（文章篇）S5E21: SNP，miRNA和lncRNA的课题设计？（文末两个福利）

有很多朋友做SNP和microRNA研究，那么如果想往lncRNA方向转，应该怎么过渡呢？关于SNP，miRNA和lncRNA，相信大家都有一定了解了，那么怎么把这三者结合起来呢？

在前面文章（策略篇）S4E20：一篇22分的NG教你如何设计课题中，我们介绍过一篇Nature Genetics 的文章：Pancreatic cancer risk variant in LINC00673 creates a miR-1231 binding site and interferes with PTPN11 degradation.Nat Genet（IF 29.3），说的是lncRNA LINC00673中定位于17q24.3区域，其中SNP位点rs1111655237定位于LINC00673四号外显子，使得LINC00673存在G和A两个亚型，LINC00673[A]亚型被miR-1231识别和下调，而LINC00673[G]亚型结合泛素化酶 PRPF19和PTPN11，促进PTPN11的泛素化和降解，阻断促癌SRC-ERK通路和激活STAT1介导的抑癌通路。

上面这篇文章比较复杂高冷，在介绍一篇5分的文章以前，我们先看SNP与miRNA、lncRNA结合的基金：

炎症相关miRNA基因多态性与缺血性脑卒中的关系及机制研究 2016
miRNA及其基因多态性与脱髓鞘性视神经炎在新疆维汉患者发病中免疫调节作用及遗传机制的研究 2016
还原性叶酸载体miRNA靶序列基因多态性对甲氨蝶呤化疗反应的影响及其分子机制研究 2016
癌基因FNDC3B的3’UTR长度多态性介导miRNA调控鼻咽癌转移机制的研究 2016
长链非编码基因多态性与煤工尘肺易感性及其分子机制研究 2016
山东籍汉族人群MiRNA及其靶基因多态性与重性抑郁症关系的病例对照及家系研究 2016
BER通路基因miRNA结合位点基因多态性与结直肠癌易感性的关联及功能研究 2015
miRNA基因多态性对环磷酰胺代谢个体差异的功能研究 2015
microRNA基因及其靶位点的遗传多态性与苯接触工人遗传损伤的关联 2015
MicroRNA靶向SIRT2对α-突触核蛋白聚集状态的影响及其靶点多态性与帕金森病的关联研究 2015
MiRNA多态性与复发性流产发病风险的关系及机制研究 2014
血清miRNA表达谱和miRNA基因及其靶位点多态性与阿尔茨海默病的关系研究 2014
MicroRNA表达水平及相关基因多态性对拉莫三嗪体内代谢影响的研究 2014
TLR2通路microRNA结合位点SNP与哮喘易感关系研究 2014
microRNA介导TNF-α基因SNP在PCOS胰岛素抵抗中的机制 2014
细胞增殖通路中miRNA及其作用靶点的基因多态性与结直肠癌遗传易感性的流行病学研究 2014
MRP1/ABCC1基因3' UTR单核苷酸多态性介导miRNA对原发性肝癌多药耐药性的影响 2014
microRNA基因SNP对非小细胞肺癌预后及调控功能研究 2013
microRNA单核苷酸多态性与新疆哈萨克族人群食管癌发病风险相关性及其机制研究 2013
TRIOBP基因miRNA结合位点SNP对职业噪声性听力损失易感性的作用研究 2013
microRNA表达水平及相关基因多态性对肾移植病人环孢素A浓度的影响 2013
肺癌干细胞标志基因microRNA结合位点SNP的筛选与功能研究 2013
HRR通路miRNA及其靶序列SNP与乳腺癌遗传易感性关联分析及功能论证 2013
MicroRNA-34b/c基因启动子区多态性及其甲基化与肾癌遗传易感性及其机制研究 2013
糖尿病易感基因的microRNA结合位点多态性与妊娠期糖尿病发病关系研究 2013
乳腺癌相关miRNA及其靶位点多态性研究 2013
延边地区人群叶酸代谢酶基因多态性检测及其靶向miRNA对缺血性卒中易感性的调控作用 2013
长链非编码RNA-CACS2及其启动子区多态性与结直肠癌发生发展的相关性及作用机制研究 2013
候选miRNA相关多态性与骨质疏松症的遗传关联研究 2012
MicroRNA对羧基还原酶1转录后调控及3'-非翻译区基因多态性对调控的影响 2012
microRNA基因单核苷酸多态性与肺癌遗传易感性的分子流行病学研究 2012
FGF基因家族microRNA结合位点多态性与非综合征型唇腭裂易感性及其机制研究 2012
全基因组micro-RNA种子区结合序列SNP标志体系与乳腺癌发病风险的关联及相关功能研究 2012
rs7205289位点多态性与吸烟相互作用对唇腭裂致病微小RNA(miRNA-140)成熟的影响 2011
miRNA靶位点遗传多态性调控骨质疏松机理研究 2011
miRNA靶基因3'UTR内SNP对结直肠癌发病的影响及其后续功能分析 2010
MicroRNA的基因多态性与肝癌遗传易感性的关联研究 2010
Hoxb5基因microRNA结合位点单核苷酸多态性影响膀胱癌患病风险分子机制研究 2010
VEGF基因3'UTR区基因多态性和相关microRNA在肺癌中的作用研究2010
microRNA结合位点多态性与散发性食管癌易感性的研究 2010

