或许，威尼斯人早就预感到这一天终会来临。经历了30年的大致和平，他们对奥斯曼的威胁难免有所放松警惕。自从1523年罗德岛陷落以来，富饶的塞浦路斯岛就成了威尼斯楔入奥斯曼海域的一枚钉子，它的位置如此重要，既令苏丹如鲠在喉，又让土耳其人垂涎不已。正如威尼斯有识之士所说：塞浦路斯已经快羊入虎口了。
如马耳他一样，塞浦路斯多年以来笼罩在诸多列强及圣战的阴影之下。从空中俯瞰，该岛宛如一只史前鱼龙遨游在东地中海之中。东南方的贝鲁特与它仅有60英里之隔，而北部安纳托利亚的群山几乎目视可见。塞浦路斯土地广袤，资源丰富，向来是兵家必争之地。历史上，波斯、亚述、腓尼基人都曾染指此地，而在拜占庭的长期统治之下，岛上希腊语居民也逐渐成为了东正教徒。阿拉伯帝国曾统治该岛近三个世纪，“收复”塞浦路斯也成为之后伊斯兰世界的一大夙愿。十字军东征时期，西方的基督教军队则把塞浦路斯作为重要的补给和集结基地。他们修建了不少天主教堂，并将其首府尼科西亚（Nicosia）打造为了一座多源文化汇集的国际都市，而东部港口法马古斯塔则是当时最富庶的城市之一。不过当1489年威尼斯夺取岛屿时，“圣战”的局势已经逆转，奥斯曼土耳其获取了东地中海的控制权。
（10,16世纪皮里雷斯绘制的塞浦路斯地图）
几乎从威尼斯占领塞浦路斯开始，它就处于奥斯曼的征服名单上。威尼斯采用重金贿赂苏丹及大维齐的方式，换取暂时苟安。虽然损失了大量金钱，其代价也远少于大动干戈，于是塞浦路斯的舰队便长期处于马放南山的状态。但这样的政策很难持续，并且缺乏后路。它坚定了伊斯坦布尔的信念：即威尼斯共和国已经变得懦弱，不愿轻起战端。
短期来看，这种绥靖政策还是有必要的。塞浦路斯源源不断地向宗主国输出财富：中部平原盛产谷物，南部海滨出产食盐，而岛上各地的农庄则种植着葡萄、糖与棉花，尤其是棉花，被称作“黄金作物”。因为商业利益，威尼斯牢牢掌控者塞浦路斯，但治理得如同克里特岛一样糟糕。威尼斯的繁荣，威尼斯杰出的建筑、艺术，皆仰仗于东方殖民地的商业船队。但这只是单向的贸易，威尼斯回馈殖民地的几乎是一片空白。当地的希腊裔农民受到层层盘剥，苦不堪言。他们的生活陷于水深火热之中。1508年造访塞浦路斯的旅行家马丁·冯·鲍姆加滕（Martin VonBaumgarten）如此写道：所有塞浦路斯本地居民均被威尼斯当局视作奴隶，他们每年要缴纳收入的三分之一作为赋税，并经常还要忍受额外的苛捐杂税，他们被剥削得如此凄惨以至于无论身心都处于一片贫瘠的状态中。1516年塞浦路斯总督计划通过缴纳赎金的方式令岛上两万六千农奴至少部分获得自由，但居然仅有一人能够凑齐50达卡特的赎金。而另一方面，威尼斯对待塞浦路斯有如之后不列颠对待澳大利亚一般，将大量罪犯及政治犯流放到此以便充实人口。最后的结果便是，岛上居民离心离德，缺乏对威尼斯的认同，他们不能也不愿，像马耳他人一样，奋起保卫自己的家园。甚至，还有一部分塞浦路斯人，心向土耳其，把苏丹当做自己的救星。1560年代，两位岛上居民便出现在伊斯坦布尔，向苏莱曼大帝陈情，表示塞浦路斯农夫们愿意箪食壶浆，迎接王师。威尼斯潜伏在奥斯曼首都的间谍急忙买通了苏库鲁大维齐，令他交出了这两个叛国之徒。虽然成功平息了事件，但这也打击了威尼斯人的信心。整个1560年代，塞浦路斯局势动荡不安，1562年的农民暴动，接踵而至的饥荒、瘟疫、地震，摧残着这个曾经富饶平静的岛屿，纵使1567年与奥斯曼人签署了和平协议，威尼斯依旧心怀惴惴。
