利用GEO数据库的GEO2R工具分析一个GSE的study ID,操作如下:
登录GEO官网
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?
输入study ID号
GSE24673 点击“Go”
用GEO2R分析,翻到最底页,就会看到有蓝色图标“Analyze with GEO2R”点击运行。
分组,这里分两组,输入英文名字后,按enter键
分别命两个组的名字,自己命名如“tumor”,“normal”
选中3个GSM序列放到tumor里,归为第一组。
选中4个GSM序列放到normal里,归为第二组
点击运行,翻到页底,点击“top 250”运行。
运行中,这过程有点慢,需要耐心等待...
查看结果1,运行好之后会主动展现一些结果。
查看结果2,根据自己想要查看的结果,可以输出(保存)已分析好的结果。
也可根据自己的需求查看其它运行的代码,比如查看R脚本,而且可以复制。如果在操作上有不懂的,可以看GEO官网上的视频,视频里有整个过程的详细讲解,点击“YouTube”。
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