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山本五十六在日本海军中历任重要职位，进行了多项重大变更与改革，尤其是亲手组建了日本海军航空兵部队。在太平洋战争早期担任日本海军联合舰队司令长官并策划或指挥了数次战役，例如珍珠港事件以及中途岛战役。
山本认为，就日本国力而言，打一场同世界强国之间的战争，条件还不成熟。如果非打不可，那么绝不能依靠巨舰大炮与之海上决战，唯一可以扼制敌人的办法就是依靠飞机进行打击。如果具有强大优势的美国海军横渡大洋攻击日本，日本海军可以使用一种大型的远程路基机对之进行轰炸阻拦，不断削弱其力量。当他们到达日本近海时，力量就被削弱到与日本舰队差不多，甚至劣于日本舰队，此时再出动联合舰队与美海军进行舰队对决的胜算就会更大。此时山本的构想其实是对日本海军几十年来所研究的渐减邀击作战进行完善。
发展时期的旧日本海军一直是马汉海权理论的信徒，并据此从1907年开始制定了一个渐减邀击作战即所谓的九段作战：在美国海军舰队横跨太平洋过程中不断将其削弱，在最初的版本中，最后由日本海军主力在小笠原群島和本土近海的一次“决战”中，以战列舰对战列舰的传统战列炮击战法将美国海军全数消灭。一战结束后发展为在马里亚纳群岛与琉球群岛之间进行舰队决战。
随着时代的发展，日本海军对美渐减邀击作战纲领也经历了数十年的修改。到了开战之前，已经发展成为，以潜艇，路基战机，舰载战机，水雷战队，巡洋舰夜战队等部队在太平洋上层层消耗来攻美国舰队兵力，最后再以战列舰群与其剩余力量做最后的决战，作战地点更是推进到了以马绍尔群岛到加罗林群岛作为消耗战场，以特鲁克岛为中心的海域作为决战海域。在数十年不断地对九段作战纲领的完善过程中，日本海军的装备，训练，造舰计划都是围绕这个作战方式为前提而发展。
除了偷袭珍珠港的成果，1941年12月10日的马来亚海战也证明了山本五十六发展海军航空兵，尤其是路基航空兵部队的决断是正确的。是役，日本海军岸基航空兵击沉英国海军威尔士亲王号战列舰，反击号战列巡洋舰，致使英国海军阵亡840人，而自身只损失六架飞机，阵亡18人，取得了一边倒的决定性胜利，将英国势力挤出了东南亚，同时也宣告了大炮巨舰主义已经过时，掌握空中优势对打赢未来的海战至关重要。马来亚海战不同于空袭塔兰托与偷袭珍珠港，这是一场一方仅凭空中力量用微弱的损失单独消灭敌方机动航行主力舰的作战。只可惜此时的日本海军依然没有结束舰队派与航空派的纷争，战列舰依然是舰队对决的主力，未来的太平洋海面上将会重复多次再现类似的场面，只不过挨炸的一方换成了日本海军。在接连不断的捷报中，大和号开始服役，武藏号结束舾装，航母机动部队仍只不过是用来消耗敌方兵力的马前卒，直到中途岛战役的惨败方才震醒日本海军，虽然仿佛一夜之间人人都成为了航空派，但此时一切都晚了，弱小的国力与贫瘠的资源终究成为日本军国主义终将失败的根源。
偷袭珍珠港:
1938年的张鼓峰战役和1939年的诺门罕战役惨败让陆军放弃了以苏联为敌国的北进战略，而海军所坚持的进攻南洋群岛，以美国为敌国的南进战略重新得到了统帅部的支持。
另一方面，自卢沟桥事变起，日军全面发动侵华战争，严重侵害了美国在华的经济、政治利益。但是，由于美国国内孤立主义思想非常严重，加上军事力量不足，美国尽量避免与日本发生冲突，不惜牺牲中国来缓和与日本的矛盾。1939年2月、3月，日军相继占领海南岛和南沙群岛，控制了南中国海的制空、制海权，直接威胁到了美属菲律宾的安全，作为反应，美国便于1939年7月26日宣布1940年1月26日到期的《美日通商条约》将不再续约，由于美国出口日本的石油占日本进口石油的90.8%，这一条约的终止意味着将断绝对日本的石油供应。
