明永乐十九年（1421年）正月迁都北京后于南京留置都察院。设左、右都御史、左、右副都御史、右佥都御史。下设司务、经历、都事、照磨各一人，司狱二人。十三道监察御史，员数少于北京。嘉靖(1522—1566)后常以一人兼数道，名额更少。职掌同北京之都察院。
左都御史
萧维祯 1457年3月1日 至 1460年10月5日
轩輗 1458年10月23日 至 1458年
石璞 1460年12月16日 至 1460年
黄绂 1492年1月26日 至 (未知)
王以旂 1547年3月6日 至 1547年9月21日
唐世济 1645年2月18日 至 1645年
右都御史
杜智 1424年11月12日 至 1424年
熊㮣 1430年 至 1433年10月21日
张纯 1454年 至 1454年3月26日
林聪 1477年 至 1477年9月3日
王恕 1478年 至 1478年4月7日
李裕 1484年7月12日 至 1486年9月24日
屠滽 1486年10月22日 至 1489年3月30日
张悦 1495年 至 1495年5月31日
翟瑄 1500年 至 1500年7月7日
陈道 1501年 至 1501年12月17日
张敷华 1505年 至 1505年12月26日
高铨 1506年 至 1506年12月8日
洪钟 1507年 至 1507年9月8日
王鉴之 1508年 至 1508年3月14日
张宪 1508年12月24日 至 1510年1月22日
李士实 1512年 至 1512年8月18日
戈瑄 1514年 至 1514年5月12日
邓庠 1515年 至 1516年1月17日
黄珂 1515年 至 1515年11月27日
洪远 1519年 至 1519年4月19日
崔文奎 1522年 至 1522年4月21日
杨旦 1522年 至 1522年6月27日
邹文盛 1524年 至 1524年10月5日
张嵿 1525年 至 1525年11月16日
聂贤 1526年 至 1526年5月21日
王軏 1533年1月10日 至 1534年4月8日
周用 1538年 至 1538年10月9日
胡训 1543年 至 1543年6月11日
王以旂 1546年 至 1546年6月26日
韩邦奇 1547年 至 1547年10月11日
刘訒 1548年 至 1549年1月3日
端廷赦 1551年5月3日 至 1551年
欧阳必进 1551年 至 1551年4月8日
周延 1553年 至 1553年12月5日
吴鹏 1554年 至 1554年10月12日
蔡云程 1559年 至 1559年5月5日
王钫 1560年 至 1560年9月20日
卢勋 1561年 至 1561年8月25日
张舜臣 1564年 至 1564年3月18日
孙植 1567年 至 1567年5月1日
郭宗皋 1567年 至 1567年
林云同 1569年 至 1569年3月12日
刘自强 1570年 至 1570年6月25日
曹亨 1570年 至 1570年9月1日
张瀚 1572年 至 1572年8月25日
谢登之 1572年 至 1572年2月3日
傅颐 1573年 至 1573年10月2日
赵锦 1575年 至 1575年8月1日
李幼滋 1577年 至 1578年1月8日
吴百朋 1577年 至 1577年10月11日
汪宗伊 1578年 至 1578年7月31日
王好问 1578年 至 1578年12月26日
曾省吾 1579年 至 1580年
刘斯洁 1580年11月5日 至 1581年11月26日
刘尧诲 1582年 至 1583年1月28日
刘思问 1583年2月2日 至 1583年10月10日
郭应聘 1584年 至 1584年2月18日
袁洪愈 1584年 至 1584年8月3日
辛自修 1586年 至 1586年3月17日
海瑞 1587年 至 1587年11月13日
耿定向 1589年 至 1589年10月22日
衷贞吉 1591年 至 1591年3月20日
朱天球 1592年 至 1592年11月8日
赵焕 1593年 至 1593年12月11日
陈有年 1593年 至 1593年5月26日
赵焕 1598年9月1日 至 1599年7月1日
孙鑛 1605年 至 1605年12月25日
顾其志 1611年 至 1612年10月9日
何熊祥 1620年9月16日 至 1621年8月3日
毕自严 1625年 至 1626年2月16日
曹于汴 1628年 至 1628年6月10日
陈于廷 1631年 至 1631年5月14日
张延登 1632年 至 1632年7月24日/1639年11月9日 至 1639年
唐世济 1634年 至 1634年9月13日
范景文 1635年 至 1635年
张慎言 1643年4月26日 至 1643年
左副都御史
轩輗 1457年 至 1457年3月1日
胡拱辰 1484年 至 1484年5月21日
右副都御史
欧阳旦 1513年2月12日 至 1513年
万镗 1527年11月8日 至 1527年
及宦 1545年10月10日 至 1545年
王用汲 1587年4月3日 至 1587年
石应岳 1589年7月21日 至 1589年
邵仲禄 1591年4月14日 至 1591年
右佥都御史
张鹏 1471年 至 1472年
张凤 1510年6月6日 至 1510年
罗朝国 1616年 至 1616年7月31日
徐必达 1621年10月3日 至 1621年
魏说 1625年5月27日 至 1625年
吕维祺 1634年 至 1634年2月15日
李玄 1637年5月16日 至 1637年
庄钦邻 1639年 至 1639年3月3日
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