与此同时，塞利姆一直将塞浦路斯视作最佳的战利品。早在1550年代，威尼斯人就被警告说，一旦塞利姆登基，必然会爆发与威尼斯的战争。10年后，出于朝政及战略因素，塞利姆越来越倾向于动手剔除这颗东地中海的掌中刺肉中钉。新苏丹渴望证明自己王位的正统性，而最佳的途径莫过于取得一场辉煌大胜。此时，苏丹的首席建筑师米马尔·希南正于埃尔迪内为他设计兴建一座富丽堂皇的清真寺，然而根据传统，这样的寺庙理应由来自异教徒的资金修造，这也促使苏丹去战场赢得荣誉。而他最初在东方的扩张终究无功而返，也不得不将注意力重新聚焦地中海。同时，威尼斯人也面临着自己的窘境：塞浦路斯位于麦加朝圣及通商埃及的要道上，但威尼斯的权威已开始衰落，基督教海盗开始在这一带肆虐。当1569年发生了基督教海盗洗劫从埃及通往伊斯坦布尔的奥斯曼船队事件后，塞利姆终于痛下决心，要一劳永逸地解决塞浦路斯问题。
不过，这样的决策也伴随着复杂的政治斗争。塞利姆的宠臣，帝师穆斯塔法及海军司令皮亚勒帕夏，均强烈要求领军出征以获得荣誉，其矛头直指大维齐苏库鲁，因为后者历来主张不要过分刺激西方国家以免构成一个反土耳其联盟。苏库鲁更倾向于同威尼斯人结盟，以便集中力量解决匈牙利及西班牙的威胁。原本这番谋略或许是有机会实现的，但在1569年9月13日，威尼斯兵工厂的火药作坊突然发生了爆炸事故，并引发火灾，损失惨重。奥斯曼帝国潜伏在威尼斯的间谍报告说，威尼斯的海军主力皆已灰飞烟灭（实际上这位间谍的情报大大有误，舰队只损失了四艘船只）。这样的喜讯鼓舞了苏丹身边的主战派。苏库鲁的异议未能奏效，面对心意已决的苏丹，他只能争取尽量用外交手段而不是战争，来得到塞浦路斯岛。
当威尼斯认为靠和约可以尽享太平时，奥斯曼的大穆夫提（大教长）却提出了宗教上的不同理解，即打破与异教徒签订的条约是合理合法的。况且他们发现，历史上阿拉伯帝国也曾领有塞浦路斯。因而夺取该岛便有了一份收复失地的意味，甚至增添了些许圣战的色彩。1570年3月28日，苏丹的密使库巴特(Kubat)来到威尼斯，向执政官递交了一份颇为强硬的最后通牒，要求共和国立刻自愿地交出塞浦路斯，否则天兵一到，生灵涂炭，寸草不留。威尼斯参议院表示不能屈服，于是战争便即将打响了。
1568年造访塞浦路斯的插曲证明土耳其人对此地早有图谋，目的便是掌控整个东地中海。苏库鲁帕夏早已布下了天罗地网，他成功与匈牙利和也门缔结了和平，并在欧洲诸国大行瓦解分化之举：在西班牙支援摩里斯科人作乱以捆住腓力手脚，与法王查理九世签署新的和约……威尼斯的外交官则极力向大维齐收买和平，在发现大量贿赂也无济于事后，最后关头，希望能延缓土耳其的进攻。但他们失败了。苏库鲁认为塞浦路斯对于威尼斯本土而言算得上鞭长莫及，何况欧洲各国还是一盘散沙。虽然潜在的新一轮十字军一直是历代苏丹心头梦魇，不过最近200年的经验告诉土耳其人，组织不善的十字军只是奥斯曼铁骑的手下败将而已。苏库鲁便认为孤立无援的威尼斯人会选择签署城下之盟。但苏库鲁的如意算盘打错了。1570年初，无人能预料到塞浦路斯的危局与西班牙的摩里斯科人叛乱，能产生如此复杂的化学反应。谁能想到具有弥赛亚气质的教皇庇护五世与奥地利的唐胡安能擦出火花呢？