一共检索到40项，其中lncRNA与SNP为主题的只有5和28两项，SNP与microRNA相关的有38项，大多数研究分为两类：microRNA本身的SNP（比如启动子区域的多态性）和靶基因的SNP（比如3‘UTR区多态性），分别影响microRNA的表达和对靶基因的调控。尚未查到基金将SNP，microRNA和lncRNA三者结合起来研究。

下面，我们看这篇文章如何联系SNP，microRNA和lncRNA：

A functional polymorphism in lnc-LAMC2-1:1 confers risk of colorectal cancer by affecting miRNA binding.Carcinogenesis（IF 4.8）. 2016 May;

（文章下载链接：http://pan.baidu.com/s/1eSLl5V8 密码：paxk）

文章思路：

1. 先通过GWAS和lncRNASNP数据库查询，找到8个可能影响microRNA和lncRNA结合的结直肠癌风险位点；

2. 然后分两部分进行对照验证研究（两组Case-Control分别为875,855例和768,768例），以分析SNP位点与CRC风险相关性，结果发现SNP位点rs2147578 CG/GG基因型与CC基因型相比预示结肠癌发病高风险；从此选择rs2147578作为研究对象；

3. rs2147578位于lnc-LAMC2-1:1 的外显子区，而这个位点作为miR-128-3p结合lnc-LAMC2-1:1 的区域，CG/GG与CC基因型相比，miR-128-3p结合lnc-LAMC2-1:1 的能力变弱，因此考虑到miR-128-3p对lnc-LAMC2-1:1 的下调作用，CG/GG亚型lnc-LAMC2-1:1 表达上调；

4. 通过eQTL（表达数量性状）分析发现rs2147578的基因型与周围已知癌基因LAMC2表达显著相关。

总体来看，实际上作者讲了这样一个故事：

SNP位点rs2147578的不同基因型通过影响miR-128-3p对lnc-LAMC2-1:1 的结合与调控能力，影响lnc-LAMC2-1:1 的表达，可能通过对癌基因LAMC2的表达进行调控参与结直肠癌发生。

最后，这篇文章来看，我们有一些材料和方法可以用：

1. 一个新的课题方向：lnc-LAMC2-1:1 是一条新的lncRNA哦，lnc-LAMC2-1:1 与附近癌基因LAMC2的关系也不知道，所以这个方向：lnc-LAMC2-1:1 在结直肠癌中的功能以及对癌基因LAMC2调控方式的研究作为福利告诉大家哦。

2. 从基金来看，SNP，microRNA和lncRNA三者结合的项目还没有，单独lncRNA与SNP的项目也只有两项，还是一片蓝海，这是第二个福利。在microRNA与SNP结合的两种模式（microRNA本身的SNP和靶基因的SNP）中，这篇文章是第二种模式：microRNA与靶基因位点多态性的一个案例，只不过这里的靶基因是lncRNA而已，文章开头提起的Nature Genetics杂志介绍过的LINC00673也是这种模式，文章的难度对应不同基金申请的层次，大家自己拿来用哦。

3. 查询SNP与lncRNA关系的数据库：lncRNASNP数据库

网址：http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP/

That’s all. Thank you!

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