农村“三变”改革是对我国农村基本经营制度的创新，是深化农业供给侧结构改革和实现乡村振兴的重要抓手。但是，农村“三变” 改革需要相应的社会经济支撑条件。从目前的情况看，这项改革的顺利推进，存在着若干限制性因素。
（一）配套改革滞后
农村“三变”改革，实际上是一项要求多项改革同步进行的综合性改革。调查发现，凡是“三变”改革搞得好的地方，都注重配套改革。以贵州省六盘水市为例，其农村“三变”改革之所以取得较好成效，一是开展了农村集体产权制度改革。截至2016年底，该市已经全面完成了对农村各类资源的确权登记颁证工作；建立了市、县、乡、村四级流转服务体系，将农村土地、房屋、集体经济组织股权、增减挂钩项目指标等产权纳入交易范围，从而搭建起社会资本进入农村、农村资源向资本转变的制度性平台；探索推进农村集体资源性资产和经营性资产股份合作制改革，对集体资产进行清产核资，确认成员身份，明晰产权，折价入股经营主体，农民按股比获得分红。二是创造吸引社会资本进入农村的政策环境，培育和壮大新型农业经营主体。尽管六盘水市的贫困面和贫困程度较高，但经过近40年的改革发展，也涌现了大批先富者，民间资本和社会资本比较丰富。当地政府制定了很多优惠政策，吸引社会资本进入农村从事乡村旅游、观光、休闲和特色种植等新型农业业态。例如，目前全市有省级农业产业化龙头企业59家，其中由煤炭和房地产企业转型而来的就有20家， 占三分之一。三是积极开展财政资金使用方式的改革。六盘水市是我国西部贫困地区的典型代表，得到的财政资金投入较多。但是，财政资金往往以项目的形式，自上而下逐级分配，存在着投入分散、重复投资、与基层需求优先序不吻合等问题，资金使用效率较低。近年来，国家一直鼓励开展整合各种项目资金的地方探索。六盘水市顺势而为，将财政投入到村的发展类资金（除补贴类、救济类、应急类外），原则上转变为村集体和农民持有的资金，投入企业、合作社或其他经济组织，形成村集体和农户持有的股金，村集体和农民按股比分享收益。四是积极建立风险防控机制。在防范自然风险方面，针对猕猴桃等特色产业可能遭受的灾害，把政策性保险和商业性保险结合起来，财政投入500万元资金用于猕猴桃、刺梨等“三变”改革特色农业保险，撬动商业保险进入农业领域，最大限度降低农民因灾损失。在防范市场风险方面，对“三变”覆盖的产业，实行县评审、市报备的“风险评估”机制，市、县两级财政每年各安排500万元资金用于风险补偿，把市场风险控制在最小范围。
但从目前我国总体情况看， 包括农村产权制度、财政支农资金使用方式等领域的改革滞后。调查发现，一些地方在相关的配套改革还没有完成的情况下推进农村“三变”改革，效果不好，并出现了很多问题。为了更好地推进农村“三变”改革，深化农村综合改革将是不可回避的重要问题。
（二）农民利益受损风险仍然存在
最近20多年来，国家的政策导向是试图通过培育各类新型农业经营主体，带动小农生产进入现代化轨道，从而实现小农户与现代农业发展有机衔接。但是，从总体情况看，新型经营主体与小农的利益联结机制不完善，难以形成真正的利益共同体。在农村“三变”改革中，村集体和农民以资源和资金入股后获取了股份收益，意味着它们可以分享公司（合作社）等经营主体的发展成果。当公司（合作社） 的收益多了，农民获取的收益也越多，而不是固定的土地租金。但即便如此，农民利益受损的潜在风险仍然存在。这种风险的来源主要是：
1.经营主体经营亏损及违约
农村“三变”改革中的最重要投资领域是特色农业。一般来说， 农业生产经营投资大、周期性长、回报期相对较长，同时面临着自然风险和市场风险。与传统农业相比，规模化的特色农业所面临的风险更大。一旦农业经营主体遭遇不利的自然和市场环境而没有收益或收益较少，按股分红的方式会导致农民得不到或只能得到很少的分红收入。针对这种情况，一些地方在推动“三变”改革中采取了“保底收入+分红”的分配模式。以土地经营权入股新型农业经营主体为例， 通常把农民土地经营权入股的份额作为优先股，不论公司（合作社） 经营盈亏，每年都按一定保底金额（相当于每年土地流转租金额） 向入股农民分红，作为入股土地的保底收入。但这种做法仍然不能消除由经营主体经营状况差而导致的农民利益受损问题。经营主体亏损了，农民的保底收入也难以得到保障，更谈不上获取分红收入。
2.经营主体有可能隐瞒经营绩效
与土地等自然资源入股及资金出借相比，村集体和农民以资源、资金入股经营主体，可以分享经营主体发展所带来的收益。但是，也应该看到，村集体和农民很难掌握龙头企业等经营主体经营状况的真实信息。于是，就会出现经营主体为了得到更大的利益而隐瞒经营业绩的可能性。在实地调研中发现， 是否盈利、盈利多少由经营主体说了算的情况，比较普遍。从逻辑上说，通过加强对经营主体财务活动的监管等措施，可以在一定程度上降低经营主体隐瞒经营绩效的道德风险。但农户的组织化程度低、也缺乏相关的知识，因而就缺乏监管经营主体败德行为的能力。