1941年4月，日苏签署《日苏中立条约》。这意味着，从此开始日军将集中全力执行南进战略。随着陆军势力上台，本来就存在的陆海军矛盾更加激化，与陆军在中国战场上的“硕果累累”相比，天天窝在家里的海军实在没什么面子。但陆军终究不是压垮骡子的最后一根稻草，对付陆军海军从来都有一套，在226兵变中甚至差点使用长门号的大炮轰击陆军阵地。最关键的两个原因是：当时大量日本激进分子强烈呼吁对美开战，甚至试图发动政变。海军认为：如果类似226的政变再次发生，成功概率会相当大。一旦让这些激进分子来管理海军，以他们的水平对美开战，日本必败。所以如果一定会发生战争，那么一定要在有胜算的时候发动，这样也能避免发生流血政变。第二个原因也是最重要的原因是，美国对日本石油禁运后，日本国内的原油储备只够海军使用半年，这意味着拿不下南洋群岛的油田，日本海军将彻底瘫痪，这才是对日本来说最可怕的后果。
此时的日本海军，以军令部为代表，态度逐渐从一开始反对对美开战，逐渐来了一个180度的大转弯，转向为支持陆军的开战企图。因为不开战也是死，开战也是死，还不如趁着胜算大的时候奋力一搏，还能有一线生机。
旧日本海军有三大机构：海军省，军令部与联合舰队。海军省负责管理人事，联合舰队负责执行作战任务，而真正大权在握，制定战略，掌握国家生死的部门是军令部，类似于陆军的参谋本部。军令部下发的命令不可违背，山本接受了战争不可避免的事实，制定了一个偷袭珍珠港、全歼美国太平洋舰队并同时夺取东南亚的石油及橡胶产地的速胜计划。
随着战争的逼近，山本又将注意力转向对海军战略战术的改进，但效果仍旧有争议。在能力出众的青年军官如源田实的启发下，山本将日本海军航舰分散编队的建制改编为第一航空舰队，一支囊括日本海军六艘大型舰队航舰的混合部队。这次改编使部队具备了强大的进攻能力，但同时也将所有宝贵的舰队航舰集中为一个容易攻击的目标，这些优势与劣势都将在战争中获得充分体现。
1941年1月，山本又进一步彻底地改进了日本海军的战略思路。对于九段作战，山本敏锐地指出这种计划即使是在日本自己的兵棋推演中也从未成功过，并指出美国真正的战略优势在于国内生产能力的强大。山本建议与其冀望于先削弱再决战的防御性计划，倒不如主动进攻，一口气将决战海面推进到夏威夷。山本期待如果能在战争的初期便重创美军，也许就能促使后者坐到谈判桌边早早求和。
海军参谋本部对山本的奇袭计划缺乏热情，导致山本不得不利用他在海军内部的声望，以辞职要挟。永野修身海相和海军参谋本部被迫答应了山本的要求，不过只允许山本发动偷袭珍珠港。日军期待这次打击能给他们赢得至少六个月的战略优势，在没有美国海军阻挠的情况下进攻荷属东印度的资源产地。
奇袭珍珠港计划与日本海军钻研30余年的九段作战大相径庭，我们应该从战略的转折点来看这两种作战的差别。大致上来说，渐减邀击作战可谓防御作战的极至，而珍珠港奇袭作战则可谓攻击作战之极至。渐减邀击作战的中心思想是利用防守方的地利之便，次次消耗实力强大的敌军，然后再以主力与之一决胜负﹔而珍珠港攻击的想法则是注重于在开战之初即给予敌军强烈攻击，使其战力在一瞬间瓦解，更希望能以此对其士气给予强烈打击。
相对于珍珠港空袭取得了前所未有过的战果，后人多此事件中的众多谜团和影响更为关注。
珍珠港是否是美国人的苦肉计？
美国海军的航母为什么不在港内？
南云忠一为何放弃第三波空袭计划？
珍珠港作战最终是以偷袭的方式成为著名的历史事件，这本不是日本政府所期待的结果。他们用尽各种方法避免美国人因为被人无耻地偷袭而恼羞成怒，但最终却因为驻美大使馆翻译并向美国政府提交最后通牒的时间晚于珍珠港上空此起彼伏的爆炸声而史无前例地彻底激怒了一个沉睡中的巨人。即使最后通牒按时交到了美国人的手上，珍珠港事件也会在一个小时后爆发，名义上的宣战依然洗刷不了实为偷袭的卑鄙行为，这是日本人惯用的伎俩，我们不得不保持警惕。
