1、项目前期可行性研究和科学论证问题
（1）在土地整理中，容易产生应付任务的现象。
（2）项目现状图测绘缺乏统一的规范，缺乏必要的验收过程，尤其是采用现在测绘技术（GPSRTK）后，许多项目区在施工过程中很难找到必要的控制点作为施工依据。
（3）现状项目前期工作缺乏可行性研究和科学的论证，存在着一定的盲目性，即便是有论证也是流于形式。
（4）项目区划定不尽科学
项目区的划定从提高地力，增加耕地等方面来说，部分项目的划定不够科学。有的项目区缺乏最基本的立项条件，如水源无保障，项目区内水利骨干工程不具备等等。这主要是由于项目承担单位在选定项目时，只考虑了当年的情况，而没有形成一个整体规划整理的思路。项目区划定分散，彼此间不能够紧密相连，为今后整理成为集中连片的耕地保护区，造成一定的困难，没有发挥项目资金的最大效用。
项目承担单位没有认真，对项目区周围的用地情况进行调查，没有从长远规划角度进行考虑；项目划定后，最终的实施还要靠，乡（镇）政府及村委会的密切配合。个别乡（镇）及村委会可能会由于项目实施过程中存在的协调村集体及村民等问题过于繁琐，而不愿配合土地管理部门的工作，而使项目划定的原有科学计划不能实现，致使土地管理部门只能按照有条件实施项目的乡（镇）依其愿望来划定项目区。
2、项目规划设计阶段存在的问题
从近几年的项目来看，乃至国家投资项目，规划设计均存在深度不够的问题。项目规划不符合当地农业生产习惯，道路等建筑物的布置脱离实际地形情况不能满足农作物的生长要求，施工中的实际困难没有全面考虑。出现这些问题，主要是由于以下几方面的原因：
（1）测图比例尺（丘陵1：2000，平原1：5000）不能满足施工图设计的要求；
（2）项目设计单位，没有进入项目区内的田间地头及群众当中，开展认真细致的调研工作。没有摸清楚项目区的实际地形情况，没有摸清楚项目区内现有基础设施的利用情况，没有摸清楚项目区内作物的生长需要，没有认真走访当地农民群众；
（3）项目承担单位，确定项目的时间过晚。项目承担单位，往往在项目需要上报前的一个月或更短的时间内才委托项目设计单位进行项目的可行性研究及规划设计工作，为了不耽误项目的正常上报，设计单位只能在这有限的时间内完成规划设计工作，自然造成规划设计报告的质量低劣，深度不够；
（4）乡（镇）政府不积极配合设计单位，进行项目前期的调研与踏勘工作，使得设计单位，只有凭借经验“闭门造车”。
3、项目实施阶段存在的问题
（1）缺乏民众的热情，民众对项目工作的理解认识不够。
虽然知道这是一项民心工程，是政府为民众办实事的好事，但一涉及到个人利益的时候就会产生消极、被动、抵触的情绪，难以让民众积极投入配合到这项工作上来，有的农民甚至会在实施过程中提出一些无理的要求，土地整理项目在实施过程中，土地整理工程村民也能做，为什么一定要招投标让外地人来做，群众还有不同的意见等等，容易使组织实施者陷入被动状态。
（2）项目规划设计变更频繁
产生项目设计变更的原因主要有以下几个方面：
1）规划设计深度不够，设计报告等资料不能够完全指导施工。这主要是由于项目设计单位，没有认真或没有时间勘察项目现场所致，没有将设计与当地的实际自然情况和农作物生长情况协调一致。施工单位拿到图纸后，认为项目设计根本就是“纸上谈兵”，没有实际意义。如，某土地整理项目区设计的为井灌，在项目实施过程中，因项目区内陆下水匮乏，打不出机井，不得已改井灌为库灌，既浪费了人力物力，又延误了工期，重新调整实施方案后，又未履行项目调整手续。结果在国家验收中，这个县被定性为擅自调整项目计划。
2）项目投资不能满足图纸设计要求。自我国推行工程量清单计价以来，定额计价已逐渐退出造价市场，可是做为国家全成本投资项目，又不得不依据定额计价来确定项目投资。这几方面直接导致了，项目预算批复投资与项目实际造价不符，项目工程实施存在资金不足等问题而致使项目设计进行变更；
3）项目所在乡（镇）政府在项目规划时没有征求当地村民意见，项目实施过程中遇到树木和房屋等拆迁问题，村民要求补偿，由于项目投资中没有拆迁补偿一项费用，而不得不变更原规划设计而避开补偿；
4）项目承担单位及施工单位按原设计图纸施工无利可图，便在未报原项目批准单位申请项目变更的情况下按照承担单位自己的想法进行项目建设，项目建设完工后再补报项目变更设计。
（3）项目个别投资费用分配比例不合理
1）项目勘测费、工程监理费
土地整理项目规定严格的项目勘测费、工程监理费费率，其费基为工程施工费。首先说勘测费，这种以工程投资来确定勘测费的方法是存在弊端的。因为，项目区地形图的勘测，其工作只与项目区的地形复杂程度及面积等方面因素有关，而与项目区建设什么工程，工程投资多少没有直接关系。而土地整理项目按费率取费后，直接造成项目勘测费低于国家测绘局所规定的标准，造成勘测单位不愿意参与土地整理项目的勘测工作或者将测绘工作简单化，地形图测绘成果粗糙，给设计单位带来不可避免的麻烦和设计中的误差。其次，工程监理费，工程监理费的取费方法虽然没有什么不合理的地方，但是监理费的费率过低，而使得监理单位不愿意参与土地整理项目的监理工作。这样就出现了监理单位在项目开工时来一次现场，项目竣工时再来一次的不负责任工作的现象，或者，出现直接由项目施工方出钱“请监理”的作法，最终造成监理单位“形同虚设”。这些都是在工程施工中所不允许的，而在土地整理项目中却有发生。
2）土地整理投入多少不是按项目建设需要来确定，而是按投入的资金来确定任务。因此，难免会造成工程建设的质量和数量达不到群众的期望。有些土地整理项目实施时，有些地方的沟渠路因经费有限，未作规划设计，在具体实施过程中当地群众纷纷提要求给予增加工程。
3）缺少规范的管理依据和手段，难以确保项目质量和数量，容易产生投机取巧、偷工减料的现象。资金管理未能完全形成一个系统，尚有待于建立健全，未能实行项目法人制，对资金的投入管理未实行按项目管理。
4、竣工验收阶段存在的问题
竣工验收是项目工程建设过程中的最后一环，是全面考核建设成果、检验设计和建设质量的重要环节，也是项目从建设转入生产的标志。土地整理项目至今通过项目验收的数量并不是很多，这主要是由于前几年项目没有严格按照图纸实施，或项目变更申请没有批复等。但最重要原因是至今没有形成一个统一的具有指导性的项目竣工验收规程，使得项目承担单位和国土资源分局不知如何组织项目的竣工验收工作。比如，竣工报告的书写，审计单位的委托和审计报告的书写，分局初验的组织等等，均没有一个成文的较为详尽的规程来指导。
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