左宗棠大军一路晓行夜宿，秩序井然。
一天傍晚，左宗棠眼见行程已经过半，士兵又饥渴难忍，决定选一个山林浓密，水草丰美的地方让大军歇息。
将士们经过一天的急行军，大都疲惫不堪，吃过饭后，倒头便睡。左宗棠和军士们同营，他习惯早睡，半夜起来，办理军务。
当晚，他刚睡下不久，听到'笃笃'的声音，由远而近，那是巡逻士兵打更的声音。朦胧之中，他突然坐了起来，命令士兵连夜行军。
左宗棠雕像
士兵们正在酣睡，听到行军的命令，很多人抱怨，有些军官也劝左宗堂天亮后再走。左宗棠大发脾气，命令即刻启程，不能耽搁片刻。军令如山，士兵们只好前行。
大队人马刚离开营地不久，只听见轰隆一声巨响，一伙敌军朝他们的营地扑去，大伙庆幸走得及时，否则必定会伤亡惨重。将士们奇怪左宗棠何以知道敌人来劫营。左宗棠说，打更的声音大家都知道，但是声音变了，仔细听就能听出来。
1876年4月7日，大军抵达肃州。驻扎在肃州的军队是刘锦棠的老湘军。他们大多数人来自湖南，在肃州这里已经水土不服，听说又要去新疆，许多人不愿出关，士气低落。刘锦棠也无可奈何，只好据实报告左宗棠。
左宗棠认为这是一个大问题，秘密商量一番，各自回营。
第二天，大军开拔，突然一名老湘军士兵跑出来拦在左宗棠的面前，大喊大叫，怎么拉也不走。左宗棠以为他是个疯子，不理睬他。
左宗棠的护卫亲兵听得明白，那位老兵说：'我是老统领派来的，老统领要出关打先锋。无衣无食，如何打仗，请大帅发一个月军饷，大家吃饱了，好随老统领去打新疆。'
老统领名叫刘松山，是刘锦棠的叔叔。这只军队本来由刘松山率领，因为一次战斗，刘松山中炮身亡。刘锦棠便取代他的叔叔做了少统领。老统领战死，老湘军士兵泪洒疆场，发誓要为老统领报仇。如今听说老统领托梦来要大伙去打新疆，个个奋勇，求战心切。
左宗棠趁机命令大家祭祀老统领，朝南跪拜。
这件事一传十，十传百，在军营里就传开了，大家都以为此次出征，有神灵庇佑，必然旗开得胜。因此也没有了其他想法，都听令出征。
大军一路前行，所遇困难无数，幸好左宗棠他们沉着应对，一路还算平顺。
闰五月刘锦棠军抵达古城，金顺军驻扎济木萨，左宗棠又命徐占彪军五个营进驻巴里坤。命驻守哈密的军队做好准备防止敌军逃窜。
经过周密布置，对敌人已布下天罗地网。左宗棠临行前，再次申明军纪：严禁掳掠，对于当地的少数民族同胞，只要愿意回归祖国怀抱，一律宽大处理。
阿古柏听说清军到来，派重兵固守乌鲁木齐城外的古牧地。刘锦棠、经过几日苦战已经将古牧地团团围住。
士兵们士气高昂，不分昼夜，构筑炮台。三日之后，炮台已经建好，比古牧地的城墙还高。左宗棠命人调来他特地从德国购置的克虏伯大炮，居高临下，朝城墙轰击。城破，清军大队人马从城墙缺口突入。敌军毫无斗志，瞬间四处逃散，清军顺利占领古牧城。
就在打扫战场之时，刘锦棠得到一份敌人机密文件，得知乌鲁木齐城空虚。刘锦棠认为机不可失，即刻朝乌鲁木齐进发。沿途守军听说清兵来了，都无心恋战，或逃或散。经过数日战斗，清军正式收复乌鲁木齐。
至此新疆北路，初伊犁外，已经全部收复。左宗棠命令各级将领妥善安抚当地百姓。又在北疆各地，开垦荒地，让士兵耕种。设立招商局，招揽商贩，北疆社会秩序很快就得以恢复，各族人民的生活也渐渐好转。
西征军接下来是收复南疆。左宗棠分析，敌人重兵扼守达坂、吐鲁番、托克逊三地，只有攻破这三城，南疆收复就好办多了。
清军收复新疆示意图
这时朝廷传来不和谐的声音。有人认为大军西征，军饷耗费繁多，应该暂时停止进攻，与沙俄交涉，先拿回伊犁，巩固整个北疆，然后再慢慢平定南疆。
另外，英国眼见阿古柏节节败退，不日将会被赶出新疆。他们假意派英国驻华公使去总理衙门替阿古柏请降。请求清政府允许阿古柏占领新疆作为清国的藩属国，还恫吓说：'清国用兵日久，俄国人可能会乘机来夺取新疆，这不仅危急印度安全，而且对贵国边界也不利。'
左宗棠看透了英国人的阴谋，回奏说：'英国代阿古柏请降，并不是阿古柏的本意''至于前线用兵久暂，完全是主帅的事，无需英国人操心。'
慈禧太后眼见左宗棠进展神速，3个月就收复了北疆大部分领土，于是下诏命令大军即刻出发，收复南疆。当时已经是农历十月，大雪封山，严寒难耐。
左宗棠考虑到许多士兵来自南方，不适应西北严寒的气候，而且道路难行，粮草运输不易，因此禀告朝廷，等明春冰雪融化，粮草充足再行军比较妥当。所谓将在外，君命有所不受，慈禧见状也只好作罢。
第二年春，士兵休养了三个多月，个个情绪高昂，请战心切，多次上报左宗棠要求出战。左宗棠见时机成熟，挥军南下。
阿古柏在南疆不得人心，各族群众听到清军到来，都暗自欢喜，许多人冒着风险为清军递送情报。
清军不几日便包围了达坂城，城内出逃的百姓说，守城的士兵久盼援军不到，都无心打仗，准备各自逃命了。刘锦棠命令士兵夜里点起火把，防止敌军逃跑。整个达坂城如同白昼一般。白天清军用大炮轰击，城墙多处已经垮塌，一枚炮弹，正好击中城内的弹药库。轰一声巨响，如山崩地裂，城内烟雾弥漫。守城的敌人吓破了胆，四处逃散，无奈整个城已经被包围的如铁桶一般。经过几个时辰激战，敌人或死或降，清军收复了达坂城。
左宗棠乘胜追击，连克吐鲁番、托克逊。
经过数次恶战，阿古柏的精锐部队死伤过半。当地的维族同胞听说清军一路大胜，互相转告，计划配合官军，准备起义。阿古柏眼见大势已去，在库尔勒服毒自杀。
光绪三年（1877年）农历十一月二九日，清军攻克于阗，至此沦陷13年之久的新疆除伊犁外已经重新回归祖国怀抱。
当新疆收复的喜讯传到京城之后，全国上下，一片欢腾。这是至鸦片战争以来，为数不多的胜利。朝廷中上自皇太后，王公大臣，下至各级官吏也都兴高采烈。朝廷论功行赏，左宗棠功劳最大，封二等侯，其余将领也各有封赏。
左宗棠对爵位不是很在意，几次上书朝廷辞谢，朝廷下旨不准。
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