Soil actinobacteria tend to have neutral interactions with other cooccurring microorganisms, especially under oligotrophic conditions》的文章，本研究首先通过两种营养成分不同的培养基对放线菌与其他微生物的竞争作用进行初探；然后采用“琼脂扩散法”对微生物之间的干扰性竞争（产生扩散性的抑制物质）和资源性竞争（营养掠夺）进行研究；并进一步通过高效液相色谱（HPLC）和高效液相色谱-质谱（HPLC-MS）技术对放线菌干扰性竞争作用的次级代谢产物分析；最终阐明了放线菌在不同营养条件下与土壤其他微生物的互作关系。值得注意的是，本研究中有关铁载体在放线菌与其他微生物间互作中的作用。由此可见，该研究不仅阐明了自然界放线菌在土壤微生物平衡维持中的作用，也对有关微生物间的互作关系研究具有一定的借鉴意义。
摘要：放线菌产生的多种次级代谢产物会对其他微生物的存活及行为产生影响。在过去的数十年中，对于放线菌的生态作用已有大量的研究报道，但是对于自然条件下放线菌和其他微生物之间的互作的系统性研究仍处于空白。本研究对不同营养条件下放线菌对红土其他微生物的两两互作效应进行研究。结果表明，中性作用在交互作用中占主导作用，在富养条件下中性作用占68.1%，在寡养条件下占86.2%。高养分水平促进了放线菌的代谢，使其更具有侵略性，与胁迫梯度假说一致。放线菌所产生的次级代谢产物在与其他微生物的互作中具有重要作用，其中放线菌多产生的铁载体不可忽视。生态位的重叠是造成放线菌与其他微生物竞争的另一个主要原因，尤其是在寡养条件下。此外，与微生物的来源相比，大规模的系统发育对土壤微生物类群有更大的影响。本研究对自然界中放线菌与其他微生物的共存进行探索，阐明了放线菌中性作用是其维持土壤微生物多样性的主要机制。
原名：Soil actinobacteria tend to have neutral interactions with other cooccurring microorganisms, especially under oligotrophic conditions
译名：土壤放线菌往往与其他共生微生物具有中性相互作用，特别是在寡营养条件下
期刊：Environmental Microbiology
IF：4.933
发表时间：2021.03.24
通讯作者：黄英
通讯作者单位：中国科学院大学生命科学学院
DOI号：10.1111/1462-2920.15483
原文链接：
https://doi.org/10.1111/1462-2920.15483
科研| Frontiers in Microbiology：人肠道Bacteroides spp.可产生GABA：酸压力耐受压力下的流行、调节和作用
本文由艾奥里亚编译
苏黎世联邦理工学院（ETH Zürich）的Nize Otaru等人于2021年03月24日在Frontiers in Microbiology发表题为《GABA production by human intestinal Bacteroides spp.: prevalence, regulation and role in acid stress tolerance》的文章，Benoit Pugin单人该研究通讯作者。基于肠道微生物代谢在神经系统中的高潜在调节作用，该研究通过比较基因组学结合系统发育学等手段，探究了Bacteroides在培养和代谢中GABA的产生情况，并评价了GABA在减轻算诱导的细胞损伤中的作用。通过研究笔者发现GAD-系统至少由四个高度保守的基因组成，同时GAD系统普遍存在与Bacteroides中。此外，基于探究BAGA对环境pH的影响，笔者发现GABA的产生受pH的调节，GAD-系统在Bacteroides中起到了抵御酸胁迫的保护机制。该研究的发现，表明Bacteroides在人体肠道GABA能系统的调节中做出了重要贡献。
