朱厚照去世，皇太后和杨廷和等人迎接朱厚熜（读葱）即位，就是明世宗。年号嘉靖。
朱厚熜是朱厚照的堂弟，被迎接进京即位的途中，朱厚熜不接受礼品，不铺张奢侈。
到了京城外，朱厚熜没有按照大臣的安排走东安门，而是走了大明门。
到了祭祖的时候，大臣们说按旧例，朱厚熜应该以先帝朱厚照的父亲朱佑樘（读称）为皇父，称自己的父亲为皇叔。朱厚熜说：“父母还能改吗？你们再讨论一下！”大臣们引经据典，反复论证，朱厚熜始终不听。
张璁建议，单独给朱厚熜的父亲在京城里立一个庙，朱厚熜很高兴，但大臣们仍然不同意。
朱厚熜把自己的母亲接到京城，大臣们还是按旧例让她走东安门，朱厚熜不听，让自己的母亲从中门进城，并要去祖庙祭拜，大臣们又议论纷纷，认为女人不应该进祖庙。大臣们又说朱厚熜的母亲出行应该按王妃的仪仗，朱厚熜不听，使用了皇后的仪仗，并让母亲穿皇后的衣服。
朱厚熜的母亲听说大臣们要让朱佑樘做皇父，大怒：“怎么能让我的儿子给别人做儿子？”并问身边的人：“我儿子生父的名号怎么还没确定？”因此不进京城。
朱厚熜听说以后，哭着去找皇太后，说要退位跟母亲回家，大臣们吓得不知如何是好。
最后，大臣们只好给朱厚熜的父母以帝后的名义。朱厚熜的母亲这才进京。
紧接着，朱厚熜又要在自己父母的称号上再加一个“皇”字，大臣们不肯同意，请求辞职。这时正巧宫内起火，大臣们就说这是神明警示，朱厚熜也害怕了，就不再坚持加“皇”字了。
但大臣们依旧坚持要朱厚熜以朱佑樘为皇父，朱厚熜气得扣发了进言大臣的薪俸。
张璁、桂萼附和朱厚熜，大臣们想打二人，吓得二人躲了起来，大臣们又弹劾二人，准备等朱厚熜一下令，就打死二人。朱厚熜听说之后，提拔了张璁二人。
大臣们仍然坚持意见，杨廷和的儿子杨慎（“滚滚长江东逝水”的原创者）等人把大臣们集合起来，跪下请愿。朱厚熜派人去解劝，但大臣们到了中午仍然不撤。朱厚熜大怒，把二百多名大臣抓了起来，四品以上扣发薪资，五品以下施以杖刑，十七人被打后死去。最后，朱佑樘夫妻被朱厚熜称为皇伯父、皇伯母。
接着，对于朱厚熜的父亲能不能享受皇帝待遇进太庙，朱厚熜和大臣又产生争执。最后，朱厚熜单独盖了一座庙，跟太庙差不多，只是小了一点，称为世庙。
然而，就传统的四季祭祀在哪里进行，又产生争执。严嵩认为在哪里都可以，朱厚熜就问夏言，夏言不敢表态。
朱厚熜见严嵩附和自己，就继续让严嵩建议，把自己的祖先也称为太祖，大臣们没人敢反对。
朱厚熜开始禁止佛教，宠信道教。因为迷恋修道，朱厚熜忌讳“疾病”字样。
但朱厚熜并没忽视朝政，一直控制着权力，每天夜里都在看奏书。有人投其所好，进献一些奇怪的药方，朱厚熜吃了之后，病情反而加重了。
宫女杨金英等人想杀死朱厚熜，被朱厚熜杀死。
严嵩刚被提拔，就开始索贿，因而被弹劾，朱厚熜却袒护严嵩，只是说“如果被人弹劾，就应该检讨自己，不要为自己辩解。”严嵩也有些害怕，于是对朱厚熜更加恭顺。
夏言和严嵩是同乡，严嵩快被提拔时，夏言表示反对，严嵩因此对夏言怀恨在心。夏言犯了错，快要被罢官，严嵩乘机落井下石。夏言发现不妙，就找人弹劾严嵩，但此时朱厚熜正宠信严嵩，大臣越弹劾，朱厚熜越袒护严嵩。