甚至在苏丹送交最后通牒之前，威尼斯便已经开始在欧洲又一次倡导“神圣同盟”。3月10日，执政官委托驻马德里大使向腓力二世递交了一封略显做作的书信，信中大谈两国联合，共同应对异教徒威胁的前景。问题在于，人们很难相信威尼斯的诚意，即使它提出了“圣战”动议，但毕竟还在与大维齐做私下接触。一旦奥斯曼人解除了威胁，这些威尼斯商人必定会置基督教同盟于不顾转而和土耳其贸易。腓力对威尼斯在马耳他圣艾莫堡陷落时的表现尚记忆犹新，感到对援助威尼斯心存顾虑，甚至他觉得塞浦路斯被攻击也是西班牙的大好机会，可以趁此夺回突尼斯并称霸西地中海。
（11，16世纪后半叶繁荣的威尼斯）
但是人们偏偏忽略了教皇的作用。塞浦路斯的危机成为实现庇护五世魂牵梦绕的神圣联盟的绝佳机会。他立即以高昂的斗志投身到此项事业中来：命令教皇国为即将到来的战役准备战舰并拿出了巨额资金作为军费。他还派遣了西班牙神父路易斯·德·托雷斯面见腓力，力陈神圣联盟之必要性。苏库鲁帕夏本以为西班牙因摩里斯科人叛乱无暇脱身，但他失策了。
腓力二世原本对建立神圣联盟缺乏兴趣。他天性善于伪装掩饰,，从不轻易让人看透自己的真实想法。与塞利姆二世不同，他本人事必躬亲，重大决策一定要亲自过问并反复权衡。当然一个副作用便是决策通过显得拖沓缓慢。当时有俗语说：如果我们必须等待死亡降临的话，但愿它来自西班牙，因为我们将由此而永生。
当教皇特使托雷斯抵达西班牙的时候，情势看上去并不容乐观。摩里斯科人叛乱正如火如荼，腓力二世正在科尔多巴（Cordoba）亲自督战。西班牙举国上下同仇敌忾，陷入了宗教狂热之中，而对土耳其出兵干涉的忧虑一直萦绕在腓力脑海。在这种氛围下，国王看上去开始倾向于向土耳其摊牌以便从根本上解决国内动荡及西地中海的安全问题。恰逢此时，托雷斯带来了教皇的倡议，包括战争资金上的承诺，两天后，他得到了西班牙国王肯定的回复，但腓力特别要求神圣联盟的准备工作务必要秘密低调进行。在此期间，他下令给予教皇国及基督教友邦一切力所能及的援助。海军指挥官吉安·多里亚（Gian Andrea Doria，1539–1606，梅尔菲亲王，为著名海军将领安德里亚·多里亚之侄，1560年，随着老多里亚离世，他被西班牙国王腓力二世任命为海军上将，并继承了叔父的舰队，但旋即于突尼斯附近的杰尔巴岛被奥斯曼帝国海军上将皮亚勒击败，他终生都在为洗刷这次污名努力）被委任率一支舰队部署在南意大利。多年以来，地中海首次出现了团结一致的基督教力量，试图击退奥斯曼潮水般的扩张。
（12，吉安·多里亚）
