西藏成功纳入明朝版图，归功于徐达

1371年4月，徐达在甘肃定西大破王保保，打通从甘肃前往青藏高原的通道。邓愈跟进，攻克河州及临洮。驻藏的元吐蕃宣慰使何锁南普、镇西武靖王卜纳刺亦等纷纷来降。
至此，明朝开始在青藏高原设置屯军卫所，其中最远的卫所为俄力思军民元帅府，直辖今西藏阿里，印度克什米尔拉达克。
1403年，永乐帝派司礼监少监（藏族人）侯显出使西藏，迎请藏传佛教噶玛噶举派黑帽系五世活佛哈立麻前往南京灌顶弘法，并册封哈立麻为大宝法王。
1406年，朱棣又册封西藏地方政权五人世袭为王，并强令必须中央册封，不得擅自继位。其中一王欺负明廷天高地远管不着，买通册封使擅自继位，被明孝宗朱佑樘发配陕西平凉卫充军。
1577年，蒙古俺答汗欲南下青藏建立霸业，与三世达赖索南嘉措在青海湖结盟，双方不敢违逆明廷，共同拜万历皇帝朱翊钧为宗主，并上表启奏。
1616年，四世达赖索南罗追被万历册封为普持金刚佛，五世达赖阿旺罗桑嘉措一度拒绝清朝正统地位，对顺治皇帝令其进京的圣旨置之不理，遥尊永历政权为正统，一直到1650年见事不可为，才正式归顺清朝。