朱厚熜不喜欢自己的皇冠，让人做了新样式，并给严嵩和夏言也做了。严嵩高高兴兴地戴上，夏言却对其他人说：“这不是臣子应该戴的样式。”朱厚熜十分生气，加上严嵩添油加醋，所以朱厚熜将夏言罢官。大臣们继续弹劾严嵩，严嵩请求退休，朱厚熜亲自写诏书挽留严嵩，并给严嵩的府宅赐名。
严嵩开始把握大权，大臣们的建议要先跟严嵩说，然后才能跟朱厚熜说。反对严嵩的大臣都被远派外地，所以大家都十分惧怕严嵩。
朱元璋的时候，倭寇就开始来侵扰，被击败之后，日本国王派人来进贡。之后，倭寇仍然不断前来。
到朱厚熜时期，夏言说倭寇是两国之间贸易引起的，于是朱厚熜下令停止了两国贸易，但明朝一些官员和商人和倭寇勾结，倭寇仍然猖獗，这些官员和商人的安全也受到影响，于是他们鼓动抗倭，却又借机吞噬倭寇的财物，倭寇损失了利益，就开始加倍报复，明朝一些人也跟着倭寇趁火打劫。沿海官员上报了这些趁火打劫的官员、商人等的名字，建议朝廷加以处罚，朝廷却不予回复，沿海官员只好先处罚了一些人，结果这些官商对抗倭行动开始诋毁，坚决抗倭的官员反而受到处罚。
最后，海上的贸易被恢复，那些趁火打劫的官员和商人十分高兴，更加猖獗，倭寇也继续侵扰边境。
汪直在海上做不法生意，跟倭寇勾结在一起，跟倭寇一起侵扰百姓。
俞大猷（读由）等人大破倭寇，倭寇与汪直等人向北流窜，继续抢掠。这些人里，真正的倭寇只有两三成，其余都是明朝跟着趁火打劫的人。
王忬（读遇）积极抗倭，他把与倭寇勾结的人都抓了起来，使得倭寇得不到情报，物资也得不到供应，只得逃走。
赵文华上奏说倭寇即将被剿灭，朱厚熜不相信，就问严嵩，严嵩也遮遮掩掩，朱厚熜还是在怀疑。严嵩见朱厚熜怀疑赵文华，就建议让赵文华去沿海巡视。赵文华到了沿海，就开始大肆搜刮钱财。胡宗宪等人取得的胜利，都被赵文华说成是自己的功绩。
胡宗宪诱降汪直，汪直前来与胡宗宪商议，被胡宗宪抓住杀死。
这时，却有人造谣说胡宗宪故意把倭寇引到福建，俞大猷的同乡弹劾胡宗宪，胡宗宪以为俞大猷也参与在里面。俞大猷不善于钻营，严世蕃见俞大猷不依附自己，十分恼怒，就授意胡宗宪把责任推给俞大猷。大臣们为了保护俞大猷，借钱送给严世蕃，俞大猷才免了死罪，最后被罢官。
胡宗宪在抗倭时指挥作战积极勇敢，屡立战功，但由于独揽大权，被人陷害，最后自杀而死。
戚继光、俞大猷连战连捷，最后终于将倭寇剿灭。
李福达造反失败后改名换姓，花钱买官，后来被人告发，结果在审讯过程中，有人认为他是当初造反的李福达，有人说不是，反反复复，最后变成大臣之间的矛盾，朱厚熜下令彻查，仍然没查清楚，朱厚熜觉得事情奇怪，甚至想亲自审问。最后，案子竟判成“诬陷”。朱厚熜因此认为大臣们有意欺骗自己，陷害好人，把很多大臣抓了起来。
仇鸾（读栾）被贬官后，通过贿赂严世蕃重新掌握兵权。俺答侵入时，仇鸾束手无策，下属劝仇鸾去贿赂俺答，让俺答去别处劫掠，结果俺答逼近京城。京城里只有一些老弱残兵，还大部分在官员、太监家里，不在军营，好长时间无法集结在一起。朱厚熜只得招募民间义军守卫京城，并让外地军队来支援。
京城里的士兵没打过仗，被赶着上阵，也不敢前进。
仇鸾等人带着兵前来支援，都没带着军粮，朱厚熜下令犒劳士兵，经费都不知道如何筹备，文件来回传递了几天，士兵才得到几张饼。
