努尔哈赤势力兴起以后，使明朝感到建州女真的发展对其在辽东的统治是个严重威胁，于是在政治和经济上都采取了一些措施，来限制后金的发展。
如利用海西女真的叶赫部反对努尔哈赤对女真各部的统一。万历三十六年（1608年），停止女真的朝贡，第二年，又关闭马市贸易，致在两年中使建州女真的人参腐烂了十余万斤。同时，还严禁汉人进入女真地区，不遵守和建州女真划定的界约，等等。因此，努尔哈赤愤恨不平地说：
“保天朝地界九百五十里，俺管事十三年，不敢犯边，非为不恭顺也”。
所以到天命三年（万历四十六年，1618年），努尔哈赤以“七大恨”誓师攻明。
所谓“七大恨”实际是两个方面的问题：
一是明朝不守界约，没有听任努尔哈赤对边外事作主；
二是明朝支持叶赫反对后金。
努尔哈赤乘明不备，很快就攻占了抚顺城和一些据点，明朝的游击将军李永芳投降。抚顺的败报传到北京，明廷感到新兴的后金在严重地威胁其正东北的统治，于是加派“辽饷”，调福建、浙江、四川、·甘肃兵八万八千人，又征调朝鲜一万三千兵力，并会合叶赫，集中了十万兵力，号称四十七万人，向后金反攻。
万历四十七年（天命四年，1619年）四月，明朝以杨镐为辽东经略，分兵四路，企图以“分进合击”的战术去围攻兴京（赫图阿拉）。
第一路：以山海关总兵杜松率兵三万出抚顺关直指兴京正面，
第二路：以辽东总兵李如柏率二万五千人出清河堡向兴京为杜松援军，
第三路：开原总兵马林会合叶赫兵共一万五千人由北面攻向兴京，
第四路：辽阳总兵刘蜒会合朝鲜姜弘立军计二万余人出宽甸趋兴京之南。
这四路明军一起向后金都城兴京进攻。明军本想以优势兵力使努尔哈赤腹背受敌，陷于重围，聚而歼灭。
但是，这是一种不切实际的战略安排。首先是因兵力分散而削弱力量，其次是各路军队的行军路程长短不一，不易按期集合协同配合作战，容易给敌人造成各个歼灭之机。加以明军素质不佳，互相配合不好，还有将领贪功冒进以及指挥失宜的等等错误，使明军的优势力量很难发挥，在战略上陷于被动地位。
努尔哈赤在强兵压境的情况下，从各方面侦知明军的进兵情况后，采取了“恁尔几路来，我只一路去”的战略方针，集中八旗全部兵力六万人，首先击破萨尔浒（抚顺东南）的明军主力杜松军，败杀杜松。又北向击败尚间崖的马林军后，急返兴京，再南向迎击从东路来的刘埏军。击杀刘蜒，俘虏朝鲜兵统帅姜弘立。明经略杨镐在沈阳惊闻三路军大败，急令出清河堡的李如柏的南路军撤退。这就是历史上有名的萨尔浒之战，它以明军的惨败而结束。
萨尔浒之战，是后金发展中的关键性战役，从此，明朝在军事上逐渐转入战略防御地位，而后金则转向战略进攻。
萨尔浒之战以后，努尔哈赤又乘胜攻取开原、铁岭，进入明边。明朝将杨镐下狱治罪，改命熊廷弼为辽东经略，驻在辽阳。熊廷弼计划构筑辽河防线，对后金采取守势，相持年余。
明泰昌元年（天命五年，1620年）明熹宗即位，宦党专权，攻击熊廷弼，改任袁应泰经略辽东，防御松弛。
明天启元年（天命六年，1621年)，努尔哈赤先后攻取了明在东北的重镇辽阳和沈阳，辽阳城破袁应泰自杀，后金占领了辽河以东的七十余城。天启二年(天命七年，1622年)，后金迁都辽阳，天启五年（天命十年，1625年)，后金又把都城迁到沈阳。
辽、沈失守，明廷大震，又急召熊廷弼为辽东经略，以王化贞为巡抚。熊廷弼创“三方布置策”，以广宁（辽宁北镇）驻步骑军，以天津及登莱驻水军，沿辽河构筑防线，经略坐镇山海关，节制各军往来防御。而王化贞则主张进攻以邀功，企图以蒙古势力去进攻女真，采取“以西夷制东夷”的政策。但在军事上却毫无其他准备，只以空言吹嘘，处处阻挠熊廷弼的防御计划，使其不得实现。在此情况下，天启二年，后金在取占辽阳后，努尔哈赤乃率军渡过辽河，明河防兵逃散，广宁失守，王化贞、熊廷弼被迫退入山海关。
明朝这次军事失利，引起内部各派的激烈斗争，在宦党攻击下，熊廷弼被杀，传首九边。明朝对东北战局束手无策，战守议论不定，朝臣以“辽事”互相攻击，因此边防大坏。天启三年（天命八年，1623年），明以大学士孙承宗出镇山海关，他继承熊廷弼的“以守为攻”的战略方针，采纳袁崇焕的若保关内，必守关外，若保关外，必守宁远的建议，修筑宁远城扼后金入关通路，构成以宁远、锦州为重点的锦宁防线。并在宁远城配置大炮火器，使宁远城成为当时辽东最坚固的堡垒。
不久，孙承宗又被宦官排挤去位，由高第代替，高第则主张放弃关外各地，退守山海关。于是撤去锦州、杏山、松山等地的防御工事，丢弃辎重十余万，驱迫人民内迁，死亡载道，哭声震野。袁崇焕誓死不从命，号召土卒军民坚守宁远城。
天启六年（天命十一年，1626年）正月，努尔哈赤乘高第张皇退走之机，以十三万大军（号称二十万）大举征明，在宁远城下，努尔哈赤势力受到重创， “遂大怀忿恨而回”。当年八月，六十八岁的努尔哈赤，含愤死去。
努尔哈赤死后，后金内部展开激烈斗争，诸王子争位不绝，同时明朝也加强了锦宁防线，使后金向明朝的进攻暂被遏止，在相当时期内形成对峙局面。
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