13世纪随着成吉思汗西征,1218年蒙古人攻灭西辽政权,蒙古人开始了对中亚和新疆的控制。1227年察合台汗国建立,汗国包括今日的中亚五国地区、伊朗北部及新疆西部,相当于西辽的版图。察合台汗国曾与德里苏丹国开战与掠夺阿富汗。1314年以后,汗国开始分裂为东、西两部。
东部以阿力麻里为中心,包括喀什、吐鲁番一带;西部以撒马尔罕为中心,统治河中地区。元末,东察合台(也称“别失八里国”)汗秃黑鲁帖术儿皈依伊斯兰教,他是第一个信奉伊斯兰教的蒙古大汗,他用强制手段迫使天山以北16万蒙古人改信伊斯兰教,伊斯兰教在新疆占据主导地位。在西察合台汗国的基础上,1369年帖木儿建立了帖木儿帝国(1370年—1507年),1393年蒙古人建立的伊儿汗国也被帖木儿帝国征服。
此后,帖木儿帝国控制着包括中亚在内的广大地域,东察合台汗国则统治着新疆的部分区域。东察合台汗国1514年被叶尔羌汗国取代,1680年被准噶尔蒙古灭亡,1757年清帝国又消灭了准噶尔汗国。
帖木儿帝国的首都为撒马尔罕,后迁都赫拉特(Herat,又译哈烈、黑拉特)。鼎盛时期其疆域包括今天格鲁吉亚一直到印度的西亚、中亚、和南亚,1507年亡于突厥的乌兹别克部落。帖木儿还于1389~1395年间多次进攻金帐汗国,妄图再次建立蒙古人的统一的大帝国,未果。后来,帖木儿帝国也发生分裂,主要分为以河中地区和以呼罗珊为中心的两部分。
1500年,成吉思汗长子的术赤的后裔昔班尼汗率领乌兹别克游牧部落攻占布哈拉和撒马尔罕,建立乌兹别克汗国。1501年,乌兹别克人灭河中帖木儿朝,1507年5月,灭呼罗珊帖木儿王朝。河中地区形成由乌兹别克人建立的中亚诸汗国。帖木儿的五世孙巴布尔以费尔干纳为根据地力图复辟,失败后进入印度,于1526年建立了莫卧儿帝国(1526~1857年)
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