明太祖朱元璋总结历史上众多朝代军事改革的经验教训，以屯田制为基础，创立了卫所制度。
据《明史·兵志》记载，“明以武功定天下，革元旧制，自京师达于郡县，皆立卫所。外统之都司，内统于五军都督府，而上十二卫为天子亲军者不与焉。征伐则命将充总兵官、调卫所军领之；既旋则将上所佩印，官军各回卫所。盖得唐府兵遗意。”
按照卫所制度的设立，明朝军队分为京军和地方军两大部分。京军即“上十二卫”，是专门负责守卫皇城的军队，由皇帝直接指挥。地方军分为都指挥使司(即都司)、卫、所三级。中央设五军都督府，掌管全国卫所军籍，其下是都司,都司下辖即为卫、所。设兵部负责征战。
遇到战事发生，由兵部上奏，请求派遣某一都督府的都督为总兵官，统领其他都司、卫、所士兵出征。战事结束后，总兵官交还印信，回到其原都督府，士兵回到原卫、所。这种“军不私将，将不专军”的制度限制了将帅的职权，避免了军权沦为私人势力，使军权集中于中央。
据《明史·兵志》记载，“天下既定，度要害地，系一郡者设所，连郡者设卫。大率五千六百人为卫，千一百二十人为千户所，百十有二人为百户所。……”
卫、所分布在全国地势险要的地方，一府设所，多府设卫。每卫统兵5600人，长官为指挥使；卫以下分为五个千户所，设千户为长官，统兵1120人；千户所下面分为十个百户所，设百户为长官，统兵112人。
在卫所制度中，军户单独编户籍，代代相传，不能脱离军籍。同时，朝廷分配给各卫、所士兵一定数量的土地，实行屯田法，一部分士兵专务防守操练，一部分士兵则专事耕作，所收获的粮食全部供给军队使用，以实现军队的自给自足。
到明朝中期，屯田的收获大多被卫所军官侵夺，军士破产逃离卫所，屯田法遭到破坏。再加上缺乏战斗训练，仅供地主、军官役使，不能担任防卫职责，最终被募兵代替。
卫所制度模仿了唐朝的府兵制，又吸收了元朝军制部分内容，它不仅有效地防止了军队私有化；而且屯田的收获充当军粮，减少了百姓的军饷负担，还可以最大程度的保持军队战斗力。在明朝初期，卫所制度的优势得到了充分发挥。它使明朝在战争频发的时期，实现了战争和休养生息同时进行的奇迹。
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