一、股东于股权转让协议中处分公司资产所有权的约定无效。
公司对法人财产享有占有、使用、收益、处分的权利，股东不能侵犯公司的法人财产。否则，股东违反了公司人格独立原则和公司资本维持原则，损害了公司和相关方利益，依照合同法第五十二条第（五）项之规定，该部分约定应为无效。
二、新旧股东对目标公司资产的交接约定，不影响股权转让合同的法律性质。
新旧股东之间签订《资产转让合同》等类似的合同，此仅是新旧股东之间对目标公司资产的交接，资产的所有权仍然属于目标公司。《产权转让合同》符合股权转让合同一般特征的，其性质应为股权转让合同。
三、合同约定转让公司全部股权及资产,实际履行中仅办理股权变更登记,应认定为股权转让法律关系。
当事人在合同中约定转让的内容包括全部资产及股权。但在协议的实际履行中，股权变更登记到受让方名下，转让方向受让方移交公司部分证照、资产，据此应认定当事人在履行协议的过程中，仅实际转让了公司的股权。
四、以公司资产支付股权转让款的约定无效。
股权转让合同中约定用公司资产支付股权转让款，属于股东非法转移公司财产，侵犯公司利益的行为，违反了公司法的强制性规定，该约定无效。但不影响股权转让合同其它部分的效力，其他部分有效的，股权受让方人应当负有按照约定价款向转让方支付股权转让款的义务。
五、确定企业资产转让是否包括股东股权转让时，不应拘泥于转让协议的名称区分。
股东股权转让和企业资产转让是两个不同的概念。股权转让的主体是股东，其处分的是股东拥有的股份及权益，作为股东不能处分公司资产，否则就是对公司资产的侵害。而资产转让的主体是公司，其处分的是公司资产，但是不能转让公司股东的股权，否则就是对股东权益的侵害。
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