8.6分铜死亡相关泛癌纯生信，最近还有铜死亡相关征稿，机会难得！

研究背景：

铜死亡，一种由铜积累引发的独特类型的细胞死亡。铜死亡的内在机制包括线粒体蛋白脂酰化、三羧酸循环和活性氧的产生，这些与肿瘤微环境(TME)稳态密切相关。然而，铜死亡相关基因(CuAGs)是否与癌症进展及TME特征相关尚不清楚。

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研究结果：

1、作者收集了编码硫酸途径组分(FDX1、LIAS、LIPT1、DLD)和丙酮酸脱氢酶复合物(DLAT、PDHA1、PDHB、MTF1、GLS、CDKN2A)的CuAGs，包括3个负调控因子(MTF1、GLS、CDKN2A)和7个正调控因子。

2、利用TCGA数据库中这10个CuAGs的基因表达数据来揭示铜死亡在不同癌症中的不同调控模式。

3、这10个CuAGs的整体体细胞突变率处于中等水平(8.0%，627/7839)，其中CDKN2A的体细胞突变率最高(图1A)。

4、与突变状态相比，CNV改变更为普遍，且各CuAG的CNV状态在不同癌症类型之间具有相当的一致性(图1B)。

5、CuAGs的表达在不同的癌症中表现出高度的异质性(图1C)，其中CDKN2A在大多数癌症中过表达，甚至在CNV中存在缺失(图1D)。

6、所有CuAG均表现出表达失调和预后相关性(图1D-E)，其中DLAT是应用最广泛的预后CuAG，与7种不同癌症的预后相关。

7、评估CuAGs与不同癌症生物学特征之间的相关性。大多数CuAGs表现出与免疫评分和基质评分密切一致的相关性(图1F-J)。

8、为了评估各种癌症铜突出症与不同生物学特征之间的整体相关性，采用非负性基质(NMF)因子分解，基于所有CuAGs对患者进行分类。对于每种癌症，患者被分为2-4个亚组(图1K)。

9、2D t-SNE图通过NMF验证了无监督聚类结果的数学有效性(图1L)。

10、在大多数癌症类型中，NMF亚组与免疫(15/21)和间质评分有很强的相关性（图1M-N）。

11、相应的，基因组稳定性指标与NMF亚组之间的相关性仅在一小部分癌症中被确定(TMB评分为9/21（图1O），MSI分数为6/21（图1P）。

12、在COAD、HNSC、KIRC、LIHC、LUAD和UCEC中，不同的NMF亚组也表现出不同的总体生存率(图1Q-V)。

13、由于CuAGs与不同的生物学和临床特征表现出异质相关性，将所有癌症类型归纳为四类:基因组干扰、基质重塑、免疫抑制和铜斑病惰性(图2A)。

14、基因组干扰类是指受CuAGs影响最显著的癌症，其NMF亚群通常与基因组不稳定性指标和肿瘤微环境相关(如STAD，图2B-E)。

15、基质重塑类别是指NMF亚群与TME相关特征相关，但与基因组稳定性特征不相关的癌症。此外，基质重塑类别还与预后密切相关(如COAD，图2F-K)。

16、免疫抑制类别是指NMF亚型主要与免疫评分相关的癌症。这些癌症仅受到CuAGs的轻微影响，其中铜突病仅影响免疫微环境(例如，OV，图2L-O)。

总结：本研究证实了泛癌中铜死亡调控因子普遍存在的遗传调控异常和独特的生物学相关性。此外，提供了铜死亡调节模式的泛癌症概述，揭示了生物学和临床相关的癌症亚型。