教学原则是根据教学规律和学生认知规律制定的，在教学过程中所必须遵循的基本要求。“三疑三探”教学模式重点遵循以下教学原则：
一、创新原则
这是“三疑三探”教学模式最根本的原则。课堂的每一环节都是围绕培养学生的创新能力这个目的设置的。通过创设问题情景使学生主动提出问题；通过探究使学生从不同途径去解决问题；通过思索使学生独到地回答(评价)问题；通过类比和假设使学生勇敢地质疑(反驳)问题；通过反思和回顾使学生针对学习目标编拟问题(习题)。因此，可以这样认为：“三疑三探”教学模式通过多种途径和方法培养了学生的创新精神、创新意识、创新思维、创新技能、创新情感和创新人格，最终形成了创新能力。
二、探究性原则
探究性是这一教学模式的本质特征。根据学生现有知识水平和求知的潜能，处处使学生“生疑”，时时使学生带着“解疑”的欲望而去“探疑”。课堂始终贯穿着一条隐形的探究线索：即设疑(开始)一思疑一解疑一再质疑一再探疑一编疑一答疑一无疑(结束)。探究的形式可以分为学生自探、师生共探、生生合探。“疑问”最初由学生提出，最终仍由学生自己解决。
三、循序渐进原则
循序渐进原则是使用这一模式应遵循的最基本的原则。按照事物的认知规律、学生的心理特征以及学生现有能力水平处理每一个教学环节，给学生的思维慢慢“设 卡”，让学生跳一跳可以摘到“桃子”。具体来说，“自学提纲”的设计应由易到难；检查自学情况，要坚持“学困生回答，中等生补充，中、优等生评价”的原 则；“合作探究”必须在独立探究的基础上进行；学生“质疑”的问题首先由学生自己独立解答，难度大的由学生合作解答，仍解决不了的，再由教师通过讲解解 答。“运用拓展”也是先进行巩固运用，然后再变式延伸；在初始阶段先由教师示范编题，再由学生自主编题；当这一模式运用熟练后，学生养成了一定的习惯，具 备了一定的能力，则先由学生编题，再由教师有选择地展示和补充，最后让全体学生“练”题。
四、全体性原则
全体性原则是实践这一模式的基本思路，并且贯穿课堂始终。其目的在于面向学生，绕开“精英教育”的误区，特别关注“学困生”的学习状态，做到编拟自学提纲考 虑“学困生”，检查自学情况优先提问“学困生”，各种表扬鼓励首先送给“学困生”，也给中等生、优等生提供发展的机会，让所有的学生都能在教师的启发诱导 和关心下获得不同程度的进步。
五、民主和谐原则
民主的师生关系、和谐的课堂气氛是保证学生成功的重要条件。教师应该是学生学习活动的促进者，学习方法的引导者，学习兴趣的培养者，学习氛围的营造者，更是创新人才的催生者。教师要走进学生的心灵，真正做学生的知心朋友。民主和谐原则需注意以下几个方面：
第一，课堂气氛的和谐。教师要注重营造问题氛围，使学生产生提出问题的欲望和冲动，要注重烘托课堂的气氛，使学生之间形成“比学赶帮”的意识，该“自探”时能专心致志，该“合探”时能相互合作，该“质疑”时有独到的理解，课堂张弛有度，充满和谐。
第二，师生之间的和谐。教师要使学生感到教师既是自己的师长，又是亲近的朋友，让学生能真心实意地把自己的困惑和见解说出来。教师要放下师道尊严的架子，用欣赏的动作、眼神、语言去启迪学生，让整个课堂没有苦恼和僵持。
第三，学生之间的和谐。学生之间既要独立思考，又要相互合作，在合作中竞争，在竞争中合作，形成人与人之间、小组与小组之间相互帮扶、共同进步的良好氛围。
第四，教与学的和谐。“三疑三探”强调学生的“学”，但并不排斥教师的“教”；强调学生的“主体”地位，但并不忽视教师的主导作用。当学生提出的“自学提 纲”没有完全形成问题“主干”时，教师要进行必要的补充；当学生通过自探、合探仍解决不了问题时，教师要“精讲”，讲的原则是“三讲三不讲”；当学生编题 达不到教学要求时，教师要进行补充。总之，一切把学生放在“前台”——教是为了“不教”，教是为了更好地“学”。
六、终身性和社会性原则
学校的每一节课都要为学生终身发展奠基，为建设创新型国家奠基，教师要让学生从平时的每节课中学会发现问题，学会思考问题，学会独立探究问题，学会合作解决 问题，从而培养创新的意识，形成创新的能力，着力为未来社会培养合格创新人才。同时，教师要引导学生把“质疑”的习惯引向社会的课堂、生活的课堂，通过学 生对社会和生活现象的思考，对周围人群请教式的“质疑”，从而激励整个家庭、整个社区和整个社会每一个成员的学习与思考。
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