三艘美国航母侥幸躲过来日本人的轰炸，成为了太平洋上唯一可以抵御日本海军进攻的中坚力量。从空袭东京，到珊瑚海海战，从中途岛海战，到南太平洋海战。这些珍珠港的幸运儿一次又一次与强大的日本海军进行残酷的较量，窘迫的时候甚至沦落到整个太平洋上只剩下一艘美国航母单挑整个联合舰队。但是很快，山本五十六所担心点事情成为了现实，美国的战争机器全力开动了！
中途岛：
珍珠港一役歼灭了大量美军舰艇后，山本的联合舰队转而参加大本营策划的战略计划。机动部队在太平洋上与印度洋上大兜圈子，攻击了美国、英国、荷兰、澳大利亚等国的大量目标。
日军更是通过以“爪哇海海战”为代表的一系列两栖登陆或水面舰艇交战，将滞留在荷属东印度的美国、英国、荷兰及澳大利亚残余部队一扫而空。日本人的目的达到了，得到了梦寐以求的东南亚重要资源产地。整个日本欢欣鼓舞，一个弹丸小国在短短四个月内成为了地球上屈指可数的一霸，怎能不让他们的国民更加激进和狂妄呢。此时的山本五十六从之前被人骂的国贼转瞬成为了全体国民心中的“军神”，联合舰队全体上下也充满了浮躁轻飘的气氛。在一片赞扬声和欢呼声中，山本五十六的心态想必也或多或少受到了很大影响，中途岛计划的一意孤行，可以反映出他当时的心态。
在以超乎想象的效率和极小的损失达成了所有初步战略目标后，日军停止行动以考虑进一步的计划。既然英国和美国都没有谈判的意图，日军开始着重守卫已经到手的占领区，并着眼于进一步进攻以便胁迫一个或更多敌国单独停战。
在这个阶段各类战略计划纷纷涌现，包括向西进攻印度，向南进攻澳大利亚，或向东进攻美国。山本则反复提出应当再次向东与美国海军进行决定性战役，将后者完全消灭。较为保守的海军参谋本部并未支持山本的意见。
正在辩论不可开交之际，东京和周边城市遭到杜立特空袭，使参谋军官们意识到了美军航舰对日本的严重威胁，迅速倒向山本一方。海军参谋本部授权山本紧接在珊瑚海海战后发动中途岛战役，与此同时夺取阿留申群岛的作战也同步进行。
珊瑚海海战是美日之间进行的第一次，也是历史上首次航母之间的对决，对中途岛战役的影响至关重要。日本海军新型航母翔鹤遭受重创，迫使其回国修理。翔鹤与瑞鹤号航母所属的俯冲轰炸机及鱼雷轰炸机损失惨重，这些损失使无伤的瑞鹤也只能一味等待后备的飞行队准备就绪而无法参加中途岛战役。由此偷袭珍珠港时的六艘航母，如今只有四艘能参加中途岛战役。假如双鹤能够参加，或者机动部队能够增添两条轻型航母，那么中途岛海战时，机动部队上空的空中护卫力量都会得到提升，即使同样损失四艘航母的情况下，也会对美国航母编队造成更大的打击，甚至依然可以实现全歼美军航母的目的。而阿留申群岛的作战则更是无用之举，山本五十六的分兵策略看似十分愚蠢，但也是无奈之举，毕竟为了中途岛战役得到批准，他用阿留申群岛作战与军令部达成了一项交易。
中途岛作战计划很快被军令部批准，兵棋推演也是草草结束，结果自然是日本大胜，所有质疑与反对的声音都被山本压了下来，中途岛一战看似势在必得。此时的联合舰队已经膨胀到了极点，原本是一次珍珠港式的绝密计划，却被美军破译了电码，海军里也是自上而下大量泄密，就连军港附近的妓女都知道联合舰队下一步的进攻目标是中途岛。
最终随着日本人常说的命运五分钟的到来，联合舰队以损失四艘大型航母，330余架飞机，一百余名优秀飞行员的代价获得了惨败。而此次行动，山本作为司令长官，率领联合舰队几乎全部主力作为接应部队，出动600多艘军舰耗费了半年的储备原油，只进行了一次海上“旅游”，对前方南云部队丝毫没有任何帮助作用。太平洋战争迎来了转折点，胜利的天平开始向美军倾斜。
瓜岛消耗战：
1942年8月美国海军陆战队突袭瓜岛并将该处的日军击溃，由此引发了一场持续到1943年2月的长期消耗战，将日本拖得苦不堪言。
为避免影响联合舰队的士气，山本并未辞去指挥职务，而是降级以示处分。但是由于中途岛战役的失败，海军参谋本部再也不愿接受他那些赌博式的进攻构想。
