从距今 ５０００ 年前后的新石器时代晚期起至距今 ４０００ 多年的夏王朝诞生前后的金石并用时代止，中国原始社会的母系氏族公社组织便逐渐被父系氏族公社组织所取代。
母系氏族公社向父系氏族公社的蜕变是社会生产力发展的必然结果，是原始农业、畜牧业和手工业等出现分工后男子逐渐占据生产主导地位的必然结果。父系氏族公社在组织上最显明的特点，便是在血缘组织纽带上改女系为男系，故从这种意义上说，母系氏族公社组织是父系氏族公社组织的基础，而父系氏族公社组织是母系氏族公社组织的蜕变与发展。父系氏族公社组织的基本单位是父系家族公社，或称家长制家庭公社和父系大家族。父系家族公社是父系氏族公社最基本的分子，父系氏族公社则是家族公社的汇拢或集合，即若干父系家族公社的总和构成了父系氏族公社和父系氏族社会。父系氏族公社或社会的明显标志或特点是：第一，男人占据生产和经济领域的主导地位，执掌氏族组织的最高权力，女子处在从属、辅助的地位；第二，世系按男系血缘计算，氏族男性成员的子女均留在本氏族内，女性成员的子女也不再属于母系的氏族，继承权移归男性；第三，婚姻从母系时期的较松弛的对偶婚逐渐演变成具有独占同居，稳定持久的一夫一妻制；第四，社会生产力水平空前提高，出现剩余劳动产品和分工、交换行为，出现贫富和私有制以及奴隶制的萌芽；第五，在男系氏族内公有共耕土地，同享劳动果实和产品；第六，崇拜男性祖先和出现以男性为主的丧葬习俗。
据考古发掘，陕西华县泉护村，西安客省庄龙山文化遗址和屈家岭文化遗址先后出土了陶祖（陶塑男性生殖器），齐家文化也发现有石祖。陶、石祖是原始时期的一种崇拜象征物，陶、石祖的出土，说明了崇拜男性祖先的习俗业已发生，从而进一步表明龙山文化、齐家文化时期已进入父系氏族社会阶段的问题。山东大汶口墓地的中、晚期墓葬，曾发现八座男女合葬墓，此类墓随葬品丰富，死者年岁相当，显然属夫妻关系，故被认为是一夫一妻制婚姻已经出现，父权制已经确立的重要例证。除此之外，属马家浜文化崧泽类型的浙江吴县草鞋山遗址，也发现两座男女成年合葬墓，墓葬亦明显表现出男尊女卑的倾向。甘青地区齐家文化发现的成年男女合葬墓，一般是一男一女，个别是一男二女，下葬时男子葬式均是仰身直肢，女子葬式均是侧身屈肢面向男子，死者的关系是夫妻，整个埋葬透露出一种尤为强烈的以男性为主的倾向，显然是一夫一妻制婚姻出现，父系氏族社会确立的直接表白。齐家文化发现的两座殉葬墓，均是一女性为一男性殉葬，则更是父权制时代男性对女性奴役的真实写照。另外，在其它地区考古文化中，也非常普遍地发现相当于中原龙山文化时期前后的墓葬，已出现明显的随葬品多寡不一或男尊女卑的现象。诸如此类的考古事实表明，中国父系氏族公社组织的发生可上溯到距今 ５０００ 年前后的山东大汶口文化中期，自此而后至距今 ４０００ 多年夏王朝诞生前后，实是父系氏族组织习俗的主要发展流行期。其中涉及的考古学文化主要有山东大汶口中、晚期文化，山东龙山文化，黄河中游（陕、晋、豫）龙山文化，豫北、河北地区龙山文化，甘青宁地区马厂、半山和齐家文化，长江流域屈家岭、青龙泉三期、马家浜、良渚文化，四川三星堆早期文化，江西山背文化，广东石峡文化，福建昙石山晚期文化，以及云南、广西、北方地区、西藏、港台等地的新石器晚期至金石并用时代文化。
父系氏族公社是由男系血缘构成的组织，社会生产、生活和政治的发展，使其原来大多呈散兵游勇式的各个独立的氏族组织，必然走向相近血缘或相邻地区的两个或两个以上氏族进行最原始的合并和联合，合并的结果便是产生氏族部落，产生以地缘为纽带的父系氏族农村公社。父系氏族部落或农村公社的进一步发展，以及私有制的膨胀，占有、攫取心的出现，掠夺和维护矛盾的激化，这样便产生了部落联盟，部落联盟易言之便是由有血缘关系的或相毗邻且利害关系一致的部落结成的部落联合组织。这种组织是原始社会时期规模最大的组织，组织的主要职能通常是联合进行袭击敌对部落或抗拒外来侵略者的军事行动，行动的决策由联盟中的各个部落联席民主议定，即实行军事民主制。
据发掘和研究成果表明，中国从公元前 ２０００ 多年的龙山文化时期始直到夏王朝建立止，社会组织的发展经历了父系血缘单独的公社组织、联合的部落或农村公社组织、联合的部落联盟或军事民主制公社组织等阶段。
关于部落联盟或军事民主制的父系公社组织，考古材料和文献资料都有较明显的表露，在考古发掘中，山西襄汾陶寺龙山文化晚期墓葬、山东泰安大汶口文化和浙江杭州湾地区的良渚文化等等墓葬，都毫不例外地发现贫富悬殊、优劣显明的随葬现象；河南龙山文化一些遗址中灰坑（窑穴）、房基和水井中发现的尸首分离，河北邯郸涧沟发现的乱葬坑和房址中的人头骨，齐家文化中发现的带奴役性质的人殉，以及龙山文化、良渚文化诸遗址发现的各种玉石、木皮质的鼓、磬、钺、琮等等随葬品，都是直接说明父系氏族部落联盟或军事民主制公社组织习俗存在和流行的重要证据。
中国古籍如《史记?五帝本纪》等有关黄帝、炎帝、共工、驩兜、三苗和尧、舜、禹等等传说，也明显是有关中国古代父系氏族部落联盟或军事民主制公社组织习俗的反映，尤其是尧、舜、禹禅让的传说，显然是对军事民主制习俗的一种绝好说明。
父系氏族部落联盟发展到夏禹时期，军事民主制的制度开始动摇并发生质变，从禹开始，原来的民主议事、民主推举部落联盟首领的传统习惯，蜕变为同一家族（庭）即家天下的世袭制度，从而为阶级社会的王位世袭制奠定了基础。考古发掘发现的龙山文化晚期城堡，便是这种家天下开始出现的一种写照。
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