严嵩告诉丁汝夔（读葵）不要轻易出战，等俺答军队抢掠到财物之后就会退兵，结果百姓都以为是丁汝夔畏战，最后丁汝夔被处以死罪，临刑时大喊：“奸贼严嵩害了我！”
仇鸾虽然统领援军，但不敢出战，又派手下去俺答那边商量，答应互通贸易。
俺答送信来要求进贡。朱厚熜找严嵩和徐阶商量，严嵩推给礼部，徐阶说应该皇上做主，并说如果答应其条件，以后他们会贪得无厌，不如拖延一下，再等待援兵。赵贞吉主张出击，朱厚熜十分高兴，拨给赵贞吉军费，让赵贞吉去组织军队，但朱厚熜的命令里却没有让赵贞吉督战的字句，所以赵贞吉无法指挥将领，赵贞吉只好去找严嵩，严嵩早就跟赵贞吉有矛盾，对赵贞吉故意推辞。接着，严嵩又向朱厚熜说赵贞吉不靠谱，最后赵贞吉被贬职。
朱厚熜长期不上朝，大臣建议让朱厚熜上朝，以振奋人心，朱厚熜答应了。这天，大臣们都等在朝廷上，朱厚熜姗姗来迟，把大臣们批评了一番，就回宫了。
俺答觉得抢掠得够多了，就撤兵而去，明朝十几万援军眼看着俺答撤走，不敢上前射一箭。俺答中途遇到仇鸾，仇鸾来不及列阵，被俺答军队一冲而散，仇鸾几乎被擒。仇鸾随后用百姓的头颅拿去献功。
之后，俺答每年都来侵扰。明朝一些士兵随着逃到俺答部落，俺答在其中选出一些人，扮做道士、乞丐，到明朝这边刺探情报。后来，俺答入境，各处官员竟偷偷与俺答商议，以俺答军队不在自己防地劫掠为条件，默许其自由往来。
俺答再次逼近京城，朱厚熜让樊继祖来援，樊继祖竟置之不理。
朱厚熜悬赏杀死俺答，没有人回应。
俺答撤兵之后，仇鸾自报功绩，有大臣弹劾仇鸾虚报战绩，朱厚熜却将仇鸾晋升了。
这时候，朱厚熜逐渐听说严嵩的恶行，对严嵩开始厌恶，夏言的位置开始超过了严嵩。夏言的建议得以直接施行，朱厚熜也不再询问严嵩的意见。严嵩的党羽虽然被夏言驱逐，也不敢声张，因此对夏言更加怨恨。
严嵩的儿子严世蕃贪赃枉法，夏言就要去向朱厚熜汇报，严嵩吓得带着严世蕃去见夏言，夏言称病不见。严嵩贿赂守门人，见到夏言，和严世蕃一起跪下哭着谢罪，夏言置之不理，严嵩父子更加气愤。
严嵩开始与人密谋陷害夏言，夏言却不知情。朱厚熜派人去见夏言，夏言只是躺着接见。而派去见严嵩的人，严嵩都拉着手请其入座，偷偷把黄金塞给来人，所以朱厚熜身边的人都说严嵩的好话而诋毁夏言。
有时这些人夜里去见夏言和严嵩，夏言总是在熟睡，而严嵩总是在审核祈祷用的青词。严嵩和夏言都是以善于写青词得到朱厚熜宠幸的，后期严嵩老了，总是让下属写，大多是用以前的旧词，气得朱厚熜经常把严嵩送来的青词扔在地上，但这种情形却没人告诉夏言。严嵩乘机在青词上下功夫，因此朱厚熜又开始青睐严嵩，而夏言的情况却越来越危险。
这时，严嵩对朱厚熜说，俺答入侵，都是因为夏言、曾铣主张收复河套，才引起俺答的报复，于是夏言被下令退休，夏言上书陈述自己被严嵩陷害的情况，朱厚熜不听，不久夏言、曾铣都被处死。
仇鸾偷偷建议俺答，让俺答主张互通贸易。朱厚熜让大臣们商议，仇鸾极力支持，大臣们不敢反驳，只有杨继盛反对，朱厚熜开始觉得杨继盛说得有道理，就又让大臣商议，严嵩和大臣们都不发一言，仇鸾则偷偷陷害杨继盛，朱厚熜就改了主意，把杨继盛贬官。
明朝与俺答互通贸易后，俺答故意来高价卖一些病马，买卖不成就乘机再次入侵，有时早晨卖马，晚上就来入侵。士兵予以盘查，俺答军队就称是来做贸易的，士兵也无法拦阻。
