卓尼土司先祖出自吐蕃王朝时期的噶氏家族，其中一脉赴青海繁衍西北一隅，元代末年已然成聚部落，首领颉狄脱颖于洮州诸番，时朝廷独尊藏地佛教萨迦派，颉狄慕名求教卓尼高僧，被扶植为“卓尼头人”。明代朱元璋实行“众建分封”遍赐封号于各派，时朝廷设洮州军民千户所料理西番，为疏通茶马古道屡讨诸部，颉狄收服败散番部乘机坐大，受到明帝永乐朱棣看重，屡升正千户、世袭指挥佥事，令其世代“司本土之事”即世袭土司也。
朱棣
1426年其子“赞普”袭职，当时藏地萨迦派衰微、格鲁派方兴未艾，土司命境内寺院全部改宗格鲁派，僧人领袖亦由历任土司宗族把持，于是土司集僧俗权力于家族。至第4代土司时，格鲁派已盛行于藏民之间，许多僧人赴青海传法，卓尼领地藏民不断逃散，土司病急投医大量布施寺院，这样寺庙供养的僧人越多，民众的负担就越重，逃亡部民不断增加，土司亦在无奈中撒手人寰。
格鲁派创始者宗喀巴
第5代土司旺秀于1508年赴京朝觐，时大明正德皇帝尚武，观旺秀魁梧有力、声若洪钟颇有古将之风，特意加恩赐其汉名“杨洪”，自此不独土司家族历世姓“杨”，领地藏民亦纷纷以改姓“杨”为荣。当时自明朝初年施行的世袭军户、农户制度名存实亡，许多民众沦为佃户累世不得喘息，故多铤而走险发动起义，而朝廷屡屡镇压而不能绝，杨洪便安辑境内藏民，又收容溃散的营田汉民开垦，使民众得以安心耕种，轻易便将临潭、卓尼全境纳入治下。
正德皇帝
至6代土司杨臻时，蒙古俺答汗据青海，明朝边官屡促退兵而不听，杨臻联络诸部共防蒙古东进洮州，策应西北防务有功而受朝廷召见，时嘉靖帝问其依附何人为“事业的施主”，杨臻大惊遂剖白心迹，此后一直忠于职守严防俺答。其子杨葵明袭职忠于朝廷，当时土司欲招揽毗邻迭部、录曲的森林野民，便于1582年赴京求旨，万历皇帝感念其父子抵御蒙古的劳苦，殷殷嘱之曰“那些林中生番归属于你。”皇帝的“金口玉言”不仅使杨葵明如获至宝，亦使诸部首领大受震动，野民闻讯亦纷纷归附。
左起：嘉靖、俺答
1637年“闯王”李自成转战入川，途中辗转流连土司领地多时，青海则由西蒙古和硕特部固始汗占据，第8代土司杨国龙恐腹背受敌奔逃避战，当时固始汗与藏地格鲁派达赖、班禅联合向东北满清示好，杨国龙见明朝将亡，待清军入关后亦归附之。1673年“三藩之乱”爆发，吴三桂旧部王辅臣亦于西北反清，33岁的第9代土司杨朝梁协助清军剿叛，因功受封甘州城土司、驻兰总尉，其不愿远离领地做流官，康熙遂明令其子孙世袭土司头衔。杨朝梁见多识广遂完善土司制度，主持清查编制人口户籍，设内务官、外务官分理内外诸事，管家处理衙门及土司家庭杂务，小头人分管土司庄园及宗亲部落，又于边远地区仿明代屯军、屯民编制设旗管理，内以总管、什尕头人施行军政，如此自上而下实行集权统治，至52岁寿终正寝。
左起：爱新觉罗·玄烨、吴三桂
第10代土司杨威随其父征战多时，承袭父职仍不忘兵事，曾受调随康熙北征准噶尔部，返回领地于迭部设22旗，以佛法为饰颁布森严法律，此时卓尼土司共辖44旗、516部族。此后7岁的长子杨汝松袭位，其汉族母亲料理诸事至其成年还政，时舟曲24部反叛清廷，清军一时不能制遂向土司求援，23岁的杨汝松大集兵马3千一举荡平，于是诸部纷纷投诚归附，1718年后曾随清军两度入藏平定准噶尔部，1725年去世时领地合48旗、600余部族。
清军安定西藏之战
此后由22岁的杨冲霄继任，其妻子、兄弟皆虔诚礼佛，卓尼全境虚耗浮财崇佛，使民众的负担日益沉重，其继承人杨昭不幸早逝，至杨冲霄去世后，由杨昭之子、3岁的杨声袭位，后父死子继以杨宗业、杨宗基兄弟先后嗣位，至1844年杨宗基之子杨元袭职时，卓尼土司已历时400余年、绵延承袭至第17代。当时西北时局动荡不安，杨元引部众于各处设防，且庇护逃难前来的民众，1868年杨元会同甘肃当局收复洮州，随之把守洮州保境安民，阻止河州马占鳌部反清武装深入，事后朝廷论功以为杨元“应照军劳头等之功加一级。”
马占鳌
其子杨作霖于1880年承袭，卓尼境内民众苦于土司暴敛，纷纷组织义兵反抗，杨作霖征讨无功颇受诟病，时局一日日坏下去，郁郁不乐的杨作霖无子，至1902年杨作霖病重，决定以聪明、能任事的侄孙杨积庆为继承人，后者安定宗族及领地的秩序，又热衷读书看报且结交中外友人，在思想上比较开明进步，反对国民党的血腥反动统治，1935年中央红军长征进入甘南迭部，杨积庆让道济粮予以资助，使红军捱过最艰难的时刻，至1937年被国民党反动派杀害，其子杨复兴为第20代卓尼土司，弱冠之年便被国民党委以少将军衔，解放后加入中国共产党，主动放弃封建特权，要求废除卓尼土司制度，于2000年因病去世。
末代卓尼土司杨复兴
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