打开APP
userphoto
未登录

开通VIP,畅享免费电子书等14项超值服

开通VIP
三种方法提取miRNA成熟体序列

    前面我们讲过☞miRNA靶基因预测☜,我们知道miRNA靶基因预测一般是通过seed(种子序列)与靶基因序列互补配对来实现的。有很多本地版本的软件都是基于这个原理来预测miRNA靶基因的,例如☞targetscanmiRandaRNAhybrid等等。这些软件都有本地版本,可以下载到自己的电脑上运行。一般输入都是两个文件,一个是miRNA的成熟体序列,因为miRNA的种子序列一般位于miRNA成熟体5'的2-7位(参考☞miRNA靶基因预测☜),另外一个输入文件就是你要预测的靶基因序列了,这里的靶基因序列可以是mRNA 3’UTR序列,也可以是lncRNA或者circRNA序列。

    那么今天我们就来给大家分享一下如何获取miRNA的成熟体序列。首先我们去miRbase(http://www.mirbase.org/ftp.shtml)数据库下载目前所有物种的miRNA成熟体序列文件mature.fa。关于miRbase的介绍可以参考☞miRBase数据库介绍及miRNA数据下载

mature.fa打开内容如下

接下来我们给大家分享三种不同的方法来提取感兴趣的物种的miRNA成熟体序列

1. perl语言

#!/usr/bin/perl -w
#打开包含所有物种miRNA成熟体序列的文件open FILE,"mature.fa";#新建一个输出文件,保存人的所有miRNA成熟体序列open OUT,">hsa_mature_seq.fa";#循环的读取每一行内容while($line=<FILE>){ chomp($line); #如果某一行匹配>hsa开始,证明这是人的miRNA #如果对其他物种感兴趣,需要知道这个物种的miRNA以什么开头,如小鼠的是mmu if($line=~/(^>hsa.*?) /){ #读取下一行就是对应的miRNA成熟体序列 $seq=<FILE>; chomp($seq); #写到输出文件中 print OUT "$1\n$seq\n"; }}#关掉输入和输出文件close FILE;close OUT;

hsa_mature_seq.fa文件打开内容如下

2. R语言

#安装Biostrings这个R包BiocManager::install("Biostrings")#加载Biostrings这个包library("Biostrings")#读取包含所有物种miRNA成熟提序列的文件mir=readRNAStringSet("mature.fa")#替换序列名字,只保留第一个空格前面的内容#>cel-let-7-5p MIMAT0000001 Caenorhabditis elegans let-7-5p#替换之后变成了>cel-let-7-5pnames(mir)=gsub(" .*$","",names(mir))
#提取以hsa开头的miRNA,如果对其他物种感兴趣#需要知道这个物种的miRNA以什么开头,如小鼠的是mmu,人的是hsaindex=grepl("^hsa",names(mir))#提取相应的序列hsa=mir[index]#写出到human_mature_mir_seq.fa文件中writeXStringSet(hsa, "human_mature_mir_seq.fa")

human_mature_mir_seq.fa文件打开内容如下

3. 利用EmEditor正则表达式来提取miRNA的成熟体序列

本站仅提供存储服务,所有内容均由用户发布,如发现有害或侵权内容,请点击举报
打开APP,阅读全文并永久保存 查看更多类似文章
猜你喜欢
类似文章
【热】打开小程序,算一算2024你的财运
构建miRNA-seq数据分析环境
miRNA介绍、命名原则、功能分析、miRNA数据库大全
跟着生信技能树学习microRNA测序学习
两分钟简单粗暴讲miRNA名称
microRNA命名规则及序列查找
你问我答 | miRNA的5p和3p
更多类似文章 >>
生活服务
热点新闻
分享 收藏 导长图 关注 下载文章
绑定账号成功
后续可登录账号畅享VIP特权!
如果VIP功能使用有故障,
可点击这里联系客服!

联系客服