犹大接着包围在耶路撒冷的要塞阿克拉，里头除了塞琉古驻军外，还有希腊化的犹太人，他们派人向吕西阿斯求救，这时塞琉古国王安条克四世已经于前164年远征安息的行动中逝世，而继任的安条克五世还很年幼，吕西阿斯便自立为摄政。吕西阿斯于是带着安条克五世率大军南下，如同吕西阿斯第一次进攻犹大·马加比的进军路径，从耶路撒冷南方迂回进攻，并包围了伯夙，犹大得知后，放弃继续围攻阿克拉，率军前去援救伯夙，两军在贝特匝加黎雅战役（Beth-zechariah）展开决战，塞琉古帝国在这场战役获得大胜，犹大·马加比被迫撤入耶路撒冷，伯夙因此落入塞琉古军手中。吕西阿斯接着继续进军至耶路撒冷城下，并开始进行围攻战，然而因为适逢安息年，耶路撒冷周遭的土地没有耕种，使得守军的粮食逐渐短缺，似乎耶路撒冷就快投降之时，塞琉古首都传来腓力带着进攻安息的远征军返回，准备夺取政权，因腓力是当年安条克四世临死前任命的合法摄政。因此，吕西阿斯草草与犹大·马加比停战，结束了乱事，条约中犹太人重回塞琉古帝国，但明显赋予许多自治的权利，包含宗教信仰的自由，遵守自己的法律和传统，并管理自己的神殿，同时也处死了希腊化犹太人大祭司墨涅拉俄斯，来示好犹太人。吕西阿斯在前163年底签完停战协定，连忙带着国王退回首都安条克，发现腓力已经占领了首都，吕西阿斯经过战斗后重新夺回首都，重新巩固了权位，但塞琉古军事失利下使朱迪亚地区的希腊化的影响力锐减。
虽然与塞琉古军队结束战争，但内部与希腊化犹太人的冲突逐渐加深。前162年，塞琉古帝国另一位王位继承人德米特里一世从罗马返回国内，并推翻了吕西阿斯和安条克五世，登上王位。德米特里一世于是任命希腊化犹太人阿尔息穆斯（Alcimus）为大祭司，让国王的伙友巴吉底（Bacchides）护送他到耶路撒冷就职。起初阿尔息穆斯受到虔诚正统犹太教徒所接受，因为他具有祭司长亚伦的血统，但随即他们不满阿尔息穆斯的残酷作为，甚至阿尔息穆斯处死六十个反对他的祭司。犹大·马加比因此决定反对阿尔息穆斯和希腊化犹太人的行为，迫使阿尔息穆斯逃离耶路撒冷，向塞琉古国王德米特里一世控诉并向他诉苦有关希腊化犹太人的遭遇。于是德米特里一世接受阿尔息穆斯的请求，决定派遣将军尼卡诺尔前去讨伐犹大·马加比，并要解除犹大的军事武装，重启了战事。
战事起初，邻近的希腊化军民前来协助尼卡诺尔，尼卡诺尔便击败犹大的兄长西门所率的军队，但尼卡诺尔深知犹大军队实力，以及他们不畏死的精神，要铲除犹大·马加比必定要付出庞大的代价，因此他决定与犹大停战，犹大·马加比同意这项提议，于是尼卡诺尔进入耶路撒冷后，遣返他的军队，并向犹大·马加比结交并合作，他也经常在公开场合与犹大比邻而坐。阿尔息穆斯看到这两人之间的友好关系相当担心，于是他向德米特里一世进谗言，说尼卡诺尔想任命犹大·马加比为大祭司，因此德米特里一世大怒，派人向尼卡诺尔表示他不满意与犹大所签订的条约，并且督促尼卡诺尔尽快把犹大押送到首都安条克来。尼卡诺尔不敢违背国王的旨意，无奈下只好想办法找机会逮捕犹大，然而犹大很快就发现尼卡诺尔神色异常，他知道事情有变，偷偷离开耶路撒冷。
