怎么办,孟德尔随机化连锁不平衡跑不了!这里有本地连锁不平衡分析方法
大家都知道,孟德尔随机化很大程度依赖于国外的服务器。最近我们发现孟德尔随机化常用的TwoSampleMR包的clump函数经常报错,这是由于服务器访问人群超时造成的现象,当线上版本失效。pink link软件和data_maf0.01_rs_ref参考文件下载pink link软件:https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/data_maf0.01_rs_ref参考文件:https://github.com/MRCIEU/gwasvcf2)下载data_maf0.01_rs_ref参考文件第三步:读取数据后将数据框中的ID列和P值列进行保留将列名重新命名成rsid和pval,否则接下来的操作会报错注意:bfile上写的是之前下载的data_maf0.01_rs_ref的工作路径,设置完后再加一个data_maf0.01_rs_ref(代表文件夹里的三个文件)。同理,plink_bin上写的之前下载的plink工作路径,再在后面加上plink最后得到的文件就可以进行后续的孟德尔随机化分析啦~
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