1584年，努尔哈赤以先祖所遗十三副铠甲起兵，开始统一女真建立国家征程。努尔哈赤参考女真人在围猎时使用的牛录组织，建立了八旗制度。1616年努尔哈赤在赫图阿拉接受众贝勒及五大臣劝进，黄衣称朕登上了后金国大汗的宝座。与关内成熟的明朝国家制度相比，后金国更像是保留了奴隶制残余的女真部落联盟制度。努尔哈赤自己直接管辖八旗中的两黄旗，众贝勒管理剩余的六旗。六旗皆有各自的旗主，旗中的人众只对自己的旗主效忠。努尔哈赤虽然贵为汗王，但是只能调动自己直属的两黄旗的人力物力，要是调动其他各旗所属人力物力，就必须通过各旗旗主才能实现。所幸努尔哈赤是完成了统一女真民族大业英雄，八旗中拥有崇高无比的威望，各旗旗主对努尔哈赤唯命是从，故而努尔哈赤在世时的后金国大汗享有和关内的明朝皇帝相似的绝对权威。
然而这种建立在个人威望上的权威毕竟是暂时的，一旦努尔哈赤去世这样的权威便会削弱甚至消失，从长远来看对国家的发展是极其不利。能否在后金国建立制度性的最高统治者的权威关乎到国家的发展和未来女真民族的命运，这个课题也成为了摆在后来继承者面前必须要完成的任务。
1627年努尔哈赤在爱鸡堡汤泉疗养返回途中病逝，后金国四大贝勒之一的皇太极在经过一系列明争暗斗之后登上了后金国大汗的宝座。皇太极继位之前不过是在国内管理国政的四大贝勒中的一位，没有努尔哈赤那样的崇高权威，如何能够建立绝对的君主权威是他必须要面对任务。努尔哈赤在去世之前，将自己亲统的两黄旗按照女真人的旧俗，分给了自己最钟爱的三个小儿子：阿济格、多尔衮和多铎，皇太极和长子豪格则统率两白旗。皇太极提出要两黄旗和两白旗进行互换，阿济格、多尔衮和多铎没有提出异议，互换顺利完成。之所以两黄旗和两白旗互换如此顺利，有以下三个原因：第一是皇太极是君主，阿济格、多尔衮和多铎当时的年纪都不大，再加上他们的母亲大妃阿巴亥被逼殉葬，暂时还没有和皇太极对抗的能力和勇气；第二是后金国已不可避免的要受到汉文化的影响，黄色是君主的御用服色，只有君主或者是君主赏赐才能使用，阿济格三兄弟是臣子没有资格使用黄色，制度上没有反对的理由；第三也是最重要的一点此次换旗只交换旗帜和服色，各旗所属人众仍归各旗主所有，这才是阿济格三兄弟能够对换旗没有太大异议的真正原因。皇太极初步建立了君主的权威，但是留给他的还有很长的一段路。
皇太极初等汗位之时，和代善、阿敏、莽古尔泰三大贝勒上朝议政时俱面南而坐，接受诸王公和大臣的朝拜，处理国政时也多与三人商议。然而这只是表面现象，待汗位巩固之后对三大贝勒的整肃也就提上了议事日程，阿敏不幸成为了第一个“祭旗”之人。1629年清军第一次入关作战，占领了永平、滦州等冀东四城。在撤退时留阿敏镇守四城，皇太极意在关内留下一处立足之地，在明朝的心脏部位插下一颗钉子。这样的用意明朝不会不知道，很快就集中全国精锐部队进攻永平四城，阿敏在坚持到1630年后因兵力不足而弃城逃回关外。皇太极借此机会整肃阿敏，召集众大臣及贝勒议其弃守永平、图谋自立等十六项大罪，处理结果是削去阿敏的正红旗旗主之位并圈禁在家，所属镶蓝旗赏给济尔哈朗。莽古尔泰则是在大凌河战役犯下御前漏刃的大罪先受到降爵、罚银等处罚，又在去世之后其属下奴仆告发欲图谋反被皇太极夺去正蓝旗，子孙降为红带子。皇太极将自己和豪格统辖的两黄旗和无主的正蓝旗的人员全部打散混编，重新划分为三个旗，分别授予正黄旗、镶黄旗和正蓝旗的旗帜。皇太极亲自统辖两黄旗，将新编的正蓝旗授予豪格，这样后金国大汗一系实际控制了八旗中的三旗，上三旗的雏形由此诞生了。凭借掌控三旗的实力，皇太极在后金国终于建立起了属于他自己的大汗权威，借此推行自己的意志，调动各种有利资源完成了从后金国到大清朝的转变。
1643年皇太极去世，围绕着皇位继承人的矛盾，清朝爆发了在关外最大的一次政治危机。豪格与多尔衮都希望继承皇位，但是二人势均力敌均无法在实力上压倒对方。代善、济尔哈朗等旗主各怀鬼胎冷眼旁观，妄图在这样一场争端中获取渔翁之利。两黄旗的将士在这次争端中的态度颇为耐人寻味，他们悬刀佩剑齐聚宫门要求拥立皇太极的皇子为皇帝，但是又不明确支持豪格继位，隐约透漏出帝系掌握的三个旗也非铁板一块，存在着外人不易察觉的矛盾。棋高一着的多尔衮嗅出了机遇，以拥立皇子福临为条件博得两黄旗的好感与支持，又以权力共享为诱饵拉来了济尔哈朗为自己站台，成功击败豪格以摄政王的身份掌握了实际权力。随后多尔衮指挥了清朝入关，凭借这一军功和威望排挤掉济尔哈朗、圈禁豪格，又迫使自己的弟弟多铎将正白旗让给自己，多尔衮到达了梦寐以求的权力巅峰。
1650年多尔衮刚去世三个月，便立刻遭到严厉的政治清算。意图取代多尔衮继续掌握摄政权利的阿济格被下狱处死，多尔衮子孙削去爵位和正白旗旗主，顺治皇帝将无主的正白旗收归己有，连同原来的两黄旗共三个旗由皇帝担任旗主，上三旗的制度正式形成了。后世的清朝皇帝又将上三旗内的王公宗室分派到下五旗，由此上三旗完全掌握在皇帝手中，成了皇帝亲军，清朝皇帝也完成了对皇权的集权。
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