我认为他们的差异在于
黑格尔的《精神现象学》实际上并非是真正的现象学，因为他是需要预设一个目的，所有的意识活动，本质上都是朝着这个最终目的行动的。
其次，《精神现象学》需要预设主体和客体的分化，在主客体分化的基础上，黑格尔采取自我意识的反思运动，不断地把客体拉回到主体的反思领域之中，从而实现主客体贯通。进而又爆发出主客体分化，再把它拉回来，形成螺旋式的辩证发展。
整体上可以分为三个阶段，
从意识到自我意识，从对象转到自我意识，在自我意识之中，由于主奴辩证法，进而提出“承认”，在这里已经暗含着个体性和普遍性的贯通，但是还没有被意识到，然后又往前发展。
在理性阶段，以个体性和外在性为主要特征，在理性的整个运作之中，理性不断地意识到自身的个体性和外在性，但是同时又被不可名状的某种东西相阻碍，到了最后意识到，这个不可名状的东西，就是伦理实体。
于是到达了精神阶段，目的在于实现普遍性和个体性的统一，在古希腊时期，两者自在地统一，在罗马帝国一直到法国大革命时期，呈现出两者的分离，形成了异化。在大革命以后，精神回归自身，形成了道德世界观，又因为善恶的二元论感到无所适从，最终通过恶的宽恕，实现了个体性和普遍性的贯通，上升为绝对精神。
进而在绝对精神之中，通过宗教、艺术，最终在概念中完成了自我反思，达到了精神的自觉。
可以看到，黑格尔预设了主体和客体的分化，然后通过主体和客体的运动之中，不断地派生出矛盾，精神不得不去解决这些矛盾，通过解决矛盾的过程，精神对于自身的认知不断加深，从而把原来他者拉回到主体视域之中，从而实现主体对于客体的统一，进而上升到更高阶段，又出现矛盾。
但是这里面仍然有一个最终目标，就是个体性、特殊性和普遍性的完全贯通，达到了绝对精神的状态。
而现象学，尤其是海德格尔的现象学，完全放弃了这种主体和客体的分化，他并不需要预设这一点，相反他要在主客体分化之前，去思考为什么会出现辩证运作这样的事情。
黑格尔从来不解释，辩证法何以可能？在黑格尔看来，我已经把这个东西展现给你看了，这就是可能的。所以黑格尔虽然预设主客体二分，但是黑格尔并不清楚为什么最终需要把客体转移到主体之中，让主体去统一客体的存在（而这个答案，则是被他的老对手，叔本华揭露出来了，这就是“盲目的意志”使然）。
所以，黑格尔的“现象”，并非是源初性质的现象，相反他实际上是被自我意识人为架构起来的现象。他所说的现象，只不过是没有物自体的康德哲学意义上的“现象”，而不是现象学意义上的“源初的有”。所以在黑格尔那里，黑格尔是发现不了现象学，因为黑格尔总是预设着主体高于客体，理念高于自然的思想。而自然是机械性，黑格尔实际上是承认了这一点，只不过黑格尔认为，机械性的自然最终会回归到有机的自然，他把精神视为隐秘的，沉睡的精神。
如果读读黑格尔的书，你会发现，黑格尔在《自然哲学》这本书和《精神哲学》前半部分，我认为，其思想乏善可陈，可以说相当贫乏。
这种贫乏就在于，黑格尔总是试图把人们的常识包装起来，用他的辩证法去解释。
比如说海德格尔在《存在与时间》批判黑格尔的时间观，认为他无非是流俗的时间观，然后包装起来，说什么点的自我扬弃，形成了时间云云，这样的说法，本质上无非是说，时间是线性的，他是由点聚合在一起。
他并没有真正深入到主客体分化之前的源初性的状态，所以黑格尔作为辩证法大家，自己都不知道辩证法是何以可能被运行起来的。
最后还有一点很重要的东西，这就是观念论传统与意志论传统的区别。
在从中世纪转向近代的时候，出现过短暂的意志论转向，即他们把上帝相信为意志，是人的理性不能把握的。通过这个意志论转向，促使自然科学从神学之中独立出来。比如说著名的奥卡姆、罗吉尔培根都是意志论者。
这种意志论的结果，就是将哲学和自然科学视为两个门类的学科，而不是哲学凌驾于自然科学去解释自然科学的事实。
而黑格尔秉持的是观念论传统，观念论传统相信现象世界是分有了理念才成立，而黑格尔把它解读为，观念外化为现实。这就给了黑格尔通过辩证法去解释事实的原因，所以黑格尔在《自然哲学》大谈自然事实如何符合自己的辩证法体系。后来的恩格斯也大谈这一点。
但是意志论传统是不允许这样谈论，因为最高的本体如果是盲目的意志，那么他与现象世界是脱钩的，盲目的意志只能以某种非理性的方式去理解，他固然在某种程度上批判了科学，却并不意味着自己可以凌驾于科学之上。
而现象学当他要求回到事情本身的时候，他的哲学目的就与意志论传统相趋近，现象学并不试图去解释自然事实，相反他只是声称如何在主客体分化之前去理解主客体分化以后的世界。所以他形成了一种有别于科学，却不凌驾于科学的独特形态。
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