你问我答 | miRNA的5p和3p

有些老师在研究miRNA的时候，比如has-miR-21，但在查找序列时，发现有has-miR-21-3p和has-miR-21-5p，可是文献中一般只会说has-miR-21，这样的话到底是做3p还是5p呢？

这里，小编就和大家说说miRNA的3p和5p之间的区别。

那么，什么是miRNA呢？

miRNA (microRNA)是一组由基因组编码的长度约20～23个核苷酸的非编码RNA，通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或阻碍其翻译。在miRNA公共数据库miRBase (http://www.mirbase.org/)中已经有1W多条来自不同物种的miRNA序列。

那它是怎么来的呢？

是由约70个碱基大小形成发夹结构的单链RNA前体 （pre-miRNA），经过Dicer酶酶切加工后，成为长约20~24nt的成熟miRNA，如下图所示

有的miRNA前体两个臂分别产生一条有功能的成熟miRNA，他们分别靶向不同的位点。这时候就要来进行区分了，一般以“-5p”和“-3p”分别命名。如hsa-miR-21-5p和hsa-miR-21-3p，分别表明从hsa-mir-21前体的5’端臂和3’端臂加工而来的。表达水平较高的miRNA后面不加任何符号，而表达水平较低的miRNA后面加上*号，如hsa-miR-21*,有时带“*”的miRNA就根本不出现。

而发夹状结构的miRNA前体转录本以“mir”命名，其编号以“MI”编号，如人的miRNA 21的前体ID为hsa-mir-21，Accession为MI0000077。如下图所示。

前体

成熟体

所以针对老师的问题，可以从两个途径来确定：

之前的文献中如果有他所用的hsa-miR-21序列或者Accession number，直接拿序列与现在的hsa-miR-21-5p以及hsa-miR-21-3p比较即可，这样最准确；

如果之前的文献没有给出具体序列，只是写hsa-miR-21，那上mirbase数据库查hsa-miR-21，虽然他会列出hsa-miR-21-5p以及hsa-miR-21-3p两个不同的miRNA成熟体，但在下面有写Previous IDs，这样就能知道之前的hsa-miR-21是现在的5p还是3p（如上图所示）,显然这里是指的hsa-miR-21-5p。

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