第三方支付作为支付中介，为用户和银行提供接口和通道，便利了经济的发展，扩大了银行的服务范围，提高了交易的安全性。然而，作为新技术、新业态、新模式的第三方支付产业，在发展过程也带来了一系列的金融风险。
风险一：主体资格和经营范围的风险
目前依托于银联建立的第三方支付平台，除少数几个不直接经手管理往来资金，将其存放在专用的账户外，其它都可直接支配交易资金，这就容易造成资金不受监管甚至越权调用的风险。这类支付服务涉及到支付结算账户和提供支付结算服务，突破了现有的一些特许经营的限制，按照商业银行法等一些法律法规，整个支付结算业务和支付清算业务实际上还是属于银行专用的一种业务。开立账户后，在账户里沉淀资金怎么定性，到底是不是做存款，现在很多企业为了避开吸收公共存款这样一个说法，提出其只是提供代理服务。而这种代理服务在商业银行法里面作为代理收付款业务，也是银行的业务。这类业务目前实际上还是属于特许业务，非银行机构从事这方面的业务面临着法律上的突破。
风险二：结算和虚拟账户资金利益归属风险
第三方支付平台利用资金的暂时停留，在交易过程中约束和监督了卖家和买家。但是不能忽视了这样一个事实：当卖方把资金划入第三方账户，第三方就将起到了资金保管人的作用。资金的所有权并没有发生转移，买方依然是资金的所有人，当买方和卖方达成某笔交易，买方收到商品，通过第三方向卖方付款时，此时款项的所有权应仍属于买方所有，直至款项进入卖方账户或者买方确认接受付款后，所有权转为卖家。可以看到，第三方作为款项的保管人，始终不具备对资金的所有权，只是保管义务。随着将来用户数量的增长，这个资金沉淀量将会非常巨大。根据结算周期不同，第三方支付公司将可以取得一笔定期存款或短期存款的利息，而利息的分配就成了一个大问题。
风险三：沉淀资金流动性风险
对于沉淀资金的风险存在两个方面：其一，作为第三方支付机构，是否有权使用沉淀资金，由于第三方机构不具有银行特有的性质。所以，存在使用的沉淀资金的风险。其二，第三方支付机构如果运用这笔资金也处于一种两难的境地，不动用交易带来的沉淀资金，使第三方支付机构坐拥资金而不得动用沉淀资金，则无疑会使得网上交易的消费者的交易安全处于一种不安定的状况。尤其，当第三方支付机构对沉淀资金的使用不善而对用户造成无法弥补的损失时，这种行为和带来的损失将如何定性，如何进行赔付，都需要法律进行约束。
风险四：非法转移资金，洗钱风险
由于这种机构的出现使得投资人和借款人双方在通过第三方支付保证的同时，增加了诚信和标的质量保证。但是如果非法资金进入了第三方支付体系，那么很快就可以变成合法资金。由于作为第三方支付机构并不能完全地控制交易的真实性，毕竟第三方支付机构并不知道所谓的标是否已经完成了流通，标的数量是否真实，这都是目前无法去管理和跟踪的。
风险五：信用卡套现风险
第三方支付也会成为资金套现的工具，由此也会带来一定的金融风险。比如有的网上交易实际上并不是进行真实的消费，而是制造一笔虚假交易，通过银行卡支付后，钱进入了支付平台的账户，通过账户转移到银行，从银行取现，时间上就是为了套取现金。对银行卡来讲，信用卡限定了额度，在这个额度内使用，可以预先透支，提供这种支付工具是为了促进或者为了满足支付需要或者消费需要，并不是为了让人大量使用现金。对信用卡的取现有一套控制制度，或者通过交易成本限制他的使用，而网上交易则避开了这些。现在很多网站还是不收费的，成本几乎就是零，通过这样一种途径，套现更为方便。
风险六：交易风险
一方面，由于网络存在虚拟性，这就必然会有网络欺诈的发生。作为第三方支付平台，对支付资金进行保管，一旦交易完成后，由买卖其中一方产生的欺诈，第三方支付机构必然有一定的连带责任风险。另一方面，由于网络安全所引发的电子支付过程的被盗现象频繁发生，而且电子签名或数字签名在电子支付中的使用不足，第三方支付机构作为一个法律主体参与了交易的过程，其必然也会有一定的法律责任。
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