这支联军主要由三股力量构成：教皇国、西班牙、威尼斯，也包括少量热那亚、马耳他骑士团（医院骑士团）等的部队。面对共同的威胁，他们彼此尽释前嫌，在教会提供的资金保障下，打造了一支强大舰队准备前去保护（解救）塞浦路斯。各方都委任了自己信赖的指挥官。威尼斯方面的领军人物是吉罗拉莫·扎内（Girolamo Zane），教皇则派遣马可·安东尼奥·科罗纳【Marc AntonioColonna，1535-1584，帕利亚诺及塔利亚科佐公爵（Dukeof Tagliacozzo and Duke and Prince of Paliano），作为一名经验丰富的意大利佣兵指挥官，他长期忠心忠心耿耿地效力于意大利的西班牙军队，后被册封为那不勒斯大元帅。他更多地是一名骑士和外交官，而非老道的海军将领，似乎担任教皇舰队的统帅有些许不合时宜。但他身为意大利人，却长期服务于西班牙宫廷，这双重身份有助于维持西班牙与教皇国的团结，也有益于腓力二世加入神圣联盟。】作为司令。然而，兵强马壮并不能掩盖联军的分歧。教皇国的动机是为了发动新一次十字军圣战，西班牙则希望确立西地中海霸权，而威尼斯仅仅想要守住自己的塞浦路斯殖民地。这些同床异梦的盟友能够聚集在一起依赖的是教皇的感召，但这种感召是不稳固的。腓力内心深处对帮助威尼斯人保卫塞浦路斯并无兴趣，他之所以答应很大程度是考虑到教皇提供的战争经费，虽然西班牙通过美洲殖民地得到充足的金银，但在尼德兰与伊比利亚半岛镇压叛乱也开支巨大，教皇的款项还是颇有吸引力的，更何况响应罗马的号召还能师出有名。不过骨子里他更倾向利用这次联盟的机会扫荡北非的奥斯曼势力，以便一雪杰尔巴岛的前耻。他不愿意孤注一掷，将费劲心血重建的舰队完全投入对奥斯曼海军主力的作战，因为一旦失利，会导致西班牙本土对北非的穆斯林海盗门户洞开。何况，威尼斯人向来名声不佳，如果战事不顺，颇有可能与苏丹单独媾和。而威尼斯方面则对热那亚人，尤其是热那亚多里亚家族抱有很深的成见，这番不信任在1538年普雷韦扎海战后，大大加深了（虽然海战的主力为威尼斯，但总司令却是代表查理五世的热那亚人安德里亚·多里亚，而他对失利的确应该承担部分指挥责任）。而不论西班牙还是威尼斯，对教皇选择科罗纳作为主帅都感到嗤之以鼻。腓力二世就曾经发给多里亚一道密令，表示虽然科罗纳贵为教皇代表，理论上应该遵从其号令，但实际上却可以阳奉阴违，便宜行事，甚至国王在最末还着重嘱咐多里亚要尽最大可能减少兵力损失，“因为国家需要舰队的地方还有很多”。多里亚的兄弟还与人打赌说未来一年不会有战事发生：“因为陛下嘱咐皇家舰队尽可能保存实力，不要与奥斯曼人接触。”这样两难的使命倒是与多里亚的身份相符：他既是联军中的一位海军将领，同时也是腓力的私人雇佣军。舰队中有12艘战舰属于腓力的私人财产，多里亚不愿意用它们冒险也合乎情理。
（13，教皇舰队司令可·安东尼奥·科罗纳）
尽管彼此有诸多罅隙，但这支舰队还是如期建立了。虽然有些跌跌撞撞、步履蹒跚，但毕竟有了良好的开端。威尼斯人已经整整三十年未经历大规模海战，于是开始全力整军备战。他们以惊人的速度打造战船。截止6月，工厂共完成了11艘大型战船与127艘小型战船。但是寻觅足够合格的海员依然是个问题，威尼斯指挥官也深受人力短缺之苦，而当他在扎拉（Zara）等候与唐胡安和科罗纳会师之时，部队爆发了斑疹伤寒，造成重大人员损失。他在该地足足驻留了两月等待下一步指示，随后移师科孚岛（Corfu），但情况仍未改观。新招募的大批希腊裔划桨手也纷纷病倒，部队士气到了最低点。恼怒于盟军的姗姗来迟，6月下旬威尼斯参议院命令扎内率领他精疲力竭的舰队转移至克里特岛。
