大凡帝王多疑心。一代帝王，总是要为防止有人会篡权夺位而倍加警惕；进而扩大怀疑面，千方百计地铲除可能发生事端的异己势力，甚至扩大打击面也在所不惜。作为一代名君的朱元璋，也未能逃出这一历史的必然。
朱元璋能在短短16年时间里，由红巾军中一名小卒登上皇帝的宝座，没有善于团结周围人群并得到他们的全心支持，是不可能实现的。随着队伍的强大和事业的发展，队伍内的权力之争也就日渐展开。本来很能团结人，并以机智、稳重著称的朱元璋，也渐渐变得自以为是、独断专行，进而对部属产生疑忌，造成下属不满、祸根蔓延。
朱元璋登上了皇位，对一切问题的思考、认识和判断，都离不开自身皇权的巩固，以及确保朱氏王朝传至万世。加上北方残元势力、沿海倭寇侵扰，一直成为洪武朝前期的两大问题。邵荣、谢再兴的教训，更使得朱元璋不敢委任非嫡系成员为地方镇守官，而决定采取分封诸王的制度。
洪武二年（1369年）四月，封第2至第10子为亲王。命二子秦王朱校就镇西安，三子晋王朱枫就镇太原，四子燕王朱棣就镇北平，五子周王朱辅就镇开封，六子楚王朱桢就镇武昌，七子齐王朱樟就镇青州，八子潭王朱梓就镇长沙，（九子赵王朱杞不满周岁夭折）十子鲁王朱檀就镇兖州；其余各子先后就藩于凤阳、荆州、大同、甘州、广宁、宁夏、大宁、岷州、宣府、开源、潞州、平凉、南阳、安陆、洛阳。26子中除九子、二十六子夭折外，其余均分封至全国各军事战略要地，力图用血亲控制全国。其中以秦、晋、燕三王力量最强，以扼守长城沿线，防止北元南侵。朱元璋满以为把军权托付给亲生儿子，就可以放心了，却万万没有想到正是由于儿子们权力过大，造成皇家内部的自我残杀。在他死后不久，自己亲定的继承者建文政权就为燕王倾覆。
对于非皇族官员，朱元璋费尽心机，用各种办法来监视和箝制，以求朱家天下的长治久安。武职官员，他把军队的管理权、调动权和指挥权分开：兵部只发军令，不能直接指挥军队；五军都督府只管各自所辖卫所的军籍管理，不能直接统率军队；出兵征战，都必须由皇帝下令，由兵部发军队的调令，交皇帝临时任命的总兵官指挥作战。朱元璋还不放心，还要向前线军队派遣御史或给事中作监军，以后又发展为加派太监监军，由他们代表皇帝监督指挥官的行动。战争结束，统帅向皇帝交印，回原职任事；军队回原来卫所。对于文职官员，他以七品监察御史派往在京各衙门，充当自己的耳目，达到以小制大，以内制外，赋予很大的权力；地方衙门，他不时派出巡按御史，作为钦差，监视地方各级官员。
最使朱元璋不安的，是与自己一起长期征战的同里同乡的患难弟兄、现在的大明开国功臣，也就是人们常说的以朱元璋为首的淮西的骨干。
他们，原先是自己亲密无间的战友，现在都成了手握大权的国家重臣，朱元璋十分担心尾大不调，特别是权重倾国的隐患发生。加上京师城内淮人势力在政治舞台上占压倒的优势，在政坛上造成非淮人即被排斥、压制的局面。为了扭转不利的地位，非淮人的官僚也在朱元璋面前，想尽办法献媚取信，揭淮人官僚的短处和过失。于是，在内部又展开了非淮人与淮西集团的争权夺利的斗争。已经娴熟地把握政坛斗争技艺的朱元璋，便紧紧抓住这一矛盾，在依靠淮人的同时，充分利用非淮人的势力来抑制和监视淮人，以加强和巩固自己的地位。
明初，政治制度沿用元制，以中书省为中央政府，由丞相主政。朱元璋的权欲极强，凡事必须要由自己作主。因此，君权与相权的矛盾和斗争，便日渐表面化和剧烈化，直至采取流血手段，确保君权的胜利。
发生在洪武朝的这场血雨腥风的内部火并，是从淮西集团与浙东集团间的斗争开始的。朱元璋处于这两个集团之上，以导演兼仲裁的角色，坐收集权之利。
