《神农本草经》序录是中医药的纲领性目录，非常重要。
上药一百二十种为君，主养命以应天，无毒，多服，久服不伤人，欲轻身益气，不老延年者，本上经。
（上药百二十种之中，虽说久服不伤身，但某些上药仍不可久服或大量服用，如第一药丹砂，即朱砂，高温后可产生水银。）
中药一百二十种为臣，主养性以应人，无毒有毒，斟酌其宜，欲遏病补羸者，本中经。
（中药有的有毒，有的少毒，也就是说有侧性，是可以利用其偏性消除疾病、调养虚损羸弱的身体）
下药一百二十五种为佐使，主治病以应地，多毒，不可久服，欲除寒热邪气，破积聚，愈疾者，本下经。
（下药一般侧性大，有毒，就是利用其偏性来治疗疾病）
（上中下三药并无好坏之分，不要以为上药就一定比下药好，要看用在何处，三药只是功用不同而已。开创了药物分类的先河）
三品合三百六十五种，法三百六十五度。一度应一日，以成一岁，（倍其合七百三十名也。）
（掌禹锡曰：本草例，神农本经以朱书，《名医》别录以墨书，神农药三百六十五种，今此言倍其数，合七百三十名，是并《名医》别录副品而言也，则此下节别录之文也，当作墨书矣，盖传写浸久，朱墨错乱之所致耳。）
（此药物分类是按照日月星辰的运行为依据，与星相术数思想有关。这种分类方式有很多人为因素，只能算最初级的分类方法）
药有君臣佐使，以相宣摄合和，宜用一君、二臣、三佐、五使，又可一君、三臣、九佐使也。
（此乃中医药组方君，臣，佐，使的源头。其中“一君二臣三佐五使；又可一君三臣九佐使也”只是两种制方类型的例子，这是给后世留下一个制方思想。但是，事实上，如果学习经方就不必完全以君臣佐使的固定模式看待。有很方古方是不可能用君臣佐使来解释的。）
药有阴阳配合，子母兄弟，根茎花实，草石骨肉。有单行者；有相须者；有相使者；有相畏者；有相恶者；有相反者；有相杀者。凡此七情，合和视之，当用相须相使良者，勿用相恶相反者。若有毒宜制，可用相畏相杀者，不尔勿合用也。
（这里提出的中药配伍七情理论对后世影响深远，但《本经》未对七情作任何解释。它只揭示了中药配伍的一些规律）
药有酸、咸、甘、苦、辛五味，又有寒、热、温、凉四气及有毒无毒，阴干暴干，采造时月生熟，土地所出，真伪陈新，并各有法。
（药物有四气五味，和其它不同因素，就各自有不同的制作方法）
药性有宜丸者；宜散者；宜水煮者；宜酒浸者；宜膏煎者；亦有一物兼宜者；亦有不可入汤酒者；并随药性不得违越。
（丸，散，汤，酒，膏等剂型是都要根据它们的药性来制成）
欲疗病，先察其源，先候病机，五脏未虚，六腑未竭，血脉未乱，精神未散，服药必活；若病已成，可得半愈；病势已过，命将难全。
（每个时代都一些不治之证。治病时辨其证脉，五脏未虚，六腑未衰，血脉未乱，精神未散，服药后病当然可愈；如病已深入，只能治愈一半，甚至不治）
若用毒药疗病，先起如黍粟，病去即止，若不去倍之，不去十之，取去为度。
（这是用药的进退，如果用有毒的药物治疗疾病，开始先用小剂量，再看情况慢慢加大剂量，当然，如果发现出现不适，就把剂量减少。）
疗寒以热药，疗热以寒药；饮食不消以吐下药；鬼疰、蛊毒以毒药；痈肿疮瘤以疮药；风湿以风湿药。各随其所宜。
（寒者热之，热者寒之，见风使舵）
病在胸膈以上者，先食后服药，病在心腹以下者，先服药而后食，病在四肢、血脉者，宜空腹而在旦，病在骨髓者，宜饱满而在夜。
（服药空腹、饭前、饭后 有区别）
（这里举了一个例子就是按疾病所在部位，分饭前、饭后、清晨或睡前服药。另外，还有特定时间服药，日服药次数等等）
夫大病之主，有中风；伤寒；寒热；温疟；中恶；霍乱；大腹水肿；肠澼；下痢；大小便不通；贲豚；上气；咳逆；呕吐；黄疸；消渴；留饮；癖食；坚积症瘕惊邪；癫痫；鬼疰；喉痹；齿痛；耳聋；目盲；金疮；踒折；痈肿；恶疮；痔；瘘；瘿瘤；男子五劳七伤，虚乏羸瘦；女子带下、崩中、血闭、阴蚀；虫蛇蛊毒所伤。此大略宗兆，其间变动枝叶，各宜依端绪以取之。
（这里罗列了一大队常见病症，其中有些细节，就应该按照上面方法寻找相应的药材进行治疗。
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