1、耕地及基本农田利用限制
《关于引导农村土地经营权有序流转发展农业适度规模经营的意见》对土地流转用途管制进行了严格限制。《意见》明确强调：加强土地流转用途管制。坚持最严格的耕地保护制度，切实保护基本农田。
严禁借土地流转之名违规搞非农建设。
严禁在流转农地上建设或变相建设旅游度假村、高尔夫球场、别墅、私人会所等。
严禁占用基本农田挖塘栽树及其他毁坏种植条件的行为。
严禁破坏、污染、圈占闲置耕地和损毁农田基础设施。
坚决查处通过“以租代征”违法违规进行非农建设的行为，坚决禁止擅自将耕地“非农化”。
利用规划和标准引导设施农业发展，强化设施农用地的用途监管。
采取措施保证流转土地用于农业生产，可以通过停发粮食直接补贴、良种补贴、农资综合补贴等办法遏制撂荒耕地的行为。在粮食主产区、粮食生产功能区、高产创建项目实施区，不符合产业规划的经营行为不再享受相关农业生产扶持政策。
《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国基本农田保护条例》规定：禁止任何单位和个人在基本农田保护区内建窑、建房、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他破坏基本农田的活动。禁止任何单位和个人占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼。
2、设施农用地利用限制
国土资源部、农业部对以农业设施用地为主的农业生产性建筑占用土地的规模及用地范围也做了明确规定。《国土资源部、农业部关于完善设施农用地管理有关问题的通知》（国土资发[2010]155号）规定：
进行工厂化作物栽培的，附属设施用地规模原则上控制在项目用地规模5%以内，但最多不超过10亩；
进行规模化种植的附属设施用地规模原则上控制在项目用地规模3%以内，但最多不超过20亩；
规模化畜禽养殖的附属设施用地规模原则上控制在项目用地规模7%以内（其中，规模化养牛、养羊的附属设施用地规模比例控制在10%以内），但最多不超过15亩；
水产养殖的附属设施用地规模原则上控制在项目用地规模7%以内，但最多不超过10亩。
同时严格把握设施农用地范围。
在以农业为依托的休闲观光项目以及各类农业园区，涉及建设永久性餐饮、住宿、会议、大型停车场、工厂化农产品加工、中高档展销等的用地，不属于设施农用地范围，按非农建设用地管理。确需建设的，必须符合 土地利用规划，依法办理建设用地审批手续。设施建设应尽量利用荒山荒坡、滩涂等未利用地和低效闲置的土地，不占或少占耕地，严禁占用基本农田。确需占用耕地的，也应尽量占用劣质耕地，避免滥占优质耕地，同时通过工程、技术等措施，尽量减少对耕作层的破坏。
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