朱元璋在反元战争中，先后形成了支持自己事业的两支得力的势力。这就是与朱元璋一起揭竿起事的淮河两岸的同乡，以及军行浙东时加入的人士，在建国后同时成为开国功臣，分别以李善长为中心人物的淮人官僚集团，以刘基为领袖的浙东集团。
李善长，今安徽定远人，朱元璋起兵后主动投奔，为幕府高级参谋，建功立业。朱元璋称吴王时，为右相国；称帝时，封左丞相，统率文武百官，在朝廷列位第一。朱元璋又把女儿许配他的儿子，成为皇亲国戚。在他执政期间，极力排斥非淮人当政，引起浙东集团的不满，特别是他的为人，外表看来宽和，其实心胸狭窄，嫉贤妒能，进一步激化了矛盾。
刘基，字伯温，浙江青田人，博通经史，料事如神，被当时人誉为诸葛亮再世。自朱元璋请出之后，在削平群雄，建立大明的斗争中献计献策，决胜千里，为朱元璋的事业建有奇功，成为大明王朝的开国功臣，深受朱元璋的敬重，被称为“老先生”。建国后，为御史中丞，分管监察工作。但在洪武三年（1370年）十一月大封功臣时，非淮人的刘基，只封为诚意伯，岁禄240石；而李善长则封为韩国公，高刘基二等，岁禄400石，足证朱元璋的倾向。
淮西集团与浙东集团间的斗争爆发，是在朱元璋出巡期间，洪武元年（1368年）八月，朱元璋为最后确定首都的选址，亲自前往为自己宣布为大明“北京”的开封进行实地考察，委托左丞相李善长和御史中丞刘基协助太子朱标处理朝政。刘基认为，只有严肃纪纲，才能保证国家安宁。因此，他令御史们加强监察，一旦发现有违法乱纪的，不论其文武官员，一律报告皇太子处之以法。这期间，发现中书省都事李彬的犯法事件。李善长因李彬是自己的亲信属僚，出面向刘基求情。刘基不听请求，在报告太子后便把李彬处死。本来就是淮西集团眼中钉的浙东势力，从此更成了铲除的对象。
刘基是一位明白人。建国初期，朱元璋出于对李善长才气的了解，为确定中书省丞相的人选，曾找刘基商量，打算撤换李善长。刘基劝说朱元璋，说李善长屡立功勋，深得老臣的信赖，只有他才能调和诸将。朱元璋听后，对刘基说：“他在我面前多次要害你，你还要替他说好话！我还是想请你当丞相。”刘基不等朱元璋把话说完，就马上叩头谢绝，以免在淮西集团当权情况下处于难堪的境地，形象地比喻说：“一国撤换丞相，就如一屋的托梁换柱，必须要先得大木柱才能换。如果用一根小于原柱子的木料替换，房子会立即倒塌。为国家的安宁，不才实难充任，望皇上鉴谅！”朱元璋又问到杨宪、汪广洋、胡惟庸三人能否充任时，刘基亦如实以告：杨宪有相才，但器量不够；汪广洋的气度还不如杨宪；胡惟庸更不行，“如果要由他拉车，恐怕车辕也被破坏！”
几年后，胡惟庸当权，便把对刘基的怀恨化为报复，完成李善长的未竟事业，置之于死地而后快。
朱元璋从开封回到南京后，李善长等人广进谗言，诋毁刘基。刘基也就顺水推舟，以老、疾为由要求告老引退。朱元璋也就在洪武四年（1371年）“赐归老于乡”了。胡惟庸主持中书省后，仍不断寻找由头，在朱元璋面前攻击刘基。最后以刘基为在“地有王气”的谈洋地方建墓与平民争地事，说动了朱元璋，促使他下令剥夺刘基的岁禄。为防止事态的扩大，刘基立即由老家赶回南京，向朱元璋当面谢罪，并留住京城，不敢回家。眼见胡惟庸横行，很快便忧愤成疾。胡惟庸得讯后，伪装关怀，差人请医生送药，服后病势加重。朱元璋见刘基病重，便派人护送他回青田老家，一月后死去。
明初最高层的内部斗争，集中表现在皇权与相权的斗争上。朱元璋与李善长之间的矛盾，朱元璋采取软处理的办法，于洪武四年（1371年）让李善长回老家作罢。
结束君权与相权的斗争，则是朱元璋对胡惟庸事件的处理。