与此同时，多里亚正在意大利南部艰苦地召集兵力并等待腓力国王最终的指示。直到此刻，腓力二世还对将西班牙海军加入威尼斯舰队有些举棋不定，而仅仅要求多里亚在意大利南部“待命”。后来多里亚曾对自己岳父谈过这一段煎熬的时光：“国王希望我能自行揣摩圣意，但我阅读他的来信越多，便越感到心中茫然无措。我别无选择，只能一步步缓慢前进。”在奥特朗托（Otranto），他拜会了正感到疑窦丛生的教皇舰队司令科罗纳（已原地待命了15天），并直言不讳地告诉他因为国王下达的首要任务是保存皇家舰队实力，因此他最多只能在联合舰队服役到9月末。最终二人决定于8月22日在克里特岛与威尼斯人共同协商下一步计划，但这已经太迟了。
奥斯曼人的战争机器早已悄然启动。四月下旬，皮亚勒帕夏率领80艘桨帆战船驶离伊斯坦布尔，二十天后启程的是陆军司令穆斯塔法；骑兵部队与禁卫军则前往距塞浦路斯150英里的安纳托利亚市镇菲尼凯（Finike）集结。至6月20日，已有高达6万至8万的土耳其军队于塞浦路斯利马索尔（Limassol）登陆。
这场跨海围攻与当年的马耳他大围攻如出一辙，只是规模更大。土耳其军有两个主要目标——塞浦路斯首府尼科西亚及东部港口城市法马古斯塔（绰号“塞浦路斯之眼”）。威尼斯守军主将巴格莱昂（Astorre Baglione）预计土耳其军将会主攻法马古斯塔，这也是皮亚勒帕夏的计划，不过他希望给予守军一个投诚的机会，然而穆斯塔法表示反对。他考虑到在马耳他围攻中姆迪纳（Mdina，当时的马耳他首府）的前车之鉴，主张必须攻下塞浦路斯首府尼科西亚以免除后顾之忧。由于穆斯塔法帝师的特殊身份，加上他一贯火爆倔强的性格，他的建议被通过了。于是土耳其军主力首先向尼科西亚开拔。
威尼斯人倒不乏远见，提前强化了尼科西亚的城防。这座城市位于塞浦路斯中心地带的平原上，原本易攻难守。但在整个1560年代，威尼斯人拆除了城中大量历史名胜与教堂（包括著名的圣多米尼克修道院），驱逐了数千人口，大兴土木，加强防御工事。最终他们按照意大利军事科技，为尼科西亚打造了周长三英里，堪称完美的星形要塞。尽管它也有个别短板（例如部分棱堡仅由草木覆盖而非石材），但按照军事专家的眼光，已经算得上那个时代最好、最有效的城防工事之一。1570年夏天，城中储备了长达两年的补给，按理说足以抵御长期的围攻。
（14，尼科西亚的城防）
问题是，这样漫长的防线理论上需要至少2万兵力才能固若金汤，而尼科西亚全城总共不过56000人口，适合作战的壮丁仅有12000（其中很多都是缺乏训练的希腊人）。虽然守军不乏勇气，但他们既缺少武器弹药盔甲，也欠缺基本的作战技能，甚至发射火器都会点燃胡须。雪上加霜的是，岛上最优秀的将领巴格莱昂正在法马古斯塔，于是防御首府的重任就不得不落在总督尼古拉斯·丹多洛（NicolasDandolo）肩上。此人谨小慎微、妒忌贤能而且胸无点墨，整个围攻期间，他的倒行逆施令部下的英勇抵抗前功尽弃。穆斯塔法帕夏刚刚登陆时，曾有部下建议对土军滩头部队发起逆袭，但被丹多洛一口回绝，连奥斯曼人也感到迷惑不解。大厦将倾之际，原本威尼斯政府同意解放岛上全部希腊农奴以笼络民心，但丹多洛居然抗命不从，使不少岛民投向土耳其人。当时的历史学家也不得不承认：只有迎来穆斯塔法帕夏之际，希腊农奴才第一次尝到自由滋味。分化塞浦路斯希腊人与威尼斯人甚至用不着穆斯塔法亲自出马。当威尼斯总督听说勒夫卡拉（Lefkara）村民向土耳其人投降之后，他的反应居然是派出军队大肆屠杀当地平民。也难怪当尼科西亚被围困得水泄不通，丹多洛向周边市镇求援时，会无人响应了。