仇鸾和边境守将也因为贸易达成，就放松了防备，即使看见俺答军队借机侵扰，也隐瞒不报。
时间长了，有大臣开始上报，仇鸾怕事情越弄越大，也偷偷上书请求禁止贸易。最后，朱厚熜下令禁止贸易。
俺答再次进犯，仇鸾后背生了疽，不能带兵，但又舍不得兵权，也不辞职。有大臣对朱厚熜说：“事情紧迫，可以暂时收回帅印，派兵防御。”仇鸾听说要收回自己的帅印，十分害怕，病情加重而死。
此时，朱厚熜已经知道仇鸾的恶行，派陆炳偷偷去查。这时仇鸾当初派去与俺答通信的人见仇鸾已死，吓得要去投奔俺答，被陆炳抓获。朱厚熜得知真相后大怒，将仇鸾一家全部杀死。俺答听说之后，马上就撤兵了。
这时，朱厚熜想起杨继盛说过的话，就恢复了杨继盛的官职，杨继盛很是感激，又要弹劾严嵩，杨继盛的妻子说：“算了吧，仇鸾就差点把你害死，严嵩父子相当于一百个仇鸾，你怎么应对呢？”
但杨继盛还是坚持弹劾了严嵩，里面写有“皇上可以向裕王、景王询问严嵩的罪恶”。朱厚熜看了之后，对这句十分不满，就把杨继盛抓了起来，问为什么要说出二王，杨继盛说：“除了二王，谁敢说严嵩的罪行？”
杨继盛每次被押送审讯途中，大臣和百姓都夹道围观，都说他是天下的义士，又指着牢笼偷偷叹息：“可惜没把严嵩关进去。”有人就对严嵩说：“人们对杨继盛如此赞誉，您不为以后想想吗？”严嵩就和严世蕃商量，在别人的罪状后面加上了杨继盛的名字，朱厚熜于是下令杀死杨继盛。临刑前，杨继盛的妻子上书说要替夫去死，奏书被严嵩压下。
严嵩年老后有些糊涂，加上朱厚熜的旨意常常很深奥，严嵩就常常看不懂，严世蕃乘机参与揣摩回复，很符合朱厚熜的心意。严世蕃又花重金收买朱厚熜的信息，所以常常早早做足了准备，所以朱厚熜很喜欢严世蕃，造成朱厚熜离不开严嵩，严嵩离不开严世蕃。大臣们向严嵩汇报，严嵩总是说：“去跟我儿去商议。”所以严世蕃更加狂妄，小人们也纷纷依附严世蕃。
后来，严嵩的妻子看严世蕃过于狂妄，就对严嵩说：“你忘了当年清贫的日子了吗？”严嵩听了，也十分惭愧，就开始管束严世蕃。但严世蕃仍然沉湎玩乐，对政事也不太用心，有时候朱厚熜急等着要回复，严嵩看严世蕃一直不处理，就只好自己回复，有时写了又改，越写越乱。朱厚熜听说之后，就开始厌恶严世蕃。
蓝道行善于幻术，朱厚熜很宠信他。一天，朱厚熜问蓝道行：“现在天下为什么混乱？”蓝道行说：“贤人没得到使用，奸人当道。”朱厚熜问谁是贤人谁是奸人，蓝道行说：“贤人有徐阶、杨博，奸人有严嵩。”朱厚熜问：“既然这样，那上天为什么不处罚他？”蓝道行说：“上天是为了让您出来主持公道。”朱厚熜听了，默然不语。
这时，宫中起火，朱厚熜的住所不能住了，严嵩建议朱厚熜去南宫，但那是囚禁明英宗朱祁镇的地方，朱厚熜因此大怒。徐阶建议重新建造新宫，朱厚熜十分高兴。从此，朱厚熜凡事都和徐阶商量，不再理会严嵩。
这时又有人弹劾严嵩，朱厚熜说：“很多人厌恶严嵩，但他推崇道教，所以我对他很宽容，但他却纵容儿子作恶。让他退休吧。”
不久，严嵩被罢官，严世蕃入狱。
严嵩得势之后，逐渐不听人劝。此番徐阶得势，也没人去提醒严嵩。