尤其是，村集体和农民入股经营主体后，通常的情况是经营主体所占的股份比例高、村集体和农民所占的比例低。股权结构不均衡降低了村集体和农民对经营主体道德风险的监管意愿。以六盘水市为例，“三变”改革中相关利益方所占的股份结构大体是：经营主体占55%、村集体占5%、农民占40%。农民作为一个整体，共计占有40% 的股份，具体落实到每个农户头上，其占有的股份比例就特别低。随着公司等新型经营主体规模的扩张，股权结构不均衡现象将会更加突出。单个农户基于其所占股份少的情况，往往并不关心企业的经营效果、也不计较经营主体财务数据的真实性，而是只关注保底收入（即土地流转的租金）。为了解决单个农民监管意愿不足的问题，从理论上说，农民可以通过选出代表或委托村干部来作为他们的利益代表，由他们与公司打交道并监管经营主体的败德行为。这种做法的确有一定效果，但也会出现农民代表和村干部被经营主体俘获的问题。在农民土地流转、“公司+农户” 等产业化经营中，这种现象不是个案，而具有一定普遍性。
3.资产价值评估体系不健全
目前，各地对于村集体和农民入股的各类资源的价值评估，主要采取相关利益主体协商的方式。这种从操作便利性出发的资产评估办法存在着不合理和不公正，不符合股东之间平等合作的基本原则。实地调查发现，一些村干部或农民对入股资产的市场价值及能带来的收益额并不关心，其原因是这些资产之前处于闲置之中。但也有相当一部分村干部和村民对入股资产的市场价值以及与之相关联的股权比例和分配方案比较关心。可以预计， 随着农民入股企业的发展壮大及农民权益意识的增强，农民对入股资源的市场价值的关心程度也将不断提高。相应地，完善资产评估办法，形成相关利益方都能接受的评估方法，是未来农村“三变”改革中应重点考虑的问题。
（三）新型农业经营主体的质量有待提升
公司、农民专业合作社等新型农业经营主体是实施“三变”改革的平台。“三变”改革能否顺利推进的关键问题是，是否有一批带动能力强的新型农业经营主体。但目前我国新型农业经营主体发展的总体情况是：数量较多、实力不强、运行规范性不足，从而影响农村“三变”改革的顺利推进。
截至2016年11月底，全国各类农业产业化经营组织达38.6万个， 其中龙头企业达12.9万家。实践证明，以“公司+农户”为主要形式的农业产业化经营是把小农生产引入现代农业发展轨道，从而实现小农户与现代农业发展有机融合的可行路径。其解决了小农生产面临的资金和技术尤其是产品销售问题； 解决了小农生产的标准化和专业化程度低，应对市场化、国际化竞争能力较弱的问题；解决了农业生产效率低、农民收入低的问题。但是，同样应该看到，在以“公司+农户”为代表的农业产业化经营中， 公司与农民之间的利益联结机制一直是没有解决的问题。由于农户分散，谈判能力弱，利益得不到有效保障。公司挣钱多了，农民不能分享；公司赔本了，就毁约赖账。近一两年来，随着农产品市场的波动，尤其是粮食价格的逐年下跌， 出现一些新型农业经营主体跑路、单方毁约等问题，就是如此。通过实施农村“三变”改革，村集体和农民以股权形式与公司形成了利益联结，但公司的行为方式并不会由此而发生根本性变化。村集体和农民在与公司打交道时，仍处于弱势地位，公司利用其信息优势和强势谈判地位损害农民利益的可能性仍然存在。
国内外经验表明，农民合作社是引导小农户与现代农业发展有机衔接的重要载体。截至2017年7月底，在工商部门登记注册的农民合作社数量已经达到了193.3万家， 大体每个村3家合作社。但是，在数字背后隐藏的情形是大量的空壳和假冒合作社。据中国社会科学院农村发展研究所课题组2017年对浙江、广东、吉林、河南、宁夏、四川等省10多个县的调查，正常运营的农民合作社占注册登记合作社的比例大约为20%左右，有的县低于10%。其余的，则是空壳或休眠合作社。它们之中，有的因为市场环境变化或经营不善而停止了运营； 有的则从来没有开展过经营活动， 其注册合作社的动机就是为了获取政府财政补助或银行贷款。在正常运营的农民合作社中，很多是不按照《农民专业合作社法》要求的挂牌或假冒合作社，其领办人与普通农户成员之间本质上是买卖关系， 没有结成利益共同体。这些合作社在本质上是农业公司或个体户，它们之所以注册成合作社，也是出于获取政府财政补贴和奖励、更容易得到贷款、享受税收优惠、获取农业设施建设用地等目的。如果把这些挂牌或假冒合作社作为农村“三变”改革的承接载体，就很难产生较好的改革效果，反而会出现很多问题。例如，在农民合作社被少数人控制的情况下，把合作社作为各级财政投入到村的发展类资金承接主体，就意味着本应由全体村民享受的公共财政资金实际上没有惠及全体村民，而是由部分村民甚至少数合作社的控制者所享有。从上述分析可以看出，如何提升农民合作社的质量，将是顺利推进农村“三变”改革的关键因素。
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