山本指挥联合舰队实施了几次迟滞美军行动的作战，但造成的损失却是他难以承担的。在9、10月间，为支援在瓜岛作战的陆军部队，爆发了两场由山本亲自指挥的航舰交战：东所罗门海战和圣克鲁斯群岛战役，并在11月爆发了一连两次被称为瓜达尔卡纳尔海战的惨烈夜战。由于陆军无法顺利达成目标，每次作战计划都遭到扰乱。山本指挥联合舰队对美军造成了严重的损失，但他所期待的决定性战役则一直没有发生。结果，日本海军航空兵的精锐被逐渐消耗殆尽
在瓜岛消耗战中日军海航机组损失惨重，中途岛之战仅存的精锐也几乎消耗殆尽。而在受到良好训练的补充飞行员这方面日军无法与美军抗衡，无论是陆基还是舰载飞行员的素质都在下降。同时，在为岛上陆军进行补给的“东京快车”行动中又丧失了大量的驱逐舰令日军商船队的护航力量进一步削弱。1943年2月瓜岛被美军完全占领，日本海军再无多余力量在所罗门群岛发动大规模行动。山本将争夺制空权的任务从伤亡殆尽的航母航空队转到陆基海军航空兵部队身上。
战死：
在瓜岛战役失败后，山本决定前往南太平洋前线视察以便鼓舞士气。美军情报部队成功破译出山本的出行电文。电文显示山本将从拉包尔起飞前往所罗门群岛布干维尔岛附近的野战机场，时间是1943年4月18日早上。
4月18日早晨，山本不顾当地指挥官关于遭伏击风险的劝告，搭乘两架一式陆攻从拉包尔按时起飞。16架P-38式战斗机到达目标空域。双方编队遭遇，6架护航的零式战斗机立刻开始与美机缠斗。几分钟后山本座机被击中起火，随着缓缓滑落的一式陆攻化为一团火球，日本海军的名将之花山本五十六陨落在巴布亚新几内亚的布干维尔岛丛林中。
山本阵亡的事件被称为“海军甲事件”。日本当局一直拖到1943年5月21日才公布山本的死讯，朝野震惊。对于被宣传机构蒙骗，以为日军自开战以来不断高歌猛进的日本民众来说，山本之死所造成的精神打击是难以估量的。
山本的遗体在布因岛被火化，他的骨灰由他最后的旗舰武藏号战列舰运回东京。山本于1943年6月5日获得国葬待遇。同时，山本被追授元帅军衔。
山本五十六作为旧日本海军军人，策划实施了偷袭珍珠港计划，手上是沾满鲜血的人，本身就是战犯行为，如果没有被美军击毙，也会在东京审判时收到正义的惩罚。对于这样的人，能做到公平公正的评价，已经足够。从军人这个职业上来讲，可以正视他，从普通人的生活上来讲，可以理解他，但是从他作为军国主义一分子的角度上来讲，是无论如何都应批判他的。
而日本人在今天非但没有将他作为一个战犯来进行批判，反而却把他在电影里毫无忌惮的肆意美化，树立为热爱家庭，忠君爱国，爱兵如子，敬职敬业，反对战争的人，唯一看透真相的人，无力与激进分子抗争的人，真是难以让人接受。反观德国荧幕，希特勒，希姆莱，戈培尔，戈林，哪一个不是被一次次地进行批判。如果说日本此类电影出自右翼势力之手，那么赞美它的日本人不是照样会接受经过美化后的右翼势力吗，如果什么人，什么势力都可以被如此美化，那岂不是会重蹈军国主义的覆辙，继续为周边国家带来深重的灾难吗？难道当年的军国主义是以丑陋的形象被日本的国民所接受的？在当年日本国民的心中，军国主义就是美好的。魔鬼总是喜欢用画皮把自己打扮成人们心中美好的形象来麻醉人类的心灵。一旦这层画皮被人剥掉后，它依然会重新换上另一张皮卷土重来。对于日本的军国主义死灰复燃现象，我们必须要保持警惕，我们的对手是极其可怕和凶残的，一个善于偷袭的民族，一个善于施暴的民族，一个为了达到目的不择手段的民族，一旦再次吸上军国主义的鸦片，披上了魔鬼的画皮，那么等待它的终究是彻底的毁灭，因为它还欠我们一个完整的交代。
(责任编辑：黄梦_BJS2542)
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