严世蕃开始行贿，散布说蓝道行参与了弹劾严嵩。朱厚熜听说之后，把蓝道行也抓了起来。严嵩的党羽又去贿赂蓝道行，让蓝道行陷害徐阶，被蓝道行拒绝。严嵩的党羽只好去跟量刑官商量，减轻了严世蕃的罪行，判严世蕃流放。
之后，朱厚熜又经常想起严嵩推崇道教的事，因此闷闷不乐，就说自己要传位给太子，自己去修道。徐阶予以劝阻，朱厚熜说：“我就是喜欢修道，谁要是再说严嵩的事，我就杀了谁。”严嵩看到形势对自己有利，就派人诬陷蓝道行，最后蓝道行被处死。
后来，朱厚熜总是感觉宫里气氛异常，有人说是因为蓝道行被杀的原因，朱厚熜就问徐阶，徐阶劝朱厚熜不要听这些胡言乱语，于是朱厚熜就把这些传言的人杀了。
严嵩上书请求让严世蕃回到自己身边给自己养老，被朱厚熜拒绝。严世蕃流放途中逃回，其下属罗龙文也逃了回来，密谋要杀徐阶报仇。徐阶听说之后，严加防备。严嵩听说之后，吓得说：“我的儿子坑了我啊！皇上正宠信徐阶，如果要杀徐阶，我的家族就要完了。”
长期以来，徐阶和严嵩相处还算和谐，只是严世蕃一直胡作非为，徐阶也一直容忍。严嵩这次被弹劾，徐阶还去慰问，严嵩很高兴，十分感激徐阶，严世蕃也把家人托付给徐阶。徐阶的儿子对徐阶说：“您忍了这么长时间，现在可以报仇了。”徐阶假装训斥儿子：“如果没有严嵩，也没有我的今天，我不能做亏心事。”严嵩偷偷派人来刺探徐阶，也听到了这些话。其实徐阶知道朱厚熜还在惦记着严嵩，也怕严嵩死灰复燃。严嵩罢官后，徐阶也一直给严嵩写信问候，时间长了，严世蕃也说“徐阶不会害我们。”严嵩本是个有仇必报的人，只是假装老实，但管不了严世蕃，严世蕃仍然十分猖狂。
有个官员路过严嵩的家，发现严嵩正大肆建造府宅，严嵩的仆人对官员十分傲慢，工匠甚至用瓦块打官员，这个官员就把情况上报了。林润于是上奏朱厚熜，说严世蕃一直图谋不轨。朱厚熜下令捉拿严世蕃。
严世蕃就和党羽密谋，到处传播杨继盛的案子，因为当时案子是朱厚熜判的，严世蕃想借此给自己逃脱罪责。大臣们听说之后，就去找徐阶商量。徐阶也早已听说，就问大臣：“你们认为严世蕃是不是死罪？”大臣们说当然是死罪。徐阶又问：“那现在能不能判他死罪？”大臣们说：“他搬出杨继盛的案子就是想免于死罪啊。”徐阶不慌不忙地说：“这个另说。现在事不宜迟，我们得集中在他想聚众造反这件事上，重新写一个弹劾状。”大家都不敢写，都让徐阶写。徐阶就从衣袖里拿出一张状纸说：“我早就写好了，你们看看如何。”大臣们都说可以。
这时，严世蕃还不知情，还想借此机会杀了徐阶。
徐阶写了新奏书，主要说严世蕃想投靠日本造反，朱厚熜就下令将严世蕃处死。严世蕃听说之后痛哭流涕，他的家人让他给严嵩留一封信，严世蕃一个字都写不出来了。百姓们听说之后，高兴得拿着酒去看行刑。
严嵩被贬为平民，在朋友家里借住，不久就去世了。
张居正上书提出建议，朱厚熜看了，十分高兴，下令予以施行。
朱厚熜病重，把高拱、张居正等人找来托付后事，并留下遗诏说：“我因为患病，过于追求长生不老，因此被人迷惑，以前那些因为进言而被处罚的大臣，应该让他们官复原位。”
朱厚熜去世后，朱载坖（读记）即位，就是明穆宗。
朱载坖即位后，释放了海瑞等大臣，将一批向朱厚熜进献药方的人杀死。
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