于是犹大与他的军队会合，尼卡诺尔知道犹大军队扎营的地点后，带着军队前来攻击但惨遭失利，前161年，尼卡诺尔受到另一支塞琉古军队增援，与犹大军在阿达撒战役（Adasa）进行会战，此战塞琉古军战败，尼卡诺尔战死，犹大军一路追击败兵，塞琉古军遭到彻底摧毁。犹大·马加比因此获得大胜，朱迪亚许多犹太人也加入犹大·马加比的行列。战役的那一天也被以后的犹太人定为节日，来庆祝这场胜利。
前161年，犹大·马加比知道当时罗马共和国的强盛，也知道罗马共和国曾经击败塞琉古国王安条克三世，因此他派人到罗马，去与他们缔结盟约。罗马人为了进一步削弱塞琉古帝国的实力，同意这项提议，并承诺若犹太人遇到战事，罗马人将会并肩协助。罗马人还说他们写信给德米特里一世，警告他不准入侵犹太人。然而关于这份盟约有些争议，毕竟只有犹太人的玛加伯书记载此事，因此有学者如A.N.Sherwin-White等怀疑他的真实性。
尽管犹大·马加比与罗马签订盟约，但塞琉古国王德米特里一世仍决定要铲除犹大的势力，在收到尼卡诺尔战死且军队覆没的消息后，前160年德米特里一世立即派遣巴吉底领着大军前去对付，这支军队有20,000名步兵和2,000名骑兵，数目远远大于犹大·马加比的军队，使得犹大军中的士兵纷纷逃离。犹大的将领们建议先暂时回避，等到聚集更多士兵再决一死战，然而犹大认为战情危急，拼死一战或许还有可能战胜的机会，并说他绝不逃走。于是双方在厄拉撒战役（Elasa）进行决战，巴吉底把主力布署塞琉古右翼并亲自指挥右翼骑兵，犹大见到敌人如此安排，决定不管塞琉古军队中缓慢的步兵方阵，准备集中攻击巴吉底所领的骑兵，果真塞琉古右翼骑兵不敌犹大军的攻击，退到山丘上，犹大在后率兵追击，然而塞琉古左翼骑兵见到战情如此，急忙从后赶到。塞琉古左、右翼骑兵在山坡上把犹大军夹击，经过恶斗下犹大·马加比战死，剩余的犹大士兵溃散。
然而，一些以色列历史学者不同意玛加伯书有关犹大军仅800名的数目，如Betzalel Bar Kochva，他认为犹大·马加比的军队数目不该太过悬殊，应该略少于塞琉古军数目才对，因此他猜想厄拉撒战役是巴吉底故意让塞琉古军右翼佯退，诱使犹大军左翼追击至山坡，再利用地形上的优势攻击犹大军，最后当塞琉古左翼击破犹大军右翼后，从后方打击犹大军左翼，造成犹大士兵溃散。
另外，大祭司阿尔息穆斯此段时间前后突然去世，很可能犹太人先前推举犹大·马加比同样担任大祭司，因为弗拉维奥·约瑟夫斯提到犹大·马加比战死时是大祭司的第三年，但是他在其他段落说到阿尔息穆斯去世后有七年无人担任此职务，因此约瑟夫斯所指的祭司第三年可能指的是重新供奉圣殿后的第三年，而根据玛加伯书，阿尔息穆斯似乎是犹大·马加比战死后才去世。总之，不确定犹大·马加比是否担任过大祭司。
总之犹大·马加比在厄拉撒战役中结束他显赫的一生，他的尸首由他的兄弟从战场上带回，安葬于莫迪恩的家族墓地。犹大·马加比之死更加激发犹太人的抵抗运动，经过数年的征战和抵抗，在犹大·马加比的兄弟约拿单和西门的领导下，犹太人最终获得独立。
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