摘要：近年来，肠道微生物代谢物所表现出的高神经活性潜力得到了众多学者的关注，基于宏基因组学的研究表明，微生物源的γ-氨基丁酸（γ-aminobuyric acid，GABA）在调节心理健康方面发挥着重要作用。越来越多的证据表明，编码产生GABA的关键酶的基因--谷氨酸脱羧酶（GAD）编码基因存在于人类肠道中。本研究中，我们结合比较基因组学和系统发育学探究了Bacteroides在培养和代谢分析中GABA的产生情况。对961株Bacteroides基因组进行了生物信息学分析，并在体外筛选了代表11个菌种的17株代谢性和遗传性不同的人类肠道分离株。利用模式菌株Bacteroides thetaiotaomicron DSM 2079，我们测定了GABA的产生动力学及其对环境pH的影响，并评价了其在减轻酸诱导的细胞损伤中的作用。我们发现GAD-系统至少由四个高度保守的基因组成，分别编码GAD、谷氨酰胺酶、谷氨酸/GABA逆向转运体和钾通道。我们发现GAD系统在Bacteroides中有很高的存在率。我们确定谷氨酸和谷氨酰胺是GABA产生的前体，表明GABA的产生受pH的调节，GAD-系统在Bacteroides中起到了抵御酸胁迫的保护机制，减轻了细胞死亡，并保持了代谢活性。我们的数据还表明，GAD-系统可能是Bacteroides中唯一的氨基酸依赖的耐酸系统。综上所述，我们的研究结果表明Bacteroides在人体肠道GABA能系统的调节中做出了重要贡献。
原名：GABA production by human intestinal Bacteroides spp.: prevalence, regulation and role in acid stress tolerance
译名：人肠道Bacteroides spp.可产生GABA：酸压力耐受压力下的流行、调节和作用
期刊：Frontiers in Microbiology
IF：4.235
发表时间：2021.03.24
通讯作者：Benoit Pugin
通讯作者单位：苏黎世联邦理工学院（ETH Zürich）
DOI号：10.3389/fmicb.2021.656895
原文链接：
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2021.656895/abstract
科研| Plant Soil：根际微生物调控生物炭对黑麦草15N吸收及根际13C分配的影响
本文由思敏如月编译
水土资源与环境科学研究所罗宇等人于2021年3月24日在Plant Soil发表题为《Rhizosphere microbiome modulated effects of biochar on ryegrass 15N uptake and rhizodeposited 13C allocation in soil》的文章，本研究通过多个处理、取样时间的实验设计，结合同位素分析和高通量测序技术分析不同处理黑麦草根际土壤中与15N吸收和根际13C分配相关的细菌和真菌群落结构及核心物种。本研究为展开关于根际微生物与15N吸收和根际13C分配之间的关系的研究具有重要的借鉴意义。
摘要：根际沉淀是有机质释放到土壤的过程，大部分土壤养分循环都是由微生物完成的。微生物在生态系统中的功能冗余是常见的现象，鉴定复杂、多样的微生物群中的核心物种可以简化对微生物群的研究。生物炭的施用是一种可以提高土壤肥力且经济有效的方式。目前，对于生物炭对根际核心微生物的影响的研究知之甚少。因此，本研究以黑麦草根际土壤为研究对象，采用同位素标记法和高通量扩增子测序技术相结合的研究策略，分析了不同处理、不同取样时间下黑麦草根际土壤中与13C分配和15N吸收有关的细菌和真菌群落结构及核心物种。结果表明，生物炭提高了植物生物量及其对15N的吸收，但是降低了大团聚体中13C的恢复。这些13C流动和15N吸收的变化伴随着微生物生物量的增加，细菌和真菌之间的负相关增强而发生。双向正交偏最小二乘（O2PLS）结果表明，土壤中17个属与团聚体稳定和植物对15N的吸收有关。黄单胞菌目（Xanthomonadales）和RB41等植物促生菌与黑麦草15N的吸收呈正相关。本研究为展开关于根际微生物与15N吸收和根际13C分配之间的关系的研究具有重要的借鉴意义。
关键词：根际沉淀、碳固存、13C脉冲标记、15N肥料、团聚体
原名：Rhizosphere microbiome modulated effects of biochar on ryegrass 15N uptake and rhizodeposited13C allocation in soil
译名：根际微生物调控生物炭对黑麦草15N吸收及根际13C分配的影响
期刊：Plant Soil
IF：3.299
发表时间：2021.3.24
通讯作者：罗宇
通讯作者单位：水土资源与环境科学研究所
DOI号：10.1007/s11104-021-04845-9
原文链接：
https://link.springer.com/article/10.1007/s11104-021-04845-9
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