主要适用于月经周期规律、能正常排卵者。根据月经周期（一般自月经第10天）开始监测卵泡及内膜发育，出现优势卵泡后连续监测，同时需要结合尿LH或相应的激素血值来判断卵泡成熟情况，必要时可给予绒毛膜促性腺激素（HCG）等药物进行诱导排卵。排卵后根据胚胎冷冻时的培养天数，确定胚胎的复苏及移植时间，并给予相应的黄体支持。此方案比较接近自然受孕状态，有理想的妊娠率，是月经规律女性的首选方案。少数情况下可能因排卵时间不确定或内膜发育欠佳而不能移植，此外，患者来院次数相对较多。
自然周期冷冻胚胎移植是指在冷冻胚胎移植周期中不使用任何激素类药物，根据人自身卵泡发育及排卵的过程来判断子宫内膜与胚胎发育的同步性，从而选择正确时机进行冷冻胚胎移植的一种方案。该方案由于不使用任何外源性激素，更接近人体生理状况，并且价格低廉，不影响患者自身周期，后期无需特殊黄体支持，控制简单，且可避免外源性激素暴露对母体及胎儿早期发育和远期健康造成影响而更为患者所接受。
子宫内膜容受性是指子宫内膜接受受精卵着床，并发育成胚胎的能力。在正常月经周期中，受精卵着床开始发生于月经第19天，持续4-5天，即月经第19-24天，临床上将其称为种植窗。在自然周期中内膜与胚胎的同步性主要是通过卵泡发育过程中产生的内源性激素来调节的，而胚胎移植时机的确定是通过监测血清或尿液中LH水平来实现的。
目前最常用的方案是于月经第8-12（10）天开始经阴道超声监测卵泡发育及内膜情况。B超监测优势卵泡直径≥14mm时，测定尿LH峰，当子宫内膜>8mm且子宫内膜分开为A/B型时，B超监测至排卵（卵泡消失），于卵泡破裂后3天进行D3胚胎或D5囊胚移植。卵泡不破裂黄素化者，LH峰后5天移植胚胎，术后给予黄体酮进行黄体支持。为了更为准确地捕捉到LH峰，原则上推荐卵泡直径>14mm后每天检测血清中LH水平1-2次。一般认为LH峰出现36-40小时后会出现排卵，根据胚胎冻存时的发育阶段不同，冻融胚胎的移植一般在LH峰出现后第3-5天后进行。若B超监测过程中发现内膜过薄，建议下周期行激素替代周期冻胚移植。
鉴于LH峰出现的时间存在个体差异，LH峰监测有难度而且存在一些不确定性，也可选择注射外源性hCG诱导黄体化过程后决定胚胎移植时间，这一方案不需要监测血清LH水平，但需要行B超下卵泡监测，确定优势卵泡大小以决定hCG用药时机，一般在优势卵泡大小为17-18mm时注射hCG，激发内源性LH的形成而促进卵泡的最终成熟以及36-38小时后的排卵。也有方案选择LH≥20IU/L时注射短效GnRH-a 0.1mg或hCG10000IU，诱导排卵，92-140小时后解冻第3-5天胚胎；若LH<20mIU/ml则诱发排卵后104-152小时解冻胚胎。
内膜转化的程度是受体内孕激素浓度及暴露时间长短来调节的，因此有学者提出基于血清孕激素水平的移植方案：当优势卵泡消失便开始监测血清孕酮水平，若孕酮水平低于3ng/ml认为排卵当天，孕酮水平介于3-6ng/ml认为是排卵后第一天，孕酮水平介于6-8ng/ml认为排卵后第二天，孕酮介于 8-10ng/ml认为排卵后第三天。
由于过高的E2水平会破坏子宫内膜容受性，且能改变子宫内膜基因表达，进而破坏移植窗，因此当E2>200pg/ml时，妊娠率和胚胎种植率下降。
LH峰当天孕激素水平升高不会影响妊娠率，而LH峰出现之前的两天以上的孕激素水平过高会显著降低妊娠率，因此自然周期冻胚移植中黄体支持开始的时机目前普遍为LH峰当天。
主要适用于月经稀发或不规律者。如：多囊卵巢综合征患者、卵巢早衰、子宫内膜异位症或自然周期子宫内膜发育不良者等。此方案又分为直接替代和垂体降调节后替代两种。
1、直接替代周期：一般自月经3-5天开始服用补佳乐，10天左右来诊行阴道B超监测内膜发育，当子宫内膜达到一定厚度（一般大于0.80cm）,根据胚胎冷冻时的培养天数，确定胚胎的复苏及移植时间，并给予相应的黄体支持，补佳乐需继续服用至妊娠检测日：具体分为（递增方案）及（恒定剂量方案）。
递增方案：月经第3天起，口服补佳乐2-3mg，每天1次，连用4-6天后改为2-3mg，每天2次，连用4-6天后可行B超监测，当内膜达到8mm以上雌激素应用时间≥12天可加用黄体酮。若内膜偏薄，可改服补佳乐为4mg，每天2次，连用3-5天后再行B超监测。建议测定血清雌激素水平，血清雌激素达到一个成熟卵泡分泌的水平为宜。根据雌激素用量每天肌注黄体酮60-100mg（补佳乐4-8mg/d）。根据胚胎冻存时间于黄体酮注射的第4-5天、囊胚在用黄体酮第6天行胚胎移植，移植后继续按原来剂量激素替代，至移植后第7-8天可开始逐步减量。
恒定剂量方案：月经第3天起，每天口服补佳乐2-8mg，于月经的第12天起监测B超，推荐当内膜达到8mm以上雌激素应用时间≥12天加用黄体酮，每天肌注40-100mg，根据胚胎冻存时间于黄体酮注射的第4-6天行胚胎移植。
2、垂体降调节后替代周期：多数在月经1-2天用长效降调解药物（如：抑那通、贝依等）给予前期降调节，降调满意后使用补佳乐，定期监测子宫内膜厚度至≥0.80cm, 根据胚胎冷冻时的培养天数，确定胚胎的复苏及移植时间，并给予相应的黄体支持，同时补佳乐需继续服用至妊娠检测日。
适用于卵巢功能良好，但自然周期无排卵或人工周期内膜准备欠佳者。常用方案包括以下两种：
1、尿促性素（HMG）：一般于月经第3-5天开始用HMG，直至卵泡发育至1.8cm—2.0cm左右时，注射HCG，根据排卵时间及胚胎冷冻天数，确定移植时间，并给予相应的黄体支持；
2、来曲唑+尿促性素：一般于月经第3-5天开始服用来曲唑，连用5天后，监测卵泡及内膜发育情况，酌情添加HMG，直至卵泡发育至1.8cm—2.0cm左右时，注射HCG，根据排卵时间及胚胎冷冻天数，确定移植时间，并给予相应的黄体支持。
针对反复内膜薄、上述方案效果均不理想的患者，临床医生正尝试各种方法改善内膜厚度及容受性，例如他莫西芬、西地那非或腔内理疗等，这些方案的效果仍有待大样本临床数据的支持。
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