当穆斯塔法的部队整顿停当，团团围住尼科西亚后，丹多洛一面禁止部下突围，一面囤积火药，期望固守待援，这却几乎将部队置于消极死守的境地。原本因为天主教、东正教的区别以及贫富悬殊，威尼斯人与希腊人早有裂痕，围城期间，这道裂痕反而加深了。除了个别教士，几乎没有威尼斯富人愿意出资劳军；而那些威尼斯军官，竟然像是朝九晚五一般，日暮时分别扔下士兵回到自己豪宅中，人们也就无法苛责前线将士会怨声载道、士气低落了。8月15日丹多洛终于发动了一次逆袭，但进攻打得毫无章法，很快被土耳其人挫败。奥斯曼军队累计携带了超过80门大炮，炮击日夜不停。同时挖掘了Z形战壕挺进至距离城墙150米处，强大的火力让守军不敢抬头。城南四座棱堡被摧毁。但土耳其人尚不能突入城区。于是在8月末，穆斯塔法提出招降，表示只要守军放下武器，可以保证其人身与财产安全。但威尼斯人出于自尊心，断然予以拒绝，但部分下层民众未必有如此情操，丹多洛甚至不得不增加私人卫队数量以防被愤怒的民众攻击。
当尼科西亚的围城进入最后阶段之时，守军望眼欲穿的基督教联合舰队还在相互猜疑、扯皮之中。晚至8月30日，教皇舰队与西班牙舰队才在克里特岛会师并开始商谈援助方案，而当地的威尼斯人因为瘟疫流行，据说损失了超过2万人口，只能拼凑出一支武装勉强保卫岛屿。基督教舰队的实力不容小觑，战舰总计已达205艘，与他们对峙的奥斯曼舰队则仅有150艘。假如他们一鼓作气果断出击，或许真能够及时驰援尼科西亚。但他们却将时间浪费在争吵上。9月1日，科罗纳邀请威尼斯与西班牙方面指挥官到他的旗舰会晤，这次会议居然持续了整整13天。多里亚抱怨威尼斯人暗藏私心，而威尼斯人就指责多里亚畏敌如虎，只想保存实力。科罗纳竭尽全力从中调和，终于三方达成了共识：舰队于9月17号启程进攻奥斯曼控制下的罗德岛，以便分散围攻塞浦路斯的兵力。
皮亚勒帕夏原本正惴惴不安地等待迎击传说中的基督教援军，但很快，他部署在克里特岛的眼线告诉他一则梦寐以求的喜讯：基督教指挥官正陷于争吵当中，无心立刻采取行动。皮亚勒便果断地从舰队中抽调了近2万兵力前去支援穆斯塔法的总攻。而总攻的日期定在这个月9日，此时的基督教指挥官们还在科罗纳的旗舰上慷慨陈词。
1570年9月9日，尼科西亚的末日到来了。经过45天激战，守军已是强弩之末。土耳其人同时从四个方向发起攻击，第一波攻势之后，希腊裔民兵便做鸟兽散了。只剩下精锐的威尼斯将士还在绝望地抵抗。尸体塞满了城墙的豁口，威尼斯人一个个倒下。一些棱堡的炮手在战事最惨烈的时候发现弹药已经用尽，而储备的弹药居然还被丹多洛封锁在仓库中，情急之下他们将满腔的怒火发泄到总督身上，但战场里却不见丹多洛的身影，因为他已经抛弃前线的战士退回到自己的总督府中。
