后梁末帝贞明元年（915年），喀喇汗王朝的萨图克王子在萨曼王朝的支持下起兵，自立为博格拉汗，夺取了喀喇汗王朝的统治权；从此，开启了西域的伊斯兰化进程。宋太祖建隆元年（960年），萨图克之子穆萨宣布以伊斯兰教为国教；宋真宗景德元年（1004年），在喀喇汗王朝长年的圣战打击下，西域的千年佛国于阗轰然倒塌。
喀喇汗战旗
西域的伊斯兰化看起来似乎一帆风顺；但是，天有不测风云，在吞并于阗后，喀喇汗王朝盛极而衰，分裂为东西两部，无力向东继续推进。与此同时，信奉佛教的契丹人西迁到西域，建立了强极一时的西辽帝国；宋仁宗庆历元年（1041年），西辽与信奉伊斯兰教的塞尔柱帝国在中亚的撒马尔罕一带爆发了著名的卡特万之战，西辽大获全胜，确立了在西域的霸权；强势遏制了回教的东扩。
建立西辽的耶律大石
宋宁宗开禧二年（1206年），成吉思汗建立大蒙古国，从此开始了蒙古人纵横世界的时代；经过数十年的征伐，蒙古人打通了内亚大陆，一系列蒙古人的汗国被建立起来，而当年称霸西域的西辽帝国早在蒙古的铁蹄之下灰飞烟灭。在蒙古人建立的众多汗国里，由成吉思汗的次子察合台建立的察合台汗国对西域的影响最为巨大。
成吉思汗之子察合台
强盛时期的察合台汗国统治区域相当于西辽帝国的旧疆，囊括了西域的河中地区与天山南北地区；蒙古人最初信仰原始萨满教与喇嘛教，在宗教上实行宽容政策。因此，在蒙元时期，各种宗教得以进入察合台汗国，如西方的景教；同时，原来被西辽遏制住的回教也开始在中亚的河中地区复兴；而本土的佛教也在原有的基础上继续发展。
清真寺
蒙古人在政治上的不成熟致使察合台汗国自建立之初便内讧不断；很快，察合台汗国内部便分裂为两个对立的政治派别，一派是来自河中地区的，受回教影响较大的突厥化蒙古贵族，另一派则是来自伊犁河地区，受传统影响较大的蒙古贵族。坚守传统的贵族对改宗回教的河中贵族极为不满。元武宗至大二年（1309年），保守贵族暗杀信奉回教的塔里忽大汗；元明宗至顺元年（1330年），信奉回教的答儿麻失里夺取政权，大力促进回教的传播，但是，没过多久，愤怒的保守贵族便在元顺帝元统二年（1334年）杀死了答儿麻失里。
察合台银币
在回教势力同传统势力激烈斗争时，景教势力趁机崛起，元顺帝至元元年（1335年），信奉景教的敞失夺取汗位，他拉拢传统势力，并与罗马教廷取得联系，至元四年（1338年），教皇本尼狄克十二世任命了一位主教进驻察合台汗国。
本尼狄克十二世
但是，好景不长，元顺帝至正八年（1346年），回教势力卷土重来；信奉回教的秃忽鲁帖木儿夺取政权，秃忽鲁帖木儿即位大汗后，开始在国内强力推进伊斯兰化进程，凡不肯皈依回教的贵族，一律杀掉；并残酷镇压了阿力麻里的景教暴动；察合台汗国走上了全面伊斯兰化的道路。
察合台汗国
回教在察合台站稳脚跟后，开始积极东扩，明嘉靖二十四年（1545年），西域最东端的哈密王国皈依回教，标志西域伊斯兰化的最终完成。
艾提尕尔清真寺
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