胡惟庸，是李善长的定远同乡、侄儿李佑的岳父。由于李善长的提携，胡惟庸由帅府奏差起家，经县主簿、知县、州判、行省众事，一步步升到中书省丞相，成为一人之下万人之上的人物。随着地位的提高，胡惟庸便本性暴露，直到窃权乱政，为所欲为：官员的升调生杀擅自处置，不及时奏报；内外官员的上奏文书均先行拆看，其中有害于自己的奏章便不上奏；急于往上爬的人和犯有错误而求逃脱罪责的文武官员，暗中都走他的门子，接受贿赂不可胜数，甚至连外国贡品亦隐匿不报，据为已有。当劣迹稍有败露之时，便狗急跳墙，派人下海勾结倭寇和前往大漠向北元称臣，企图内外结合，颠覆朱元璋的政权。
洪武十三年（1380年）正月，胡惟庸阴谋被揭发，朱元璋当机立断，将胡惟庸及其骨干御史大夫陈宁、中丞涂节三人交廷臣轮番审讯，确认后立即处死，并乘此机会宣布撤销中书省和丞相，下令永远不准复设，将行政权力全部收归皇帝。
胡惟庸被杀后，他的结党、乱政、叛国的具体罪行不断被揭露，关系的官员也一一被揭出。朱元璋就借这个难得的机会大开杀戒，把一批开国元勋送上断头台。其中主要人物有韩国公李善长、延安侯唐胜宗、吉安侯陆仲亨、平凉侯费聚、南雄侯赵庸、荥阳侯常遇春、宜春侯黄彬、河南侯陆聚、宣德侯金朝兴、靖宁侯叶升、申国公邓镇、济宁侯顾敬、临江侯陈镛、营阳侯杨通、淮安侯华中等。为将胡惟庸案件布告天下，朱元璋著《昭示奸党录》予以公布。
如果说胡惟庸事件，是君权战胜相权的斗争；那么蓝玉案件，则是君权与将权的斗争。
到底是行伍出身，朱元璋始终抓住军权不放。作为中央的军事首脑机构，朱元璋开始建立枢密院，由自己亲自掌管。接着以大都府替代枢密院，委派侄儿朱文正为大都督。胡惟庸事件后又分都督府为中军、左军、右军、前军、后军五个都督府，将军权分由五个部门在自己驾驭下理事。在这样情况下，功臣宿将的一些越轨行为，也逃不脱朱元璋的严惩。蓝玉事件，就是在洪武后期爆发的。
蓝玉，定远人，开平王常遇春的妻弟，作战勇敢，所向无敌，南征北战，屡建大功，被朱元璋封为凉国公，在常遇春和徐达死后继任大将军之职，指挥征战。由此就慢慢骄横起来，在军中任意升、降将校，甚至连朱元璋的命令也有所不听，屡受朱元璋的斥责后心生异志，串连景川侯曹震等人，企图在朱元璋去先农坛举行“籍田”仪式时举事。
洪武二十六年（1393年）一月，朱元璋的特务机关锦衣卫侦破并告发。朱元璋立即拘捕蓝玉下狱，进行跟踪清查，先后斩决吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文、开国公常升、景川侯曹震、鹤庆侯张翼、舳舻侯朱寿、东莞侯何荣、普定侯陈桓、宣宁侯曹泰、会宁侯张温、怀远侯曹兴、西凉侯濮玛、东平侯韩勋、全宁侯孙恪、沈阳侯察罕、徽先伯桑敬等，并著《逆臣录》诏告天下，株连灭族达15000余人。
连同胡惟庸一案中所株连灭族30000余人在内，二案共杀戮了45000多人。再加上两案之外先后被杀的功臣，有：
洪武八年（1375年）以使用龙凤图案赐死的德庆侯廖永忠，十三年（1380年）用鞭子打死的永嘉侯朱亮祖父子，十七年（1384年）以犯禁罪处死的临川侯胡美，二十五年（1392年）以暧昧罪处死的江夏侯周德兴，二十七年（1394年）又连杀定远侯王弼、永平侯谢成、颍国公傅友德，二十八年（1395年）以作战不力处死的宋国公冯胜；甚至连屡建战功的亲侄儿朱文正也因“亲近儒生，胸怀怨望”而用鞭子打死，亲外甥李文忠也因“左右多儒生”被毒死；连为人谨慎、功高第一的魏国公徐达也难逃厄运。功臣宿将得到善终的，也只有看清“伴君如伴虎”的危险而早年告老回乡、在乡谨慎守法的信国公汤和、曹国公李景隆、武定侯郭英数人。
至洪武末年，基本上搞光了开国元勋。至此，朱元璋也就放心了，自以为大权不会旁落了，他的决策可以贯彻始终了。
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