城墙被突破，威尼斯人仍顽强抵抗，转入巷战。但有组织的防御已经土崩瓦解。他们依赖抵抗的建筑一一被土耳其人摧毁，大批市民不论老幼妇孺，被残杀在街区里，甚至教堂的神父也不能幸免。最后的威尼斯士兵聚拢在市中心广场的总督府一带困兽犹斗。此时他们比土耳其人更欲手刃丹多洛而后快。一位名叫佩萨罗（Andrea Pesaro）的贵族带兵四处寻找丹多洛的身影，嘴里念念有词：“我早知道，我们当中出了叛徒！”但他却不幸地被总督卫队砍倒了。丹多洛此时绝望地企图组织体面的投降，但杀红眼的土耳其人连放下武器的士兵都不放过。战线一尺一尺推进。最后，在总督府抵抗的威尼斯士兵也被潮水般的土耳其军吞噬。丹多洛穿上他深红色天鹅绒长袍，希望能被作为大人物而幸免于难，但他还是难逃一死被砍下首级。总督府的圣马可旗陨落了，代之的是飘扬的星月旗帜。
枪炮声停歇了，但屠杀还在继续。土耳其人疯狂地展开了报复与劫掠，甚至竞相劈开威尼斯妇孺的头颅来证明自己刀剑的锋利。教堂被毁，坟墓被掘，杀戮持续了三天，据说仅城破当天，殒命的市民就有2万之多。幸存者大多被贩卖为奴，貌美者由穆斯塔法帕夏挑选，送入了伊斯坦布尔的苏丹后宫。
大获全胜的穆斯塔法没有忘记岛上最后两座设防城市基里尼亚（Kyrenia）与法马古斯塔。他派出一名俘获的威尼斯将领前往基里尼亚劝降，随行的还有两百颗威尼斯的人头。送给法马古斯塔总督布拉加蒂诺（Antonio Bragadino）的劝降书更别致一些，是盛在盘中的丹多洛首级……
9月21日，当基督教联合舰队正在奥斯曼海岸线附近躲避暴风时，斥候船带来了令他们震惊的消息：尼科西亚沦陷了。第二天经过冗长的会议，大多数指挥官都强烈要求撤退，威尼斯指挥官扎内也被迫让步。于是这支庞大舰队未发一弹便踏上了归途。多里亚谨记腓力二世的嘱托，脱离整支舰队，一马当先，这方面他确有先见之明，因为稍后神圣舰队便遭遇了风暴，共失去13艘战舰，而多里亚无一损失。接踵而至的还有斑疹伤寒和暴风雨，当舰队跌跌撞撞返回基地时，教皇国与西班牙都认为对方应为惨败负责。如果说教皇仅仅是痛心疾首的话，威尼斯共和国则可以用晴天霹雳来形容。他们甚至将舰队指挥官扎内投入了大狱。而腓力二世却反其道行之，为多里亚晋升了军衔。
回到塞浦路斯，基里尼亚在知悉土耳其的投降要求后，稍作犹豫，便打开了城门。此时威尼斯在岛上的势力仅剩法马古斯塔一座孤城，但总督布拉加蒂诺目睹奥斯曼人的暴行，豪气干云地回答说，我收到了尼科西亚总督的首级，也知道你们的来意，但我要告诉你们，即使攻下了尼科西亚，即使你们自以为得到神灵眷顾，你们也终将对试图侵犯法马古斯塔追悔莫及。
于是在这一年九月底，苏丹的大军包围了法马古斯塔。虽然缺乏尼科西亚那样坚固的城防，但布拉加蒂诺、巴格莱昂率领下的近7000守军却让土耳其人吃尽了苦头。奥斯曼大军连续两次强攻均被击退，且伤亡惨重，于是穆斯塔法帕夏安排部分精疲力竭的部队回国过冬，转而对该港进行长期围困。直到1571年春天，从叙利亚及小亚细亚调来大批生力军后，才又发动攻势。据说土耳其军规模达到了惊人的8万之众，他们在城外挖掘了复杂的攻城壕沟，不仅重炮可以从中发射，甚至骑兵也可以在沟内驰骋，而一天发射的炮弹居然达5000发之多。在这毁灭性的火力之下，大段法马古斯塔城墙化为瓦砾。但巴格莱昂尽一切可能组织人力，每每在千钧一发之际修复了城防，并发动逆袭逐出小股入侵者。威尼斯人也不断用火炮还击，但苦于弹药补给的限制，一天最多只能发射三十发炮弹。
（15，被土耳其围攻中的法马古斯塔）
7月7日，随着大批弹药的运抵，土耳其人的总攻开始了。至7月29日，土耳其舰队也前来增援，从海上进行了连续三天的炮击。据说仅7月9日一天，便炸死了守城者3000余人（土耳其方面则伤亡5000）。8月1日，经历了接近一年的围攻，城内威尼斯人已经弹尽粮绝，马、驴甚至猫狗都已作为军粮吃光。兵力降至不足1000，火枪堪用者仅余7支，而援军迟迟不见踪影。出于对城内居民的身家性命考虑，无论如何也不能再坚持下去了。经过几位首领的商议，法马古斯塔城头升起了一面白旗。穆斯塔法也正为久攻不下愁肠百结，不禁大喜过望，欣然接受了守军的投降条件：给予威尼斯军队军事荣誉，允许其携带少量武器和家属体面撤退至克里特岛。保证岛上希腊居民安全，两年内准许他们自由迁徙。于是在这一天，威尼斯对塞浦路斯长达82年的统治正式终结了。虽然不无遗憾，但守军也算得上问心无愧，如果能顺利撤退到克里特，联想到基督教舰队实力尚存，或许未来还有东山再起复仇的机会。
然而，穆斯塔法不是苏库鲁帕夏。大维齐颇有国际政治眼光，处事讲究拿捏分寸；而穆斯塔法更像一介武夫，生性暴躁冲动。虽然已经达成投降协议，但经历苦战的土耳其将士普遍对“厚待”威尼斯战俘心怀不满。穆斯塔法本人因久攻不下，也承受了苏丹施加的巨大压力，对让这些死敌全身而退也开始感到恼火和后悔，于是便想出了一个恶毒的报复计划。
8月2日，土耳其人向城内送去了奇缺的食物，4艘运输船停在港内，做出了运送士兵前往克里特的姿态。3天后，大部分威尼斯守军已经上船，布拉加蒂诺向穆斯塔法抱怨超载严重，后者顺势要求与他会面协商此事。当布拉加蒂诺与大约50名部下来到穆斯塔法大营时，他们被卫兵要求解除武器，而当他步入穆斯塔法的帐篷，帕夏就以莫须有的罪名指控威尼斯人杀死了5位土耳其战俘，并不加分说地将他们五花大绑（土耳其方面的记载说，协议被破坏是因为布拉加蒂诺拒绝提供贵族人质及杀死了几名奥斯曼战俘）。布拉加蒂诺被当场割掉了耳鼻，穆斯塔法还挑衅地质问他：“基督现在何处？怎么不来救你？”已经上船的威尼斯士兵都成了待宰羔羊，全部被处决。而布拉加蒂诺则成为土耳其人泄愤的目标，被一名犹太刽子手活活剥皮，然后经盐和醋处理风干，填满干草，作为特殊的战利品由穆斯塔法送往伊斯坦布尔。多年后布拉加蒂诺的人皮才被基督教义士盗回塞浦路斯安葬（现存于塞浦路斯博物馆）。
（16，布拉加蒂诺遭受土耳其人酷刑）
无论当初穆斯塔法是出于何种考虑，这种乖戾残暴之举其效果只会适得其反。被处决的俘虏虽然只有数百名，但不少都是威尼斯名门之后，由此奥斯曼帝国便与诸多共和国显贵结下了血海深仇。而如此公然的背信弃义更是给威尼斯政府敲响了一记警钟，原本共和国还心存幻想，希望能与土耳其私下媾和，但现在已经被逼到墙角，无路可退了。
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